antsRegistrationSyN.sh -m brain.nii.gz -f brain_subjects.nii.gz -n 90 -t sr -o S1 antsRegistrationSyN.sh -m brain_subjects.nii.gz -f b0.nii.gz -n 90 -o S2 antsApplyTransforms -i BN.nii.gz -r brain_subjects.nii.gz -t S10GenericAffine.mat S11Warp.nii.gz -o inter.nii.gz -n NearestNeighbor antsApplyTransforms -i inter.nii.gz -r b0.nii.gz -t S20GenericAffine.mat S21Warp.nii.gz -o nearest.nii.gz -n NearestNeighbor

这是一个基于 ANTs 工具箱的脑部图像配准流程，可以将一个参考脑图像（brain.nii.gz）与多个脑图像（brain_subjects.nii.gz）进行配准。这个流程主要步骤包括：首先用 antsRegistrationSyN.sh 命令将参考脑图像与多个脑图像进行非线性配准，生成变换矩阵 S1。然后再用 antsRegistrationSyN.sh 命令将已配准的脑图像与 b0.nii.gz 进行线性配准，生成变换矩阵 S2。最后用 antsApplyTransforms 命令将 BN.nii.gz 按照变换矩阵 S1 和 S2 进行变换，最终得到经过配准后的 nearest.nii.gz 图像。其中，-n 90 表示使用 90 个正交步长进行配准，-t sr 表示使用 SyN 正则化方法进行非线性配准，-o 表示输出文件名。-n NearestNeighbor 表示插值方法采用最近邻插值。