python nii.gz怎么保存
时间: 2023-12-03 18:00:42 浏览: 27
Python中可以使用第三方库nibabel来保存nii.gz文件。以下是一个示例代码,演示了如何使用nibabel来保存nii.gz文件:
```python
import nibabel as nib
import numpy as np
# 创建一个示例的数据数组
data = np.random.rand(10, 10, 10)
# 创建一个Nifti1Image对象
image = nib.Nifti1Image(data, np.eye(4))
# 保存为nii.gz文件
nib.save(image, 'example.nii.gz')
```
首先,我们导入nibabel库。然后,创建一个示例的数据数组,这个数组可以是任意维度的。接下来,我们使用创建一个Nifti1Image对象,传入数据数组和空的仿射矩阵。最后,使用nib.save函数将图像保存为nii.gz文件,指定保存路径和文件名。
相关问题
python 修改nii.gz格式图像分辨率
要修改nii.gz格式图像分辨率可以使用Python中的nibabel库。首先需要安装nibabel库,可以使用以下命令进行安装:
```
pip install nibabel
```
然后可以使用以下代码将原始图像读取为nibabel格式对象:
```python
import nibabel as nib
img = nib.load('original_image.nii.gz')
```
接着可以使用相应的方法修改分辨率,例如将分辨率修改为1x1x1:
```python
new_zooms = (1, 1, 1)
new_affine = img.affine.copy()
new_affine[0:3,0:3] = img.affine[0:3,0:3]*img.header.get_zooms()[:3]/new_zooms
new_img = nib.Nifti1Image(img.get_fdata(), new_affine)
```
最后将修改后的图像保存:
```python
nib.save(new_img, 'modified_image.nii.gz')
```
用python批量解压nii.gz文件
你可以使用Python中的gzip和os模块来批量解压nii.gz文件。下面是一个示例代码:
```python
import os
import gzip
import shutil
# 定义解压函数
def decompress_nii_gz(file_path):
# 打开压缩文件
with gzip.open(file_path, 'rb') as f_in:
# 获取解压后的文件名
output_path = os.path.splitext(file_path)[0]
# 解压文件
with open(output_path, 'wb') as f_out:
shutil.copyfileobj(f_in, f_out)
# 定义批量解压函数
def batch_decompress_nii_gz(folder_path):
# 遍历指定文件夹下的所有文件
for root, dirs, files in os.walk(folder_path):
for file in files:
# 检查文件扩展名是否为'.nii.gz'
if file.endswith('.nii.gz'):
# 构建文件的完整路径
file_path = os.path.join(root, file)
# 调用解压函数解压文件
decompress_nii_gz(file_path)
# 调用批量解压函数,传入文件夹路径
batch_decompress_nii_gz('/path/to/folder')
```
以上代码定义了两个函数,`decompress_nii_gz`用于解压单个nii.gz文件,`batch_decompress_nii_gz`用于批量解压指定文件夹下的所有nii.gz文件。你只需将`/path/to/folder`替换为包含nii.gz文件的文件夹路径即可。执行后,将会在同一文件夹下生成解压后的.nii文件。