pyiron工作流程发布指南：使用JupyterBook创建模板存储库

资源摘要信息:"pyiron-publication-template是一个专门用于发布pyiron工作流程的模板存储库。pyiron是一个集成平台，用于实现计算材料科学和复杂体系的模拟，它提供了一个统一的界面来构建、管理、运行和分析模拟项目。此模板允许用户通过一个简单流程来发布他们的工作流程，确保了标准化和易用性。以下是关于该模板存储库和发布流程的详细知识点。 首先，用户需要派生该模板存储库，然后根据自己的需求使用自己的数据填充。一个典型的工作流程包括以下几个步骤： 1. 移动和配置Jupyter Notebook：将Jupyter Notebook移动到存储库文件夹，并删除默认的示例笔记本example.ipynb。Jupyter Notebook是一种基于Web的应用程序，允许用户创建和共享包含实时代码、方程、可视化和文本的文档。 2. 管理conda环境：更新conda environment.yml文件，以确保包含所有使用Jupyter Notebook所需的conda依赖项。conda是一个开源的包、依赖和环境管理器，可以运行在Windows、MacOS和Linux平台上。 3. 处理pyiron数据库：在pyiron/calculation文件夹中包含pyiron数据库的导出，或者在不需要进行计算的情况下，删除pyiron/calculation/save.tar.gz存档和pyiron/calculation/export.csv数据库备份文件。 4. 调整pyiron资源文件夹：如果需要使用到额外的pyiron资源，则包含pyiron/resources文件夹；如果不需要，则可以删除该文件夹。 关于存储库结构，它被组织成以下格式： - 根目录：通常包含README文件、许可证文件以及可能的配置文件。 - pyiron/：这是主文件夹，包含了所有与pyiron相关的文件和脚本。 - notebooks/：这里存放用户的主要Jupyter Notebook文件。 - environment.yml：配置了运行Jupyter Notebook所需的conda环境和相关依赖。 - pyiron/calculation/：包含pyiron工作流的计算文件夹，可能包括数据库导出和其他重要数据。 - pyiron/resources/：包含其他需要的pyiron资源文件，根据需要进行调整。 使用这个模板存储库，用户可以轻松地将他们的pyiron工作流程打包成一个可发布的形式，提高了工作效率和项目的可复现性。此外，通过JupyterBook创建的文档使得教程和演示更加直观易懂，便于其他研究人员理解和使用这些工作流程。" 以上是基于标题、描述、标签和文件名称列表生成的相关知识点。这些信息对于了解如何使用pyiron以及如何通过pyiron-publication-template模板发布自己的工作流程至关重要。