Ettan DIGE系统安全与操作指南：2D电泳与DeCyder应用详解

Ettan DIGE（Difference Gel Electrophoresis）是一种在蛋白质组学研究中广泛应用的技术，由GE公司提供的一种双向电泳系统，用于比较和分析不同样品中蛋白质表达的差异。本手册详尽介绍了Ettan DIGE系统的操作、原理、实验设计和步骤，旨在确保用户安全并有效使用该系统。 1. **系统概述**：EttanDIGE系统是一个完整的2D差异凝胶电泳平台，通过将蛋白质样本在第一向电泳（IPG电泳）中分离出等电聚焦条带，然后在第二向SDS-PAGE中进一步分离，实现对蛋白质丰度和/或亚型的差异分析。系统的关键部分包括内标使用、CyDye DIGE Fluor染料标记和DeCyder 2D软件的联合检测与匹配。 2. **2D分析流程**： - **分析工作流程**：包括实验设计、样本准备、染料标记和电泳过程。设计时需考虑内标的选择（如最小标记法或饱和标记），确保每个样品均含有内标，以便进行准确的相对定量。 - **制备工作流程**：详细指导了从样本收集到电泳前的各个环节，包括pH调节、蛋白质浓度测定、内标的制备以及CyDye DIGE Fluor染料的标记方法。 3. **安全注意事项**：手册反复强调了安全操作的重要性，包括警告和谨慎标志，提醒用户在操作过程中必须避免个人损伤和设备损坏，直到系统状态明确。 4. **DeCyder 2D软件**：软件是数据分析的核心，用于联合检测凝胶内的蛋白质差异和不同凝胶之间的匹配，以评估样本间的丰度变化。它提供了统计检验功能，帮助研究人员确认结果的可靠性。 5. **实验操作指南**： - **实验设计**：包括如何合理安排内标试样、生物学重复、样本随机化以及避免不必要的凝胶重复。 - **样本制备与标记**：具体描述了各种步骤，如推荐使用的溶液、操作流程、pH调节、蛋白质浓度测量、内标和染料的制备及标记方法。 Ettan DIGE用户手册提供了全面的指导，帮助用户掌握双向电泳技术，从样本处理到数据分析，确保实验的严谨性和准确性。通过遵循手册中的指导，用户能够优化实验设计，减少误差，并且安全有效地使用Ettan DIGE系统进行蛋白质差异分析。