DICOM RT-Struct转nii格式遮罩工具与方法

资源摘要信息:"dcmrtstruct2nii 是一个将DICOM RT-Struct（放射治疗结构集）格式转换为NIfTI（Neuroimaging Informatics Technology Initiative）图像遮罩格式的工具。该工具通过将DICOM RT-Struct中的结构数据光栅化，生成对应于原DICOM图像切片的nii格式遮罩。光栅化过程是逐切片进行的，并且不支持切片之间的插值，即RT结构中的空洞（Kong）可能无法被正确处理，因为这种方法需要RT结构完全处于DICOM的切片范围内。 光栅化是指将矢量数据转换为栅格数据的过程，这里特指将多边形表示的结构数据转换为像素级的图像数据。在当前版本的dcmrtstruct2nii中，RT结构被视作多边形，并且通过逐个切片的转换来完成。如果用户有改进或想要添加新的栅格化算法，如能够处理包含空洞多边形的算法，可以通过提交代码或者发起拉取请求（Pull Request）的方式参与项目的改进。 工具的输入文件格式要求是DICOM和RT-Struct文件需要被解压到一个目录中，这是工具读取输入文件的唯一方式。目前，工具的使用方法包括通过pip安装并显示帮助信息，以获取如何使用命令行界面（CLI）工具的指导。 该工具主要面向使用Python的用户，并且相关文件的名称列表中包含'dcmrtstruct2nii-master'，暗示这是一个需要在命令行中操作的Python脚本工具或库，通常是以源代码形式提供，需要用户在本地环境进行构建或安装。" 关于DICOM RT-Struct和NIfTI格式: DICOM（Digital Imaging and Communications in Medicine）是一种医学影像的国际标准，它定义了医学影像的存储和通信协议。DICOM RT-Struct是DICOM标准中用于描述放射治疗计划的结构集部分，包括了放疗中的重要结构如靶区和关键器官的轮廓。 NIfTI（Neuroimaging Informatics Technology Initiative）是神经影像研究中常用的一种图像格式，它是为神经影像数据的存储、处理和分析而设计的。NIfTI格式文件通常以.nii为后缀，能够存储图像数据以及伴随的元数据。 关于图像光栅化: 图像光栅化是将图像从矢量形式（如线条、形状等）转换为由像素点阵构成的栅格形式的过程。在计算机图形学中，光栅化是将三维场景渲染到二维屏幕上所使用的关键技术之一，常见于计算机辅助设计（CAD）、动画制作以及医学图像处理领域。 关于切片插值: 切片插值是指在两个切片之间进行数据的估算和补充，以生成更加平滑的图像或遮罩。在医学影像处理中，插值可以用来改善图像的质量，或者重建因扫描时采样不足导致的图像细节丢失。 关于Python: Python是一种广泛使用的高级编程语言，以其清晰的语法和强大的标准库而闻名。Python支持多种编程范式，包括面向对象、命令式、函数式和过程式编程。在数据科学、机器学习、网络开发、系统自动化、信息技术、图像处理和许多其他领域中，Python都扮演着重要角色。 关于命令行界面（CLI）工具: CLI工具是指那些通过命令行界面与用户交互的软件工具。与图形用户界面（GUI）不同，CLI工具依赖于文本命令来接收用户输入，运行程序或脚本，并显示输出结果。CLI工具通常更加灵活，能够通过脚本进行自动化操作，而且在很多情况下，它们比GUI工具更加高效。 使用pip安装和查看帮助: pip是Python的包管理工具，用于安装、卸载和管理Python包。如果dcmrtstruct2nii可以通过pip安装，用户可以在命令行中输入特定的命令来安装这个工具。而查看工具帮助通常涉及运行带有帮助参数的命令，例如`dcmrtstruct2nii --help`，这将展示如何使用该工具的详细信息。