基于论述的内容，可以得出以下20字中文标题：OpenMechanochem：机械化学的Python模块

软件X 16（2021）100879原始软件出版物OpenMechanochem：一个用于机械化学模拟的Python模块Danjo De Chaveza，Jun，Jun-ya Hasegawaba北海道大学化学科学与工程研究生院，N13 W8，Kita-Ku，Sapporo 060-0810，Japanb日本札幌市北区N21 W10北海道大学催化研究所，邮编001-0021ar t i cl e i nf o文章历史记录：2021年7月30日收到收到修订版2021年10月6日接受2021年关键词：机械力化学分子模拟量子化学原子模拟环境势能面a b st ra ct近年来，随着计算化学工具的出现，可以研究详细的反应热力学和动力学，然而，大多数化学软件包不能解决机械化学现象，计算化学家需要修改量子化学软件来进行专门的模拟。目前的实现包括力修正势能面（FMPES），外力解释包括（EFEI）和强制几何优化（EGO）形式主义。这还包括基于壁电位的函数来模拟机械研磨。在这项工作中，一个Python模块，允许在分子几何优化和分子动力学模拟过程中包含外力，同时几乎采用任何量子化学或分子力学软件。预计OpenMechanochem将促进机械化学反应模拟，解释外力对化学系统的相互作用版权所有©2021作者。由爱思唯尔公司出版这是CC BY许可下的开放获取文章（http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）中找到。代码元数据当前代码版本1.0.1用于此代码版本的代码/存储库的永久链接https://github.com/ElsevierSoftwareX/SOFTX-D-21-00140Code Ocean compute capsuleGNU Lesser General Public License v2.1使用git的代码版本控制系统使用的软件代码语言、工具和服务Python3.7编译要求、操作环境依赖性ASE，numpy如果可用，链接到开发人员文档/手册https://github.com/danjodc/OpenMechanochem/README.md问题支持电子邮件dechavezdanjo@cat.hokudai.ac.jp1. 动机和意义机械力化学是化学的一个分支，研究外部机械力与任何化学体系的相互作用[1，2]。图图1显示了理论上的双原子分子及其Morse势曲线（蓝色）。在沿着键坐标添加外力（橙色）时，一维势能面（灰色）发生变化。这导致键离解能从D降低到 D*通讯作者。电子邮件地址：dechavezdanjo@cat.hokudai.ac.jp（Danjo De Chavez）.https://doi.org/10.1016/j.softx.2021.100879近年来，对机械化学研究的兴趣显著增加，相关出版物的数量证明了这一点（图1）。2）的情况。外力在化学反应中的应用导致了新途径的发现[4，5]，受控的选择性[6]和增加的反应性[7]。它已应用于不同的化学领域，包括药物化学[8然而，其中大部分，缺乏机制的研究归因于机械化学条件下的反应跟踪的困难。计算化学模拟已经成为一种标准的工具，通过其相应的势能面获得复杂反应系统的基本理解的2352-7110/©2021作者。 由Elsevier B.V.出版。这是一篇开放获取的文章，使用CC BY许可证（http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。可在ScienceDirect上获得目录列表SoftwareX期刊主页：www.elsevier.com/locate/softxDanjo De Chavez和Jun-ya Hasegawa软件X 16（2021）1008792Fig. 1. 势能面的力修正。资料来源：经许可改编自参考文献。[3]的文件。©1940年美国化学学会。势能面也以对应于所关注的键长的第二分子参数表示。这样做，3S-COGEF显示出预测的粘结断裂力要求的显著降低，这是CO-GEF的已知限制。在他们的原始论文中，他们报告了与显式力模型相当的预测。虽然这种改进是显著的，但应该理解基本假设。附加参数b是要断裂的键，其将3S-COGEF形式体系的效用限制于已知由于以下原因发生的反应：到机械牵引实验。根据这一局限性，我们知道，机械扰动不仅移动了稳定流形的位置，而且移动了特征路径，这一特征路径可能导致3S-COGEF没有考虑的不同反应机制。作为COGEF和3S-COGEF的替代方案，可以在化学反应模拟过程中明确处理机械力在这种情况下，作用在分子的原子i上的有效核力由下式给出：势能面（图1）显示了最简单的可能性。Fi=Fi+Fi=10V从头算 +Fi（一个）其中有一个奇异的分子坐标。然而，在这方面，总abinitio分机号ext感兴趣的分子通常包含数十到数百个冗余的内部分子坐标。一般来说，具有N个原子的任何非线性分子的势能面是3 N-6维超曲面，其中外力的作用研究力的影响的一种简单方法可以使用约束几何模拟外力（COGEF）形式[22]。在这种形式主义下，选择距离坐标r。形成键r的原子a和b受到距离约束，然后允许松弛。力，f，之后近似，因此施加到系统的有效力是根据模拟后验确定的。使用用于键的不同距离r允许模拟牵拉并产生COGEF势。为 了 提 高 对 化 学 的 保 真 度 ， Brügner 和 Walter 开 发 了 3S-COGEF，作为对原始COGEF的改进。在3S-COGEF中，用标准计算技术研究所关注的反应，从而优化反应物、过渡态和产物结构。这些构成了3S-COGEF的三个组件，这些组件通过先前收敛的最小能量路径连接[23]。此外，除了模型的总线性化长度之外，其中第一项是有效的从头算核力，第二项是外力。这改变了稳定流形的位置，如反应物和过渡态，基于外力，转化为对化学反应和动力学的独特控制。在实践中，量子化学软件包用于通过薛定谔方程确定从头算核力。然而，大多数软件包不包含处理等式2的第二项（一）. 在本文编写期间，只有TeraChem、Q-Chem和ORCA具有此功能[24这使得机械化学模拟难以获得对实验结果的基本理解。正是在这方面，开发了一个Python模块本文的结构如下：第一部分介绍了机械力化学的背景及其当前的应用，这使得发展具有重要意义。第2节讨论OpenMechanochem的技术细节。第3节提供了使用该模块的简单教程。而对化学研究的影响在第4节中强调。最后，将在第5节讨论结论。图二、1 9 9 1 年至2021年机械化学相关出版物数量。标题检索查询仅限于Danjo De Chavez和Jun-ya Hasegawa软件X 16（2021）1008793N我我我2. 软件描述图三. OpenMechanochem中的数据交换-包括ASE框架。对象可用。Optimizer对象专用于使用常见算法（如BFGS）将结构优化到最小值2.1. OpenMechanochem作为原子模拟环境的扩展在为进一步的机械化学模拟铺平道路的到来它被设计为与原子模拟环境（ASE）一起工作，可以很容易地连接到各种量子化学软件[27]。自ASE是一个基于Python的环境，它遵循面向对象的编程范式。几个ASE对象之间的数据交换总结为流程图（图1）。 3）。任何使用ASE的模拟的中心是原子对象，如图所示。3 .第三章。Atoms 对象包含化学模型的详细信息。也就是说，它在Python字典中总结了笛卡尔几何，能量和原子力，可以相互转换为其他ASE支持的格式，如xyz和cif。这也包含周期性的边界条件，细胞大小，应力张量，和更高的衍生物，如极化率。此外，用户定义的标签可以用来子集一个复杂的模型结构。传统上，化学模型中原子的分组是使用它们在分子文件中的索引（例如xyz，cif）完成的。在ASE的Atoms对象中例如，我们可以根据板模型的层进行标记，并在这些标记的基础上放置约束。这也可以用于QM/MM模拟，以标记应该是QM（MM）区域的一部分。使用ASE进行模拟的另一个重要对象是Calculator对象。Calculator对象包含要在模拟中使用的量子化学软件或分子力学软件的类型。它还确定了所选软件的唯一计算参数。请注意，化学反应模拟的瓶颈是能量及其导数的计算。在ASE中使用OpenMechanochem不会影响计算器对象的SCF计算效率。外部机械力通过简单的矢量代数计算，并且仅在SCF计算之后添加。在这一点上，可以容易地进行单点能量计算，并且可以计算诸如能量及其导数的参数。测定然而，这样的计算提供了最小的化学意义。必须优化结构，GPMin、MDMin和FIRE，这些都是现成的[28也可以使用基于SciPy的优化算法[31]。为了确定过渡态几何形状，有两个独特的模块可用：二聚体和NEB模块，分别实现二聚体方法和轻推弹性带及其选定的变体[32从这些模块派生的Python对象与atoms对象进行通信，以获得以前的几何和导数。此外，这些对象还提供由计算器对象计算的新几何图形。2.2. OpenMechanochem功能OpenMechanochem 模块可以生成两种类型的Python对象，LinearPull和WallPotential。两者都继承自原始ASE原子对象。因此，它包含了当前分子几何的几何坐标和原子力这两个物体的共同点是计算外力，这些外力将被添加到从量子化学计算器导出的原子力中。使用简单的拉动的双原子分子沿键坐标的模块进行测试这也是本教程中的示例计算。补充信息中提供了其他说明和软件详细信息2.2.1. LinearPull类牵引模拟可以通过在优化过程中改变核力来完成。在模拟之前定义施加的力，而在优化之后确定内部分子坐标的变化。力修正势能面（FMPES）这种形式主义是第一个明确的处理力的机械化学应用[38]。“力修改势能曲面”定义了一组点，这些点被定义为拉伸点，用于定义拉伸方向。作用在原子上的净力可以计算为电子力和外力之和因此，作为力的函数的势可以写为：VFMPES （r，F）= Vabinitio（r）+ ∑F 0（rfix − ri <$−rfix −r0<$）（二）我最小值或最大值，对应于平衡和过渡国家结构，分别。为此，分离ASEEq的第一项。（2）是总的电子能量，薛定谔方程的解根据量子理论Danjo De Chavez和Jun-ya Hasegawa软件X 16（2021）1008794=见图4。使用原始FMPES形式主义的环丁烯拉动模拟的方案。图五、使 用 EF E I 形 式 主 义 的环丁烯牵引模拟的 方 案 。力学中，该术语表示依赖于原子坐标R。在这种情况下，一个恒定的力，F0，被施加到选定的原子的分子朝向一组固定点，r固定，在笛卡尔空间。 图 4，外力被添加到原子1和2，而蓝色球体代表决定矢量方向的固定点。第二项占古典作品，w在外力作用下，the system.实际上，这是图1所示的Kauzmann-Eyring模型的多向扩展。1 .一、Ong及其同事通过超声处理研究了环丁烯的开环，这是最流行的机械化学驱动反应之一[38]。先前表明，环丁烯在机械化学条件下打破了这种形式主义也被扩展为一个非恒定的拉力[39]。我们之前的论文利用这种形式描述了酸催化甲壳素水解中的力诱导选择性[40]。这表明机械化学活化不同于热化学活化，并且可以导致新的和有趣的途径。这种形式在GPU加速的TeraChem软件包中实现[26]。外力解释包括（EFEI）Ribas-Arino和Marx在2009年[41]开发了优化和动力学期间外力的另一个相关处理。EFEI势函数采用以下形式：VEFEI（r，F0）=Vabinitio（r）−F0q（r）（3）可以观察到，FMPES和EFEI势能函数共享相同的第一项和相似的第二项。EFEI的第二项取决于q（r），这是分子内部坐标。图图5示出了环丁烯沿着atom 1-atom 2距离坐标拉动。也许，EFEI的优势之一在于这种内部坐标依赖性。分子几何优化通常沿着内部坐标空间进行，并且预期直接依赖性将减少力矩阵反演期间的数值不稳定性。应该注意的是，EFEI势函数实际上可以从FMPES形式主义中推导出来[42]。这可以通过自适应地拉动来完成，即附接点与拉动点一起移动，如图6所示。EFEI在Q-Chem和ORCA中实现，而自适应拉动FMPES也在TeraChem中实现[24强制几何优化（EGO）强制几何优化（EGO）可以被认为是FMPES的多力，多点扩展相比于见图6。使用自适应拉动FMPES形式主义进行环丁烯拉动模拟的方案。图7.第一次会议。 使用EGO形式主义的苯牵引模拟。Wolinski和Baker的讨论是从讨论有效哈密顿量的可分性开始的[43]。H=H0+H1=H0−∑Ra·Fa（4）一上述方程的解回归到与FMPES类似的势函数。也就是说，与FMPES相关联的F0沿着距离坐标Ra被替换为Fa。这转化为一个物理模型，其中可变的力可以手动分配给原子。图7示出了沿着三个键坐标拉动的苯环。在类似情况下，可以使用EGO方法。在松弛或几何优 化 后 ， 这 些 初 始 力 在 整 个 分 子 中 重 新 分 布 ， 遵 循 势 能 面 的Hessian。一般来说，本节中讨论的方法仅模拟仅使用单原子力显微镜实现的分子牵引。机械化学方法不仅限于拉伸。在制备机械化学合成中，基于普及性，球磨是选择的工具。与单分子拉伸相比，球磨中的力是复杂且不平凡的。这些方法的另一个局限性是，有限的温度效应，可能导致早期破裂事件没有考虑在这些形式主义。在这种形式主义下的温度校正可以使用具有足够的化学系综采样的凝聚相计算来实现。这通常是使用分子动力学来完成的。力修正，以模仿人工拉动，如上述调查可以结合到MD引擎有适当的统计描述键断裂现象。对于感兴趣的读者，推荐Dreuw，Marx，Friščić和Moore小组的评论[1，2，11，16]。LinearPull对象模拟单个原子的拉动。目前，有三种形式主义在此下实现：（1）FMPES，（2）EFEI和（3）EGO。此命名作为LinearPull对象中的方法参数。正如这些理论所解释的那样Danjo De Chavez和Jun-ya Hasegawa软件X 16（2021）1008795R见图8。 （a）用A和B作为反应物的球磨实验的示意图。一个球撞击另一个球（或一堵墙）可以产生垂直于另一个球（或墙）的力。一个参考。（b）壁面（平面方程）可以通过给出三个原子指数（1，2，3）来定义然后由height参数替换前面只讨论对象实现3.类Lennard-Jones势请注意，所有形式都需要使用pullforce键提供显式的作用力。在FMPES模式下，对象实例还需要两个长度等于2的列表，对应于拉动点（pp），VLJ（r）=−k[（一）十二R（一）六]R（七）应用点（AP）。ap集是使用原始atoms对象的原子索引定义的。而pp集合是使用对应于拉动点的笛卡尔坐标的三个元素的列表来定义的。在EFEI模式中，牵拉坐标是化学系统的键坐标，其可以被定义为任何两个原子的集合。这是使用ap关键字为LinearPull对象提供的。与FMPES类似，ap集合由相对于atoms对象的原子索引列表定义EGO形式主义可以被认为是EFEI形式主义的多向扩展。也就是说，实现需要一个列表的列表，其中内部列表与ap集相同。pullforce键中显示的总力除以要拉动的焊接坐标总数，即EGO模式所需的2D列表2.2.2. 壁电位类球磨实验的示意图如图1所示。第8（a）段。在分子尺度上，球 的 曲 率 可 以 假 设 为 零 ， 因 此 假 设 特 征 是 -飞 机 的 颠 簸WallPotential对象提供了一个虚构的约束平面，该平面通过以下方式与化学系统相互作用：一个特定的潜在功能。墙是使用三点公式计算的假想平面。WallPotential对象使用用户通过关键字提供的三个原子的笛卡尔坐标来然后，可以使用height关键字沿平面的法线将计算出的平面移位一定的距离 图在图8（b）中，平面由位于xy平面中的原子1、2和3限定，因此高度参数沿着z方向。当前的实现包括以下类型的距离相关势函数：1. 线性电位VL（r）= −kr（5）2. 反电势VI（r）= −k（6）与LinearPull对象类似，WallPotential对象在原子上添加力以模拟约束。为了计算与壁相关的力，确定单个原子-壁距离。使用用户选择的势函数的导数来评估要添加的力。然后，这些被添加到电子结构起源的原子力力的大小可以使用力键k来缩放，这是通过将常数乘以导数来完成的。3. 说明性实例在本教程中，我们将使用FMPES和EFEI形式主义来沿着键坐标拉动氢分子。Open- Mechanochem类LinearPull和WallPotential继承 自 ASE atoms 对 象 ， 因 此 需 要 Atoms 实 例 如 前 所 述 ，OpenMechanochem模块设计用于处理ASE对象。为了开始模拟，我们加载必要的Python和ASE模块。1234在上面的代码块中，加载了Atoms 、read、BFGS和EMT 类Atoms实例生成分子。读取功能允许用户读取几种类型的分子对象，如xyz，csf，立方体文件等。在此示例代码中，将使用Broyden-Fletcher- Goldfarb-Shanno（BFGS）算法将几何优化为最小值在ASE中，可以使用基于有效介质理论（EMT）的量子化学计算器. EMT计算器是一个简单而有效的计算器，具有原子特定的参数化。在ASE中，EMT计算器用于演示和代码测试，这使得它成为这种情况下合适的计算器引擎。12此时，numpy和mechanochem模块被加载并分别别名为np和mc。在此之后，一个名为'mol'的Atoms对象importnumpyasnpimportmechanochemasmc从一个人到另一个人。ioimportre ad从我这里。最佳选择BFGS从我这里。 电话号码。emtimportEMT−Danjo De Chavez和Jun-ya Hasegawa软件X 16（2021）1008796图9.第九条。 遵循FMPES形式主义的氢拉动方案。1mol=read（' hyd r og e n. xyz1234用户应该为Lin-earPull对象提供特定的关键字参数，这将取决于方法键。如前所述，OpenMechanochem类继承自Atoms对象，并接受类似的参数，如计算器，pbc等。使用FMPES，所需的参数是拉点，应用点和应用力。这可以通过使用关键字pp来完成，ap和拉力。在FMPES中，牵引点和作用点的相对笛卡尔坐标至关重要。例如，图1中描述的系统。其中H0和H1分别是被拉向点A和B的氢原子，将具有以下pp和ap参数。1234应注意pp和ap列表中的位置相互对应。也就是说，pplist中的第一个list是索引为aplist的第一个元素的原子被拉到的方向。在给定的示例中，可以通过反转AppPoints列表的排列来实现下面的1 pulll=mc. LinearPull（ mol）在这一点上，我们将准备一系列的机械脉冲运行，沿着for环内的氢键坐标增加作用力。12345678910所施加的力的大小可以使用pullforce键来控制，该键自然被选为循环的迭代器。要反转力的方向，可以定义负值。请注意，所提供的力应该是原子单位，并且拉力在两个力矢量中平分。与FMPES相比，EFEI沿着内部分子坐标拉动。使用该方法，可以仅使用ap和拉力来定义拉力坐标。1如图2所示，它将氢分子拉离。 10个。ap列表与上面的FMPES情况相同，即1 AppPoints=[0，1]图10个。 遵循EFEI形式主义的拉氢方案。类似于FMPES模式，拉力被平均分配给由ap列表给出的两个原子LinearPull类参数化后，可以进行几何优化或分子动力学下面给出了 一个 例子 ， 用于 将BFGS 优化 到最 小值 ， 力公 差为 0.05eV/bohr。123分子动力学也可以类似地进行。建议用户访问ASE文档以获得MD和优化所需的参数描述与LinearPull类类似，WallPotential继承自atoms类。因此，应该提供原子的先前实例1wall=mc.WallPotential（mol）WallPotential类接受参数method、plane、height和wallforce。1方法定义与壁相互作用势的类型。平面是一个len（3）列表，对应于定义平面方程的原子索引。使用高度键可以沿垂直于平面的方向移动假想平面（图10）。 8）。类似于LinearPull类，可以通过wallforce键控制力的大小123使 用 WallPotential 类 还 支 持 优 化 和 动 力 学 。 LinearPull 和WallPotential可以同时使用这可以这样做，1234567或类似12345672HydrogenHH000 000 0000.000 0.000 1千普湖set_params（method=pulll=mc. LinearPull（ mol）普湖set_params（method =pullmethod，pp=pullPoints，ap=AppPoints，pullforce=force）mix=mc。WallPotential（pull）我是X。set_params（method=wallmeth od，plane=atomplane，height=10，wallforce=force）我是X。set_calculator（EMT（））dyn=BFGS（mix，trajory=m i x _ { } n N. 我知道 了。（i））死亡; run（fmax =0. 05）wall=mc.WallPotential（mol）瓦河set_params（method=wallmeth od，planne=atomplanne，height=10，wallforce=force）mix=mc。LinearPull（walll）我是X。set_params（method=pullmeth od，pp=pullPoints，ap=AppPoints，pullforce=force）我是X。set_calculator（EMT（））dyn=BFGS（mix，trajory=m i x _ { } n N. 我知道 了。（i））死亡; run（fmax =0. 05）在NP中的i。linspace（0，10，21）：力=ipulll. set_params（method=pp=PulPoint，ap=AppPoints，拉力=力）普湖set_calculator（EMT（））dyn=BFGS（pull，trajectory=' H yd log e n _ { } n N. 我知道了2016年01月01日@上午10时30分（瓦河set_calculator（EMT（））dyn=BFGS（wal ll，trajetory=“opti m i zati o n. 死亡;死亡run（fmax =0. 05）PullPoints=[[0. 000， 0。000，-2。000]，#PointA[0。000，0。000， 3。[000]]#PointBAppPoints=[0，1]瓦河set_params（method=普湖set_calculator（EMT（））dyn=BFGS（pull，trajetory=“opti m i zati o n. 死亡;死亡run（fmax =0. 05）Danjo De Chavez和Jun-ya Hasegawa软件X 16（2021）10087974. 影响该模块允许在化学反应模拟过程中包含外力，否则使用许多软件包无法访问这些外力。这种类型的模拟允许用户使用计算方法研究机械化学的新兴领域。计算化学允许化学系统的基本物理和电子结构的理解。通过与ASE框架的无缝结合，用户可以从45个不同的量子化学和分子力学软件包中选择他们的计算器。几何优化和分子动力学也可以用来研究机械力化学体系下的反应热力学和动力学。除了基于ASE的优化器外，SciPy和原始算法也受到支持[31]。安装可以使用pip或git轻松完成。该实现还允许用户选择使用哪种机械化学形式。这允许在笛卡尔坐标或内部分子坐标中添加力。也可以进行多方向拉动模拟。此外，壁电位可以模拟在机械研磨中看到的压缩推动在OpenMechanochem开发之前，只有三个量子化学软件允许开箱即用的机械化学模拟，其中两个是商业软件包。计算化学家必须深入研究源代码并检查软件架构。在此之后，机械化学形式主义的实现应该用其软件的原始语言编写，C或FORTRAN。在进行化学模拟之前，还需要进行编译和测试。使用OpenMechanochem可以跳过这个繁琐的过程。该模块可以直接简化研究过程，因为最终用户可以直接进行反应模拟。利用OpenMechanochem可以方便地进行机械力化学现象的计算研究。5. 结论OpenMechanochem模块支持机械化学反应模拟。该实现作为Python框架的扩展，使ASE中的各种工具和GUI可访问，同时将外 力的 影响 纳入 化学 系统 。它 包括 两种 模式 ， LinearPull 和WallPotential，每种模式描述不同的力包含模式。该模块的可用性允许机械化学模拟协议，即使是那些有限的编码背景。将来，将包括自动能量校正，以这将进一步简化机械化学应用的反应能量学分析。此外，有一个计划，包括另一个扩展的高压化学采用机械化学形式。竞合利益作者声明，他们没有已知的竞争性财务利益或个人关系，可能会影响本文报告的工作致谢这项工作得到了日本科学促进协会（JSPS）KAKENHI科学研究资助金（B）（编号：JP20H02685）和文部科学省（MEXT）项目（化学科学综合研究联盟这项研究也得到了日本北海道大学部分计算在RCCS（日本冈崎）进行。附录A. 补充数据与本文相关的补充材料可以在https://doi.org/10.1016/j.softx.2021.100879上找到。引用[1]Stauch T，Dreuw A.量子力学化学进展：电子结构方法与力分析。Chem Rev2016;116（22）：14137[2]放大图片作者：Marx D.共价机械化学：理论概念和计算工具与分子纳米力学的应用。Chem Rev 2012; 112（10）：5412 - 87。[3]放 大 图 片 作 者 ： Kauzmann W ， Eyring H. 大 分 子 的 粘 性 流 动 。 J AmChemSoc1940;62（11）：3113-25.[4]Roessler AG，Zimmerman PM. 研究如何弯曲和使用机械化学来打破反应路径。J Phys Chem C2018;122（12）：6996-7004。[5]Brown CL，Bowser BH，Meisner J，Kouznetsova 肺结核，塞里坦S，马-蒂内斯TJ 克雷格SL. 取代基影响在机械化学允许和禁止的环丁烯开环反应。J Am Chem Soc2021;143（10）：3846-55。[6]Chen L ， Bovee MO ， Lemma BE ， Keithley KSM ， Pilson SL ， ColemanMG，等. 机械化学条件下烯烃与重氮乙酸酯的环丙烷化反应的廉价且可回收的银箔催化剂。AngewChem Int Ed Engl2015;54（38）：11084-7.[7]杨 文 忠 ， 李 文 忠 ， 李 文 忠 ， 李 文 忠 .保 留 N- 乙 酰 基 的 甲 壳 素 催 化 解 聚 。ChemSusChem2015;8（22）：3760-3.[8]Tan D，Loots L，Friščić T.面向药物机械化学：从药物固体形式筛选到活性药物成分（API）合成的研磨过程的演变。Chem Commun2016;52：7760-81.[9]Sović I，Lukin S，迈斯特罗维奇E，豪劳斯我，我，波尔凯杜一、德洛古F、等人，通过原位拉曼光谱监测的活性药物制剂的机械化学制备。ACS Omega2020;5（44）：28663-72。[10]Ying P，Yu J，Su W.液体辅助研磨机械化学在药物合成中的应用。Adv SynthCatal2021;363（5）：1246-71。[11]Do J-L，Friščić T.机械化学：合成的力量。ACS Cent Sci2017;3（1）：13-9 ，P M I D ： 28 1 4 9 9 4 8 。[12]埃尔南德斯通过机械化学的CH键官能化。Chem EurJ2017;23（68）：17157-65。[13]Turberg M，Ardila-Fierro KJ，Bolm C，Hernandez JG.通过机械化学改变铜催化的A3偶联：从醛、胺和电石一锅合成1，4-二氨基-2-丁炔。Angew ChemInt Ed Engl2018;57（33）：10718-22.[14]Zareian R，Church KP，Saeidi N，Flynn BP，Beale JW，Ruberti JW.可能-在 天然组织中使用胶原/酶机械化学，动态，酶诱导蠕变。朗缪尔2010;26（12）：9917-26。[15][10]杨文，杨文，杨文.软机械化学（Soft mechanochemistry）：受自然启发的机械化学。朗缪尔2016;32（29）：7265-76。[16]Caruso MM，Davis DA，Shen Q，Odom SA，Sottos NR，White SR，et al.聚合物材料中机械引起的化学变化。Chem Rev2009;109（11）：5755-98。[17]Kryger MJ，Munaretto AM，Moore JS. 环丁烷机械载体的结构-机械化学活性关系。J Am Chem Soc2011;133（46）：18992-8.[18]张文辉，张文辉，张文辉.机械化学傅克烷基化--一种可持续的多孔有机聚合物的途径。 AngewChem Int Ed Engl 2017;56（24）：6859-63.[19][10]杨文，杨文.机械化学条件下的金属介导和金属催化反应。ACS Catal2020;10（15）：8344-94。[20]杜J-L，莫蒂略C，谭D，StruhanV，Friscic T.机械化学钌催化烯烃复分解反应。J Am Chem Soc2015;137（7）：2476-9.[21]Wang L，Yu Y，Razgoniaev AO，Johnson PN，Wang C，Tian Y，et al. 钯（0）双膦配合物氧化加成的机械化学调节。J Am Chem Soc2020;142（41）：17714-20。[22]拜尔MK。用密度泛函理论计算的共价键的机械强度。化学物理杂志2000;112（17）：7307-12。[23]放大图片作者：Walter M. 机械力化学中普遍路径的温度和加载速率依赖的断裂力。Phys Rev Mater2018;2：113603。[24]Epifanovsky E，Gilbert ATB，Feng X，Lee J，Mao Y，Mardirossian N，etal. 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