Sire分子模拟框架最新版下载指南
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更新于2024-11-15
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资源摘要信息: "Sire分子模拟框架___下载.zip"
知识点说明:
1. 分子模拟框架概念：
分子模拟框架是一种计算机软件或程序库，用于模拟和研究化学和生物分子系统的行为。它通过应用物理学和化学原理来模拟原子和分子间的相互作用，以预测分子系统在不同条件下的结构和动态特性。这类框架通常包含能够执行能量最小化、分子动力学模拟、蒙特卡洛模拟和量子力学计算等任务的算法和工具。
2. Sire分子模拟框架：
Sire是一个开源的分子模拟框架，它提供了一系列的工具和库来执行和分析分子模拟。Sire设计时考虑了模块化和可扩展性，以支持从简单的经典力场模拟到复杂的多尺度模拟。Sire特别注重于处理大型生物分子系统，并提供了一套完整的命令行和Python编程接口，使得用户可以自定义模拟流程并分析结果。
3. 下载和安装：
资源文件名为"Sire分子模拟框架___下载.zip"，表明这是一个提供下载功能的压缩包文件。用户可以从指定的网站或资源库下载这个压缩包，并通过解压缩软件将其解压缩。解压后，通常会有一个或多个文件夹，包含了Sire框架的安装文件、文档、示例脚本以及可能的配置文件。根据Sire框架的构建系统，安装过程可能需要一些额外的依赖库，如Python、C++编译器以及一些科学计算库（例如NumPy或SciPy）。
4. 使用和应用场景：
Sire框架通常用于生物分子的模拟，如蛋白质、核酸、糖类以及膜系统等。研究人员可以利用Sire进行药物设计、蛋白折叠、配体结合等研究工作。Sire支持多种力场，包括AMBER、GAFF、OPLS等，可用于模拟生物分子在不同环境下的行为，如溶剂效应和生物膜内的相互作用。
5. 开发版本说明：
在资源文件中提到的"Sire-devel"表明提供的是Sire分子模拟框架的开发版本。开发版本通常包含最新的功能和改进，但可能未经过完整的测试，可能包含一些尚未修复的bug。开发者和测试人员使用开发版本可以帮助识别并报告问题，从而推动软件的改进和完善。
总结：
"Sire分子模拟框架___下载.zip"是一个针对分子模拟领域的专业软件资源，适用于需要进行复杂生物分子模拟的研究人员和开发者。该资源的下载和使用需要一定的计算化学背景和编程知识，以便正确安装配置并应用于科学研究。通过对Sire框架的掌握，用户可以执行多种分子模拟任务，并对其结果进行深入的分析，进而在药物发现、生物技术和其他分子工程领域取得进展。
Sire分子模拟框架最新版下载指南 （3666个子文件） 
install_python.cmake 2KB zmatrix.cpp 82KB mol2.cpp 81KB cljatoms.cpp 67KB gridff2.cpp 61KB FindSire.cmake 8KB atommatchers.cpp 62KB amberparams.cpp 78KB SelectorM_CutGroup_.pypp.cpp 77KB ti.cpp 53KB System.pypp.cpp 125KB SelectorMDihedral.pypp.cpp 67KB amberrst.cpp 62KB moleculegroups.cpp 90KB get_glibc_version.c 148B openmmfrenergydt.cpp 60KB COPYING 18KB gridff.cpp 91KB MoleculeView.pypp.cpp 84KB openmmfrenergyst.cpp 198KB Evaluator.pypp.cpp 62KB coulombpotential.cpp 122KB LogVariables.cmake 6KB FindGSL.cmake 4KB GetSvnVersion.cmake 2KB _Squire_free_functions.pypp.cpp 54KB atomselection.cpp 99KB ff.cpp 52KB ForceFields.pypp.cpp 114KB SelectorM_Chain_.pypp.cpp 75KB moleculeview.cpp 51KB ljpotential.cpp 125KB structureeditor.cpp 160KB idengine.cpp 95KB amber.cpp 86KB biosimspace.cpp 50KB coordgroup.cpp 120KB MoleculeInfo.pypp.cpp 100KB winbuild.bat 169B FindNetCDF.cmake 3KB openmmmdintegrator.cpp 80KB GetGitVersion.cmake 2KB pdb2.cpp 85KB distancerestraint.cpp 55KB MolGroupsBase.pypp.cpp 111KB softcljpotential.cpp 213KB AtomSelection.pypp.cpp 163KB get_uname.c 560B QByteArray.pypp.cpp 53KB bld.bat 98B moleculegroup.cpp 67KB evaluator.cpp 57KB mover.cpp 53KB connectivity.cpp 122KB SelectorM_Atom_.pypp.cpp 75KB AtomEditorBase.pypp.cpp 54KB openmmpmefep.cpp 163KB internalparameters.cpp 105KB SelectorMol.pypp.cpp 57KB cljpotential.cpp 396KB forcefields.cpp 173KB LimitSirePythonExportSymbols.cmake 907B FindOpenMM.cmake 3KB system.cpp 91KB cljfunction.cpp 71KB SelectorMAngle.pypp.cpp 65KB GetSvnVersion.cmake 1KB FindSire.cmake 9KB identityconstraint.cpp 85KB bashrc 683B internalff.cpp 103KB protoms.cpp 51KB amberprm.cpp 150KB pgto.cpp 53KB cljboxes.cpp 58KB FindVector.cmake 5KB grotop.cpp 250KB cljrffunction.cpp 307KB md5.c 12KB ConnectivityBase.pypp.cpp 83KB rigidbodymc.cpp 64KB CheckCXX11Features.cmake 4KB GetGitVersion.cmake 2KB charmmpsf.cpp 149KB point.cpp 53KB SelectorM_Residue_.pypp.cpp 77KB DownloadAndCheckMD5.cmake 1KB gro87.cpp 63KB MoleculeGroup.pypp.cpp 80KB moleculeinfodata.cpp 99KB SelectorMImproper.pypp.cpp 67KB potentialtable.cpp 53KB gromacsparams.cpp 65KB ZMatrixCoords.pypp.cpp 62KB SelectorMBond.pypp.cpp 64KB SelectorM_Segment_.pypp.cpp 77KB moleculeparser.cpp 78KB pdb.cpp 57KB cljshiftfunction.cpp 293KB LogVariables.cmake 6KB共 3666 条
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