是用python 批量将nii文件转化成dcm文件
时间: 2024-10-25 07:17:14 浏览: 28
fMRI如何将4D-nii文件转化为3D-nii文件工具箱
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在Python中批量将`.nii`文件转换为`.dcm`文件,你可以使用`nipype`库,它是一个神经影像处理工作流框架,包含了各种工具来处理常见的神经影像格式转换。这里是一个简单的步骤:
首先,你需要安装必要的库:
```bash
pip install nibabel pydicom nipype
```
然后编写一个Python脚本,例如:
```python
import os
from nipype.interfaces import io as nio
def convert_nifti_to_dcm(input_folder, output_folder):
# 初始化一个NIFTI读取器
read_nii = nio.CopyFile()
read_nii.inputs.in_file = input_folder
# 初始化一个DICOM写入器
write_dicom = nio.CopyFile()
write_dicom.inputs.out_file = os.path.join(output_folder, os.path.basename(input_folder) + '.dcm')
# 创建一个工作流程
workflow = nio.Workflow(name='convert_nifti')
workflow.connect(read_nii, 'out_file', write_dicom, 'in_file')
# 遍历输入目录中的.nii文件
for filename in os.listdir(input_folder):
if filename.endswith('.nii.gz'):
input_file_path = os.path.join(input_folder, filename)
workflow.run(plugin='MultiProc', plugin_args={'n_procs': 1}) # 使用多进程并行处理
# 调用函数并指定输入和输出路径
input_folder = 'path/to/input/folder'
output_folder = 'path/to/output/folder'
convert_nifti_to_dcm(input_folder, output_folder)
```
在这个脚本中,`nio.CopyFile` 接口用于读取`.nii`文件并将内容复制到`.dcm`文件中。工作流程会遍历输入文件夹里的`.nii.gz`文件,并逐个进行转换。
注意:
1. 需要确保你的系统有足够的权限来访问和写入输出目录。
2. `plugin_args={'n_procs': 1}` 可能需要调整为适合你的计算机性能,更大的值可以加快处理速度,但如果内存不足可能会导致错误。
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