高效构建small非编码RNA测序库的新方法：割胶纯化与微流体芯片应用

本文主要探讨了用于新一代测序的small non-coding RNA (smRNA) 库构建方法，由张启坤、徐根明、刘歆和高晓莲等人在浙江理工大学生物工程研究所进行研究。smRNA是一类重要的非编码RNA，包括miRNA、siRNA和piRNA等，它们在生物学过程中发挥着关键作用，如基因表达调控、疾病诊断等。传统的研究手段如DNA芯片虽能大规模检测基因表达，但存在局限性，如只能检测已知靶标，对低丰度表达的小RNA敏感性不足。 作者研究的核心内容是利用一种高效且精确的富集策略，即割胶纯化技术来回收高质量的smRNA。首先，通过这种方法去除杂质，确保样本纯度。接着，对smRNA进行3'和5'端去磷酸化处理，这是后续接头连接和测序的重要步骤。作者采用3'和5'适配子分别连接到smRNA的两端，这一过程有助于保证测序的准确性。然后，通过逆转录PCR构建smRNA库，这是一种常见的RNA分子扩增技术，将RNA转化为cDNA，为后续的高通量测序打下基础。 通过微流体芯片检测构建的miRNA库，研究团队发现这种方法成功富集了大量的miRNAs，这表明其在smRNA库构建和新一代测序中的应用具有显著的优势。相比于传统的芯片技术和SAGE类方法，这种策略能够克服灵敏度和成本问题，尤其是在处理低丰度表达的RNA时表现出更强的适应性。尽管克隆cDNA的EST测序是早期发现参考转录本的主要手段，但其定性和定量上的局限性使得新一代测序技术成为更具潜力的选择。 本文的工作为小型非编码RNA的高效富集和高通量测序提供了一种创新方法，这对于深入了解smRNA的功能及其在生物学研究中的角色具有重要意义。这一研究成果对于提升基因表达研究的精确度和效率，以及在生物医学领域，如疾病诊断和治疗中的应用具有实际价值。