"NCBI生物数据库的BLAST检索及双序列比对原理与应用"

本节课主要回顾了数据库搜索和双序列比对的基本知识。首先介绍了互联网上存放大量免费的生物学数据库，并有基本的数据分析工具，NCBI包含了生物大分子序列的各种最基本数据库，其中包括了参考序列数据库（RefSeq）和GenBank数据格式（GBFF），这些数据库包括了核酸和蛋白质序列，是高质量的非冗余的数据库。通过Entrez检索系统，我们可以进行关键词检索，检索该网站所有的子数据库。双序列比对有三种情况：匹配、不匹配和空位，可以帮助我们发现两条序列一致性位点的百分比，或者保守性位点的百分比。动态规划法比对两条序列可以获得数学上的最佳值，可以进行全局和局部的比对，相似性是查找确认同源序列的最基本步骤。接着，课堂练习部分主要包括了动态规划法算法对双序列比对结果的影响，双序列比对的动态规划算法的时间复杂度，以及用点阵法确认一条rna序列是否具有发夹状结构和点阵法进行去噪处理的原因。 此外，BLAST数据库检索.ppt和回顾——数据库搜索• 互联网上存放大量免费的生物学数据库，并有基本的数据分析工具。• NCBI包含生物大分子序列的各种最基本数据库。• Entrez是NCBI的检索系统，提供关键词检索功能，可检索该网站所有的子数据库。• 参考序列数据库（RefSeq）包括核酸和蛋白质序列，是高质量的非冗余的数据库。• GenBank数据格式（GBFF）包含序列大量的相关信息。1 /90回顾——双序列比对• 双序列比对有三种情况：匹配（得分为正），不匹配（蛋白质有保守性问题），空位（罚分）。空位罚分一般采用仿射罚分。• 双序列比对可以帮助我们发现两条序列一致性位点的百分比，或者保守性位点（蛋白质）的百分比。• 动态规划法比对两条序列可以获得数学上的最佳值（受打分矩阵影响）。• 可以进行全局（长度接近）和局部的比对。• 相似性是查找确认同源序列的最基本步骤。同源序列一般具有统计显著的相似性。2 /90课堂练习• 应用动态规划法算法，打分系统是否对双序列比对结果有影响？为什么？• 双序列比对的动态规划算法的时间复杂度？• 用点阵法确认一条rna序列是否具有发夹状结构。• 点阵法为什么要进行去噪处理，用什么方;" 总的来说，本节课主要讲述了在生物学领域中，通过NCBI的数据库和检索系统进行数据库搜索的方法，以及利用双序列比对和动态规划法等技术进行序列分析和比对的相关知识。同时也提到了一些实际的应用练习，帮助学生更好地理解和掌握所学的知识。这些内容对于生物信息学、生物工程和其他相关领域的学生和研究人员来说，都具有一定的实际意义和应用价值。希望通过本节课的学习，可以帮助学生们更好地理解和运用相关知识，为将来的实际工作和研究打下坚实的基础。