STRING数据库与Cytoscape在蛋白互作分析中的应用教程

本文档详细介绍了如何利用STRING数据库进行蛋白质互作预测，并通过Cytoscape软件绘制基因蛋白互作关系图。 STRING数据库是一个全面的蛋白质互作资源，它不仅包含实验验证的蛋白质相互作用数据，还融合了多种生物信息学预测方法，如染色体临近、基因融合、系统进化谱和基因共表达分析。数据库采用评分机制，对各种来源的数据赋予权重，生成一个综合得分，以评估蛋白质相互作用的可信度。 使用STRING数据库进行蛋白互作预测的步骤如下： 1. 访问STRING数据库官网（http://string-db.org/）。 2. 输入蛋白质的名称或序列信息，例如猪转录本的Ensembl ID。 3. 点击“GO!”，系统将自动匹配并列出相关蛋白质。 4. 自动勾选匹配的蛋白质，然后点击“Continue”。 5. 在下一个界面，可以选择不同的可视化类型以查看蛋白质网络图。 6. 蛋白质节点以不同颜色表示，颜色差异代表不同的蛋白质。节点上的信息提供了蛋白注释。 7. 线条的粗细代表蛋白质间互作关联的强弱。 8. 下载蛋白互作数据以备后续分析，选择“Other formats”下的“Text Summary”。 接下来，使用Cytoscape软件进行基因蛋白互作关系图的绘制： 1. 首先，访问Cytoscape的官方网站（http://www.cytoscape.org/）下载并安装适合的版本。 2. 从STRING下载的“Text Summary”文件中，提取节点文件作为Cytoscape的输入数据。 3. 在Cytoscape中导入这些数据，可以自定义节点和边的样式，如颜色、大小等，以直观地展示蛋白质间的相互作用关系。 通过以上步骤，研究人员可以利用STRING数据库的预测信息，结合Cytoscape的图形化工具，深入理解蛋白质网络结构，揭示基因和蛋白质之间的复杂相互作用，这对研究生物过程、疾病机制以及药物靶点的发现具有重要意义。