HIV-1逆转录酶抑制剂研究：分子对接与3D-QSAR分析

"DATA类HIV-1 逆转录酶抑制剂的分子对接及3D-QSAR研究" 本文详细探讨了针对HIV-1逆转录酶的DATA类抑制剂的分子对接和三维定量构效关系(3D-QSAR)研究。40个二芳基三嗪类化合物作为研究对象，这些化合物被证实具有抑制HIV-1逆转录酶的能力。在分子对接实验中，研究发现化合物的活性关键取决于以下几个因素： 1. 疏水性芳香取代基团：两个疏水性的芳香基团在抑制剂与逆转录酶结合口底部形成疏水性和范德华力，这对化合物的活性至关重要。 2. 三嗪环母核及R4取代基：三嗪环结构与酶的结合口存在氢键和静电相互作用，而R4位置的取代基也参与了这种作用，对活性有显著影响。 3. 空间位阻效应：R4取代基的存在可能产生空间位阻，这可能影响抑制剂与酶的结合效率。 基于分子对接的优势构象，研究人员进行了分子叠合和CoMSIA（比较分子相似性指数分析）研究，构建了四个具有高预测能力的3D-QSAR模型。其中，最佳模型是基于立体场、静电场和疏水场的CoMSIA模型，该模型的统计指标包括：决定系数r²为0.971，留一法交叉验证的决定系数q²(LOO)为0.738，以及预测决定系数r²pred为0.833。 模型结果显示，对活性贡献最大的力场依次是疏水场、静电场和立体场。因此，为了优化这一系列逆转录酶抑制剂的结构，可以从以下两方面着手： 1. 改造R3取代基：通过调整R3位置的取代基，增强与活性口袋底部的空间匹配度和疏水相互作用。 2. 强化R4取代基的电荷相互作用：增加R4位置取代基与酶袋口氨基酸残基的静电相互作用，同时需考虑分子的柔韧性，避免产生不利的空间位阻效应。 关键词：三维定量构效关系，比较分子相似性指数分析，分子对接，二芳基三嗪，逆转录酶抑制剂 这篇论文属于首发论文，来源于《中国科技论文在线》，由王琴等人撰写，研究团队主要致力于计算机辅助药物设计，特别是涉及HIV-1逆转录酶抑制剂的研究。通过这样的研究，有望为开发更有效、低副作用的抗HIV药物提供理论指导。