如何用python批量调整.nii.gz格式的分辨率
时间: 2023-05-16 19:06:39 浏览: 326
基于MRI成像下的人体脊柱(spine)3D分割数据集(nii.gz格式)
你可以使用 SimpleITK 库来批量调整.nii.gz格式的分辨率。以下是一个示例代码:
```python
import SimpleITK as sitk
import os
# 设置输入和输出文件夹路径
input_folder = "input_folder_path"
output_folder = "output_folder_path"
# 获取输入文件夹中所有.nii.gz文件的路径
input_files = [os.path.join(input_folder, f) for f in os.listdir(input_folder) if f.endswith(".nii.gz")]
# 循环遍历每个输入文件,调整分辨率并保存到输出文件夹中
for input_file in input_files:
# 读取输入文件
image = sitk.ReadImage(input_file)
# 设置新的分辨率
new_spacing = [1.0, 1.0, 1.0] # 这里设置为1.0,你可以根据需要修改
# 调整分辨率
original_spacing = image.GetSpacing()
original_size = image.GetSize()
new_size = [int(round(original_size[0] * (original_spacing[0] / new_spacing[0]))),
int(round(original_size[1] * (original_spacing[1] / new_spacing[1]))),
int(round(original_size[2] * (original_spacing[2] / new_spacing[2])))]
new_image = sitk.Resample(image, new_size, sitk.Transform(), sitk.sitkLinear, image.GetOrigin(),
new_spacing, image.GetDirection(), 0.0, image.GetPixelID())
# 保存输出文件
output_file = os.path.join(output_folder, os.path.basename(input_file))
sitk.WriteImage(new_image, output_file)
```
这个代码将读取输入文件夹中所有.nii.gz文件,将它们的分辨率调整为1.0,并保存到输出文件夹中。你可以根据需要修改分辨率的值。
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