使用python 如何批量把nii转成dcm

在Python中批量将.nii文件转换为.dcm文件，通常会使用医学图像处理库，例如`nipype`或`SimpleITK`，这两个库都支持常见的图像格式转换。以下是使用`nipype`的一个简单示例，它基于`nibabel`和`pydicom`：

首先，确保安装了`nipype`, `nibabel`, 和 `pydicom`，如果没有，可以通过以下命令安装：

pip install nipype nibabel pydicom

然后创建一个简单的脚本来批量转换：

from nipype.interfaces import afni
from nipype.utils.filemanip import split_filename

# 配置afni工具
gunzip = afni.Gunzip(in_file='*.nii', out_file='%s.nii.gz')

# 将.nii.gz转换为.dcm
convert_xfm = afni(ConvertXFM(in_file='%s.nii.gz', out_file='%s.dcm', outputtype='NIFTI_GZ'))

def convert_nii_to_dcm(input_folder, output_folder):
    input_files = [split_filename(f)[0] for f in glob.glob(os.path.join(input_folder, '*.nii'))]
    
    for nii_file in input_files:
        gunzip.inputs.in_file = os.path.join(input_folder, nii_file)
        gunzip.run()  # 先解压
        
        # 获取新生成的.nii.gz文件名
        _, _, base_name = split_filename(gunzip.outputs.out_file)
        
        convert_xfm.inputs.in_file = gunzip.outputs.out_file
        convert_xfm.inputs.outputfile = os.path.join(output_folder, base_name + '.dcm')
        convert_xfm.run()

# 调用函数并传入输入和输出目录
convert_nii_to_dcm('input_directory', 'output_directory')

这个脚本首先解压缩.nii文件，然后将其转换为.dcm。你需要替换`input_directory`和`output_directory`为你实际的文件夹路径。

注意：这个过程假设.nii文件是标准的神经影像格式，如果需要转换其他类型的.nii文件，可能需要相应地调整转换步骤。此外，在生产环境中，为了效率和资源管理，可能需要考虑使用队列系统或者分布式计算框架。