如何使用Python将.nii文件批量转换为.dcm格式？

在Python中，我们可以使用`nibabel`库读取`.nii`文件，并结合`pydicom`库将数据转换为`.dcm`格式。这里有一个简单的步骤指南：

1. 首先，安装所需的库：

   pip install nibabel pydicom

2. 定义一个函数来处理单个`.nii`文件：

   def convert_nii_to_dcm(nii_path, output_path):
       import nibabel as nib
       import pydicom

       # 读取nii文件
       nifti_img = nib.load(nii_path)

       # 获取数据和元数据
       data = nifti_img.get_fdata()
       affine = nifti_img.affine
       metadata = nifti_img.header.copy()

       # 创建一个新的DICOM Dataset对象
       dcm_dataset = pydicom.Dataset()
       for key in metadata.keys():
           if key.startswith(('intent_code', 'intent_name')):
               continue  # DICOM不需要这部分信息
           dcm_dataset[key] = metadata[key]

       # 设置基本的DICOM属性
       dcm_dataset.ImagePositionPatient = [metadata['pixdim'][1], metadata['pixdim'][2], metadata['pixdim'][3]]
       dcm_dataset.SliceLocation = 0
       dcm_dataset.Rows = data.shape[0]
       dcm_dataset.Columns = data.shape[1]
       dcm_dataset.PhotometricInterpretation = "MONOCHROME2"

       # 将数据添加到DICOM Dataset中
       dcm_dataset.PixelData = data.tobytes()

       # 写入.dcm文件
       with open(output_path, 'wb') as f:
           dcm_dataset.save_as(f)

3. 批量转换文件，假设`input_dir`是`.nii`文件所在的目录，而`output_dir`是你想保存`.dcm`文件的地方：

   input_dir = 'path/to/nii/files'
   output_dir = 'path/to/output/dcm/files'

   import os
   from glob import iglob

   # 检查输出目录是否存在并创建它，如果不存在的话
   os.makedirs(output_dir, exist_ok=True)

   # 列出.nii文件
   nii_files = iglob(os.path.join(input_dir, '*.nii'))

   for nii_file in nii_files:
       base_name = os.path.basename(nii_file)
       dcm_output_path = os.path.join(output_dir, os.path.splitext(base_name)[0] + '.dcm')
       convert_nii_to_dcm(nii_file, dcm_output_path)