DeltaGene：基因列表比较工具及与人类表型本体数据库的连接

资源摘要信息:"DeltaGene是一个用于基因列表比较的程序，特别能够连接人类表型本体数据库（HPO）。开发者在2015年6月30日后不再维护该项目，但程序仍可作为工具使用。DeltaGene使用Java 1.6或更新版本进行操作，并能自动下载更新的HPO数据库文件，提供自动完成功能以及基于表型相关的基因信息。源代码以.jar文件形式存储，支持面向对象编程。" 知识点： 1. 基因列表比较工具：DeltaGene作为一个工具，主要功能是进行基因列表间的比较分析。这在基因数据研究和处理中非常有用，尤其是当需要对比多个基因列表以发现相似性和差异性时。 2. 人类表型本体数据库（HPO）连接：HPO数据库包含人类基因变异与特定疾病表型之间的关联信息。DeltaGene能够连接到该数据库，这意味着用户可以利用这个程序查询基因列表与具体表型（比如疾病症状）之间的关联。 3. 程序维护与支持：开发者已明确表示自2015年6月30日后将不再对代码进行维护。这一点对于使用这个工具的用户来说是需要注意的，因为不再维护的软件可能存在潜在的安全风险或无法解决新出现的问题。 4. 安装要求：DeltaGene要求计算机安装有Java 1.6或更高版本的运行环境。用户可以从任何位置提取程序并运行，而程序会自动在存储HPO文件的目录中创建一个名为HPO的新目录。 5. 源代码与.jar文件：DeltaGene的源代码被封装在可执行的.jar文件中。.jar文件是一种Java归档文件，包含了所有的类文件和程序所需的资源文件。这表明DeltaGene的开发者采用了Java标准的方式进行程序打包，便于分发和运行。 6. 面向对象编程（OOP）：在描述中提到开发者具有面向对象程序设计的经验。面向对象编程是一种编程范式，它使用“对象”来设计软件。对象可以包含数据，以字段（通常称为属性或成员变量）的形式，以及代码，以方法（或函数）的形式。OOP支持封装、继承和多态等核心概念，有助于代码的模块化、重用和维护。 7. 自动化功能：程序能够自动下载最新的HPO数据库，并利用此数据库为用户提供自动完成功能。这意味着用户在输入相关表型或基因信息时，程序可以提供建议，节省时间并减少输入错误。 8. DeltaGene的版本：提供的是"DeltaGene-master"版本，这表明源代码是原始版本或主版本，未经过分叉或派生。在开源项目中，“master”通常指主分支，包含最新且稳定的代码版本。 总体来说，DeltaGene是一个为生物信息学领域，尤其是与基因和表型研究相关的人员设计的实用工具。尽管其维护已停止，但由于其简单性和提供的独特功能，它依然可以作为基因数据比较的辅助工具来使用。