RNA测序、外显子测序

RNA测序（RNA-Seq）是一种基于二代测序技术的转录组学研究方法，可以用来快速获取给定时刻基因组中RNA的种类和数量。除了能够查看mRNA转录本外，RNA测序还可以检测总RNA、小RNA（如miRNA、tRNA和核糖体RNA）的存在。

而外显子测序是RNA测序的一个应用，它主要用于检测外显子区域的序列变异。外显子是基因组中编码蛋白质的区域，因此外显子测序可以帮助鉴定和研究与蛋白质功能相关的遗传变异。然而，需要注意的是，外显子测序无法检测到内含子区域的序列变异。要捕获所有来源的SNP（单核苷酸多态性），需要进行全基因组测序。

相关问题

外显子测序后如何筛新基因

外显子测序可以帮助识别新基因。以下是基本步骤：

1. 将外显子序列比对到参考基因组。这可以用比对工具如Bowtie、BWA或STAR来完成。参考基因组可以是已知的基因组或者一个公共的参考序列数据库。

2. 过滤掉已注释的基因。这可以用已知基因注释文件，如GTF文件进行筛选。

3. 根据转录本进行聚类。得到聚类后，可以使用聚类工具如CD-HIT或USEARCH来删除冗余的序列。

4. 序列相似性检验。使用拟南芥或人类的编码蛋白质序列数据库来执行BLASTP或HMMER搜索，以便判断新外显子的编码蛋白质的相似性。

5. 序列结构的预测。使用软件包如Augustus、GeneMark等来预测新基因的外显子边界、起始位点等序列结构信息。

6. RNA-Seq数据的验证。使用RNA-Seq数据来验证相应的基因是否会表达，以及其转录水平和组织特异性。

7. 进行功能和进化分析。对于新基因的功能和进化可进行更为深入的研究，例如对编码蛋白质的结构和功能研究等。

全外显子测序文库制备获得的cdna分子的结构

全外显子测序文库制备是一种用于对全基因组进行测序的方法，其中包括了所有编码蛋白质的外显子区域。制备全外显子测序文库的第一步是提取RNA，通过逆转录反应将RNA转化为cDNA（即反转录，Reverse Transcription），得到cDNA分子。接下来，使用特定引物将cDNA进行扩增，这些引物包括了外显子区域的序列。扩增后，将cDNA加入到富含适配子的文库中，适配子可用于连接cDNA片段到测序平台。文库中的每个cDNA分子都具有两个适配子，一个位于每个端部。通过测序平台，可以对整个文库中的cDNA分子进行测序。测序完成后，获得的测序读取片段可以通过与已知外显子区域进行比对来确定cDNA分子的结构。通过比对，我们可以确定cDNA分子中包含的外显子的序列，并进一步研究这些外显子的功能和变异情况。全外显子测序文库制备获得的cDNA分子结构可以提供详细的基因组信息，帮助我们了解外显子的变异、基因功能和疾病相关基因的突变等重要信息。