文章CASCADE：非编码变体改变的调节复合物结合图形摘要亮点TF-COF复合物与DNA序列的dCASCADE图谱结合dCASCADE鉴定了CRE处复合物CASCADE可以分析受单核苷酸多态性作者David Bray，Heather Hook，Rose Zhao，.利亚角作者：Matthew T.韦劳赫对应tsiggers@bu.edu简言之Bray等人开发CASCADE，一种分析与DNA结合的转录因子（TF）-辅因子（COF）复合物的方法。他们通过分析跨CXCL 10细胞因子启动子和~1，700单核苷酸多态性（SNPs）。他们预计CASCADE可以应用于不同的生物系统，以检查与DNA结合的调节复合物。Bray等人，2022，细胞基因组学2，1000982022年2月9日-作者。https://doi.org/10.1016/j.xgen.2022.100098会会~开放获取文章CASCADE：调节复合物结合的高通量表征被非编码变体改变大卫布雷，1，2，3，10希瑟胡克，1，2，10罗斯赵，1，2杰西卡L。2002年，中国队以4：1的比分战胜了德国队，并取得了世界冠军。Kottyan，4，7，8Matthew T.Weirauch，4，5，6，7和Trevor Siggers1，2，9，11，*1美国马萨诸塞州波士顿市波士顿大学生物学系2美国马萨诸塞州波士顿市波士顿大学生物设计中心3美国马萨诸塞州波士顿市波士顿大学生物信息学项目4Center for Autoimmune Genomics and Etiology，Cincinnati Children5美国俄亥俄州辛辛那提儿童医院医学中心发育生物学部8过敏和免疫科，辛辛那提儿童9资深作者10作者贡献相等11引线触点* 通讯地址：https://doi.org/10.1016/j.xgen.2022.100098tsiggers@bu.edu总结非编码DNA变体（NCV）通过改变调控复合物的结合位点来影响基因表达需要新的高通量方法来表征NCV对调控复合物的影响我们开发了CASCADE（Customizable Approach to Survey Complex Assembly atDNA Elements），这是一种基于阵列的高通量方法来分析辅因子（COF）募集。CASCADE鉴定了核提取物中DNA结合的转录因子-辅因子（TF-COF）复合物，并定量了NCV对其结合的影响我们证明了CASCADE在表征COFs p300和RBBP5（MLL亚基）向脂多糖（LPS）刺激的人巨噬细胞中CXCL 10启动子的条件特异性募集方面的灵敏度，并量化了所有可能的NCV的影响为了证明对NCV筛选的适用性，我们分析了TF-COF与人类宏基因组中1，700个单核苷酸多态性数量性状位点（SNP-QTL）的结合CASCADE将促进NCV分子机制的高通量测试，用于各种生物学应用。介绍了解非编码变异（NCV）如何改变基因表达并导致表型差异仍然是基因组学中的一个突出挑战。迄今为止，全基因组关联研究（GWAS）已经确定了数万个NCV-性状关联，但因果变异及其作用机制在很大程度上仍然未知。1-随后，已经开发了一系列创新的实验方法并用于研究NCV对TF-DNA结合的影响;然而，每种方法都具有对NCV机制的高通量注释的限制。传统的EMSA（电泳迁移率变动分析）6-单核苷酸多态性[SNP]）9和FREP（侧翼限制性增强下拉），10已被用于检查等位基因特异性TF结合。然而，这些方法一次仅允许分析几个目标NCV，并且不理想地适合于高通量应用。分析染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）数据中的等位基因不平衡提供了一种强大的基因组规模的方法来研究NCV对TF和染色质状态的影响，4，11当检查来源于群体研究的SNP时）。为了解决对DNA序列灵活性的需要，开发了两种最近的高通量方法，均命名为SNP-seq，10，17，以通过蛋白质纯化柱17中的差异保留或通过抑制限制性酶活性来筛选核蛋白的等位基因特异性结合的DNA寡核苷酸文库。这些SNP-seq方法可用于分析与数百种靶NCV结合的差异蛋白质，但不能鉴定所涉及的蛋白质，这需要用较低通量实验进行跟踪。CellGenomics 2，100098，February 9，2022？作者。1这是CC BY许可下的开放获取文章（http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。会开放获取文章2Cell Genomics2，100098，2022A BCOF效应子功能RNAPII不同细胞条件CASCADE：一种可定制的DNA元件测量复杂系统的方法种子SV探针探针COF招聘偏好COF募集基序C应用：Profile CREs将COF募集基序与TF数据库CREs处的细胞状态特异性TF-COF复合物瓦片探头级联应用：描述SNPs的机制发现受SNPG一无COFREF非REF招聘职位对2C. . .通过ETS网站招募COF每次筛选约1700个SNP图1.可定制的方法来调查复杂的组装在DNA元件（CASCADE）的方法和应用(A) 辅因子（COF）影响转录和染色质状态。(B) 使用DNA微阵列对来自感兴趣的细胞类型的核提取物测定COF向DNA的募集将COF募集测定为基因组来源的TF结合位点序列）和所有单变体（SV）探针。如五彩纸屑图所示，COF募集到单变体探针产生沿着DNA序列的核苷酸偏好偏好被转换为COF募集基序（即，一个COF招募标志）。将COF募集标志与TF基序数据库匹配以推断TF身份。(C) CASCADE应用概述CASCADE可应用于顺式调控元件（CREs）或单核苷酸多态性（SNP）对（参考[REF]和非参考[non-REF]探针）。参考探针涉及基因组共有核苷酸序列，而不涉及表型相关核苷酸变体。对于CRE，使用平铺探针跨越基因组区域，并且将每个平铺探针的COF基序整合到CRE范围的对于SNP对，确定两者的COF募集基序并进行比较。IRF，干扰素应答因子; ETS，成红细胞转化特异性。在这里，我们报告的发展级联（定制的方法来调查复杂的组装在DNA元件），一个基于阵列的方法，用于识别DNA结合的TF-COF（辅因子）复合物和测量的影响，NCV对他们的结合。CASCADE解决了当前方法的实际局限性TF主要通过将COF募集到DNA中来发挥作用，随后通过多种机制（包括与转录机制的（例如，介体），组蛋白修饰（例如，EP300组蛋白乙酰化酶）、DNA修饰（例如，DNA甲基化酶）、染色质重建（例如，SWI/SNF型复合物），或桥连到其它COF（例如，BRD4）（图1A）。18CASCADE用于分析COF向DNA微阵列的募集，目的是鉴定功能相关的TF-COF复合物并评估NCV对其DNA结合的影响。我们首先使用CASCADE来确定与已建立的TF结合基序匹配的COF募集基序，表征COF p300和RBBP 5（MLL亚基）向CXCL 10的条件特异性募集。核提取物DNA微阵列无COF招聘IRF网站ETS网站一不对1GΔ z分数-10-50510Δz分数-3-2-1012 3Δz分数-3-2-10123Cell Genomics2，100098，2022年2月9日3文章会开放获取启动子在脂多糖（LPS）刺激的人巨噬细胞中的表达。这证明了CASCADE用于定量DNA变体对TF-COF结合的影响的准确性为了证明CASCADE在鉴定TF-COF结合和COF募集的序列特异性中的效用，我们使用用LPS和干扰素γ（IFN-γ）刺激的人巨噬细胞，以刺激特异性方式分析TF-COF复合物与CRE和非编码SNP数量性状基因座（SNP-QTL）的结合。CASCADE代表了NCV功能注释的方法学进步，建立了NCV和COFs之间的直接联系，介导了基因调控的不同影响我们预期CASCADE可应用于抗体标记试剂可用且可产生足够高浓度核提取物的广泛细胞系统，例如可获得约1亿结果级联为了鉴定受NCV影响的细胞特异性TF-COF复合物，我们已经开发了CASCADE方法，其中我们使用与核提取物一起孵育的蛋白质结合微阵列（PBM）来描绘EP300）与数千个DNA探针（图1A和1B）。这种方法建立在我们以前的工作，使用核提取物的PBM研究TF-DNA结合在细胞特异性的情况下。19这项先前的工作表明，PBM可以与总核提取物而不是纯化蛋白一起使用，使我们能够研究TF-DNA结合如何受到细胞特异性翻译后修饰和DNA结合伴侣等特征的影响。在目前的研究中，我们证明，通过在我们的PBM中使用核提取物，我们可以更进一步，标记COF而不是TF，使我们能够研究COF由于COF与许多TF广泛相互作用，20-重要的是，通过将COF募集到靶DNA序列的所有单核苷酸变体，我们可以确定COFCOF募集基序与TF基序数据库的比较允许我们将募集TF注释到TF家族的水平（图1B）。该方法提供了一种细胞特异性，体外方法来鉴定TF-COF复合物与CREs的结合并定量NCV对其结合的影响。CASCADE在CREs为了证明CASCADE用于分析TF-COF结合和确定COF募集的DNA序列特异性的效用，我们试图检查充分研究的CRE，其具有由刺激依赖性TF-COF复合物结合的已建立的TF结合位点。我们在静息和LPS刺激的人THP-1衍生的巨噬细胞中分析了COFEP 300（以下简称p300）向趋化因子基因CXCL 10启动子片段p300是一种广泛作用的乙酰转移酶，其被多种TF募集，包括在CXCL 10 启 动 子 处 起 作 用 的 NF-κB 和 IRF 3 。 20 ， 23 ， 24 选 择CXCL10启动子是因为已经对其进行了充分的研究，并且先前显示与该启动子结合的TF是刺激依赖在巨噬细胞中LPS诱导的CXCL 10活化中，启动子中的三个单独的TF结合位点是完全活化所需的：两个NF-κB结合位点和一个干扰素敏感性反应元件（ISRE）23，24（图2A），为我们的CASCADE方法提供了测试案例。为了查询跨CXCL 10启动子区段（166 bp）的p300募集，我们测定了跨靶启动子区域以5 bp间隔产生的29个平铺探针（每个26 bp长）的募集（图1C;参见STAR方法，表S1）。对于我们的微阵列上的每个平铺探针，我们还包括所有单变体（SV）探针以允许每5bp确定COF募集基序（图1C）。然后，通过将这些单个基序在其重叠位置上整合，为每个实验条件生成CRE范围的p300募集基序（图2B，轨道1我们的CRE-wide募集基序鉴定了p300以LPS诱导的方式募集到三个先前表征的TF结合位点（图2B，轨道1-4）。这些结果与先前的研究一致，这些研究证实了IRF 3和NF-κB与CXCL 10启动子的LPS诱导型结合。为了推断所涉及的TF的身份，我们将p300募集基序与预先表征的TF结合基序的数据库进行为了证实NF-κB和IRF 3在这些位点的结合，我们直接对TF RELA（NF-κB的p65亚基）和IRF 3进行了CASCADE实验，使用针对TF的抗体代替p300.p65特异性地结合到先前表征的NF-κB位点，并表现出预期的DNA结合位点特异性（图2B，第6道和图S2，第14道）。IRF 3特异性结合ISRE28、29并且弱结合两个NF-κB位点，这与先前在LPS刺激的巨噬细胞中报道的NF-κB对IRF 3的间接束缚一致（图2B，轨道5）。30，31关键的是，IRF 3（图2B，轨迹5）和p65（图2B，轨迹6）的结合基序与p300（图2B，轨迹1和2）的结合基序高度一致，表明CASCADE可以定量单核苷酸变体对TF-COF结合的影响，其灵敏度足以准确捕获基础TF家族的结合基序。为了确定具有不同效应子功能的额外COF是否也被募集到CXCL 10启动子区段，我们分析了RBBP 5（MLL组蛋白赖氨酸甲基转移酶复合物的核心亚基）的募集（图2C;表S1）。与LPS诱导的p300募集不同，在LPS存在或不存在的情况下，RBBP 5以相当的水平组成性募集到CXCL 10启动子序列中（图2D，轨道7和8）。RBBP 5仅被募集到ISRE元件而不是NF-κB位点，表明与p300不同的募集然而，由于IRF3与ISRE的结合是LPS诱导的（图2B，轨迹5和图S2，轨迹13），我们的数据表明RBBP 5募集到该位点不依赖于IRF3。此外，ISRE位点处p300和RBBP5的COF募集基序在核苷酸偏好方面表现出明显的差异（例如，RBBP 5 偏 好 50-AAANCGAAA-30 共 有 序 列 ， 而 p300 偏 好 50-GAACGGAAA-30共有序列;图2B，轨迹1和2以及图2D，轨迹7和8）。比较RBBP5募集基序与TF基序数据库4Cell Genomics2，100098，2022会开放获取文章一P300LPS刺激的巨噬细胞未处理的巨噬细胞CXCL10Bhg38：chr4ISRENF-κ B-2NF-κ B-1ISRENF-κ B-2NF-κ B-176023740 76023730 76023720 76023710 76023700 76023690 76023680 76023670 76023660 76023650 76023640 76023630 76023620 76023610 76023600 76023590T C T T T T T T C AA G AAA C A G T T C A T G T T T T T T G G A A A A C T AA T T T T C A C T T T A CC AAAAAAA G A GG A G C A G A GG G A A A A A T C C G T AA C T T T C G A G T C T G A G T C T G C T T T C G A G T C T T G C T T T T G C T T T G C T T T T G C T T T T G C T T T T G C T T T T G C T T T T G C T T T T T G C T T T T T G C T T T T T TG C T T T T T T G C T T T T T T T G C T T T T T T T T T G C T T T T T T T T T T T G C T T T T T T T T T T T T T T T T G C T T T T T T T T T T T T T T T T T T T G C T T5.00.0-5.05.00.0-5.05.00.0-5.05.00.0-5.08.04.00.0-4.010.00.0ISRENF-κ B-2NF-κ B-1-10.0CWDR5ASH2LRBBP5LPS刺激的巨噬细胞CXCL10未处理的巨噬细胞RBBP5Dhg38：chr4MLLISRENF-κ B-2NF-κ B-1ISRENF-κ B-2NF-κ B-176023740 76023730 76023720 76023710 76023700 76023690 76023680 76023670 76023660 76023650 76023640 76023630 76023620 76023610 76023600 76023590T C T T T T T T T C AA G AAA C A G T T C A T G T T T T T T G G A A A C C T AA T T T T C A C T T T A CC AAAAAAA G A GG A G C A G A GG G A A A A A T C C G T AA C T T T C G A G T C T G C T G C A T T C G A G T C T T G C T T T C G A G T C T T T G C T T T T C C C C A G G T T T G C T T T T G C T T T T T G C T T T T T G C T T T T T T G C T T T T TT T G C T T T T T T T T G C T T T T T T T T T T T G C T T T T T T T T T T T T T T T T G C T T T T T T T T T T T T T T T T T T G C T T T T T T T T T T T T T T T T T T TISRENF-κ B-2NF-κ B-12.50.0-2.52.50.0-2.510.05.00.0-5.0-10.010.05.00.0-5.0-10.0图2.基于CASCADE的CXCL10启动子COF募集的表征(A) 巨噬细胞中LPS诱导的p300向CXCL10启动子的募集示意图(B) CRE-wide p300募集基序和跨CXCL 10启动子的TF IRF 3和p65/RELA使用来自LPS刺激的或未处理的（UT）巨噬细胞的提取物的实验显示了生物学重复实验（重复1和2）的p300募集基序。(C) RBBP 5向CXCL 10启动子的条件非依赖性募集的示意图(D) 跨CXCL10启动子区段的COF RBBP 5和TF IRF 2的CRE范围基序实验条件如（B）中另见表S1和图S1、S2和S7。CXCL10RBBP5CXCL10p6565IRF3重复2P3004重复样品1P3003重复2P3002重复样品1P3001IRF210IRF298RBBP 5RBBP57LPSΔ z分数UTΔ z分数LPSΔ z分数UTΔ z分数UTLPSLPSΔ z分数Δ z分数Δ z分数Δ z分数Δ z分数Δ z分数Cell Genomics2，100098，2022年2月9日51文章会开放获取基于阵列的筛选，以识别显著差异的COF募集重要命中的级联分析选择SNP探针对：筛查的SNP总数：重要：对于具有显著招募差异的每个SNP：REF非参考基础eQTL1,446158caQTL-eQTL818. .. .GWAS caQTL111..GWAS eQTL14126Cell Genomics2，100098，2022会开放获取文章响应eQTL16022简介COF招聘差异显著COF招聘收益及亏损非参考GACGT. . .不COF募集基序30.020.010.00.0-10.0-20.0REF-不推断的周转基金：IRF/STATREF非参考✓重复样品1Δ z分数Cell Genomics2，100098，2022年2月9日7Bp300募集重复24.02.00.00.01.02.03.08.06.04.02.00.0-1.00.01.06.04.02.00.0重复2-1.0 0.0 1.02.0基础eQTLcaQTL-eQTLGWAS caQTLGWAS eQTL响应eQTL重复样品2CΔ z分数Δ z分数SMARCA 4招聘TBL 1XR 1招聘RBBP 5招聘4.06.06.03.04.04.02.01.02.02.00.00.01.02.0 3.04.00.00.02.0 4.06.00.00.00.51.01.5 2.02.0重复样品2重复样品2PU.1绑定1.510.01.00.55.00.00.00.51.01.52.00.00.02.5 5.0 7.5 10.0重复样品2图3. 人巨噬细胞(A) 概述了基于两步CASCADE的方法来表征1，712个SNP-QTL。（1）步骤1：通过比较与参考（REF）和非参考（non-REF）等位基因的募集来筛选与SNP探针对的差异COF募集指示了在至少一个实验中鉴定出显著COF募集的每个QTL类别中的探针对的数目。(2)步骤2：为被鉴定为显著结合的SNP生成基于CASCADE的基序。将COF基序与TF基序数据库进行比较以推断TF身份。（图例接下页）GCN 5招聘rs13374557rs1632169重复样品1rs10rs813335812937711950944卢rs9606617rs9285933rs2074038rs10886rs354359182019年10月19日星期一上午10：00-11：00r7ss542697760364959393rs421541rs61rs7r1s870r5s92r91s73r61s397974849r7186s8886517r414s042476012758739419rs5920853795rs67621213rs1r2s212423r3s9102167rs1319245rs35856355rrssr2s6r0s125104572r719sr01s3756812768r74rsssr61s48135667360176281401752rsrs7r4s320r9s896666rr3sr62s5s78472642126669s1947969089847117655508679019166665465474729rsrrs9s131r212sr5s717107009830136548r8526s027065117rs142655742r27562rs020165rrss171rr32s1sr157s08361521762514651950056067609818r7s01r2s71160938111 05rrsss71r20s429309212624831rs2223r2s8569475484rrsrsss914246r478s4r38s75416269609r34s151022403602815474410rs8rs1618016897827rrsr4sr89ss2131592r3rs154s72735159494245309333097458rsrs81022r4s364r3s876090610590585522019 -09-2100：00：00rsr6ss128716r7rss2sr471s685832940r306s978r881765s05752598635884905r8000s6652239071689rs77157663rs13374557rs62071689rs11794717rs1195094r4rs867483S1632169rs10799592rs13418976rsr srs7s1587016648706067516r27rs9s1129783296126rs142655742rs1351977rsr13s757r49sr4r6333rssss13747354452953853978148000952481652834655 rs17132268rs1r1rsssr71s679514826r2s30r774s795448249212398410351461rs10616r 2s72712306rs10868626rs60859047rs35435918rs16rrrs8s6333r0s77996796667058365rs62115398rs610130150333348938rs10833823rs13374557rs994r7sr53s5155042385197198 6rs11950944rrssr52sr31s021650794r3443s932680915839416131rs7314632169rrrsrss9726804278r34s920704r377s9r8419s326rr08r04s540159500389535342850rs01426r5s567240271689ss286593795rs7rrss541993s0110746r57s06616129r29s910167098r7s10068786rs4r9sr3r1s67299r26s61024402137074101rs1319245rrrsssr717s6rr21rsss5s17rr412sss71973446425137813403518017430265r036513s3563495417827858867rrrss171r8r2s3s67r682s48901325262577786128626897365052684257021041275739478r7s5170237rs245881rs142655742rs347792r4s311794717rs76896860rsr7s294911125739r03s10833rs723593rs9364591rs44402292019-06-2100：00：00rs10247798rs11794717rs938881rs87r3s4151r89s85607944 3rs5016309rs825085rs547698rs2227631rs728051r1s639288512008年10月28日星期一上午10时30分rs678159rs835rs41315696178847rs12667978rs6806rs6442019rs6117rs37345307rs23rs11323125649rs22401rs78383556rs9018rsrs396505950rs20439707426725951909rs5617rs3rs08411706583rs942207r1s21r2sr5056835095电话：+8621888888882019-05-2501：002019-05-1800：00：00 香港特别行政区行政长官董ss12r2s652127376590999rs1r66rsrs4176284613978406r2s037r0s12r8rsr67s0s1r851s1719712161962569r54s78r35s54292374915584249846045236409rs28537rs47rs81209092125992182836rrs2s461207963r68s6r21s432468378268980sr8srs6561759480967r74s362087238 3rr1ssss1r17512sr117240s13r57518s623832194262954816763198r786285s77866672111957901034srrsrs1sss3r1227srrr802sss72186157555168r656141s870525819619578885129976556976203673重复样品1重复样品1重复样品1重复样品1- log 10（Fisher重复样品1重复样品1- log 10（Fisher8Cell Genomics2，100098，2022会开放获取文章(seeSTAR方法），我们将IRF 2鉴定为高得分匹配（图S1C，轨道7和图S1D，轨道8）。IRF 2和相关的IRF 8都在THP-1衍生的巨噬细胞中组成型表达IRF2和IRF8的CASCADE分析产生了与RBBP5获得的那些紧密匹配的CRE范围的基序（图2D，轨道9和10以及图S2，轨道11和12）。这些结果证明了CASCADE的几个关键特征首先，该方法可以鉴定调节CXCL 10的功能相关的刺激特异性TF-COF复合物，证明其可以用于准确鉴定结合至CRE的DNA结合的TF-COF复合物。其次，我们的CRE范围的募集基序，通过对启动子上所有NCV的详尽分析来定义，证明了该方法准确量化单个NCV对TF-COF复合物的影响的灵敏度，并说明了一种强大的新方法来询问CRE及其调控输入。CASCADE在SNPs为了证明使用CASCADE来分析NCV的靶列表，我们检查了SNP（即，在群体水平研究中鉴定的单碱基NCV）与人免疫细胞中的基因表达和染色质状态为了增加我们可以筛选的SNP的数量，我们开发了分层两步法（图3A）。在第一步中，筛选COF募集至SNP探针对（参考和非参考等位基因）以鉴定导致显著差异COF募集的变体（图3，步骤1）。在步骤2中，为了推断在这些显著SNP基因座中的每一个处涉及的TF的身份，使用第二微阵列来确定基于CASCADE的COF募集基序（图3，步骤2）。然后可以将针对每个SNP基因座生成的COF募集基序与TF基序数据库进行比较，以推断TF家族的身份并提供用于评估每个SNP的影响的额外背景。我们使用这种两步法来分析先前与骨髓细胞中的基因表达（表达定量性状基因座，eQTL）和染色质可及性（caQTL）变化相关的1，712个SNP的COF募集3、32、33（图3A;表S2）。我们用来自用IFN-γ和LPS刺激的THP-1衍生的巨噬细胞的核提取物进行分析（参见STAR方法）.为了评估SNP-QTL对不同细胞功能的影响，我们分析了来自不同功能类别的5个COF的招募：p300，一种组蛋白乙酰转移酶; SMARCA 4/BRG 1，SWI/SNF染色质重塑复合物的亚基; TBL 1XR 1，核受体辅阻遏物（NCoR）复合物的亚基; RBBP 5，MLL组蛋白赖氨酸甲基转移酶复合物的亚基;和GCN 5，一种组蛋白乙酰转移酶。除了这些COF之外，我们还筛选了TF PU. 1的差异结合，因为它在建立骨髓增强子景观中的已知作用以及先前证实的在巨噬细胞SNP-QTL处 PU. 1结合基序的普遍性三、三十四、三十五我们的第一步筛选鉴定了总共164个 SNP-QTL，其可重复地改变了至少一个测试的COF的募集（图3B和3C），占所检查位点的9.6%。除GWAS caQTL类别外，所检测的SNP-QTL类别的相似比例可重复地改变COF募集：136个基础eQTL（9.4%），7个caQTL-eQTL（8.6%），1个GWAS eQTL（7.1%）和20个响应eQTL（12.5%）。分析TF PU. 1，我们还观察到在95个SNP-QTL处广泛的差异PU. 1结合（图3C），包括与筛选的COF中的至少一个的差异募集一致的23个通过检查差异募集的方向，我们鉴定了引起TF-COF结合的获得或丧失的SNP-QTL（图 3B和S3）。例如，我们的筛选鉴定了导致p300募集的统计学显著增加的63个非参考等位基因（图3B，最右边的两个小图，正DZ评分）和导致相对于参考等位基因的显著损失的非参考等位基因（图3B，最右边的两个小图，负DZ评分）。总的来说，在筛选的所有COF和TF中，我们在1，712个非参考等位基因中的243个（14.2%）处观察到差异募集和/或结合，其中134个增加，108个丢失，一个基因座表现出两者。值得注意的是，对于表现出超过一个COF（总共40个）的显著差异募集的每个SNP-QTL，效应的方向（获得或损失）在每个COF中是一致的。为了将我们的SNP-QTL筛选的结果与现有方法进行比较以表征NCV处的COF募集，我们对THP-1细胞系的436个公开可用的ChIP-seq实验进行了等位基因不平衡分析（表S3和S4）。简而言之，该分析使用MARIO流水线36来检查给定实验中给定杂合遗传变体的两个等位基因之间的测序在我们基于阵列的平台上筛选的1，712个SNP-QTL中，只有305个（17.8%）在THP-1细胞中是杂合的（图S4A），这突出了基因组测定（如ChIP-seq）在表征给定细胞系中可能不天然存在但确实天然存在于群体中的遗传变异方面的局限性在我们的筛选中证明了可再现的差异COF募集并 且 在 THP-1 细 胞 中 是 杂 合 的 28 个 SNP-QTL 中 ， 发 现 9 个（32.1%）也对通过ChIP-seq测定的至少一个一般染色质相关特征具有等位基因效应COF、组蛋白标记、CTCF、RNAP亚基;参见STAR方法）（图S4A）。除了发现在这些SNP-QTL中的四个处具有等位基因特异性结合的PU. 1之外（图S4A;下文进一步讨论），将我们的分析扩展到所有TF没有在这28个基因座中的任何更多位点处鉴定出等位基因不平衡，超出了已经与一般染色质特征相关的9个位点这些结果表明，我们的以COF为中心的方法可以用于筛选TF-COF复合物的获得和损失的SNP-QTL(B) 跨生物学重复的p300差异募集的比较。显示了重复测定的q值比较（左侧）。q值表示在针对多重假设检验调整的SNP对内在REF和非REF探针处测量的p300募集之间的差异的统计学显著性（参见STAR方法）。显示了技术重复1（中间）和2（右侧）中每个SNP对中REF和非REF探针之间p300募集Z评分差异的统计学显著性（q值）比较。指示了每个SNP的QTL类别(C) 对于候选COF和TF PU，显示了生物学重复中差异COF募集的比较eQTL，表达数量性状基因座; caQTL，染色质可及性数量性状基因座。另见表S1和图S3、S4、S5、S6和S7。会开放获取文章Cell Genomics2，100098，2022年2月9日7p300SMARCA 4 TBL 1XR 1 GCN 5 RBBP 5 PU. 1rs11950944G/A（rc）rs72755909C/Ars873458G/Ars2526718A/T（rc）rs1250568A/G（rc）rs13149699A/G3.02.01.00.0-1.0-2.06.03.00.0-3.04.02.00.0-2.01.00.50.0-0.51.51.00.50.0-0.54.02.00.0-2.04.02.00.0-2.02.00.0-2.03.02.01.00.0-1.0-2.01.00.50.0-0.51.00.50.0-0.5-1.05.02.50.0-2.52.00.0-2.03.00.0-3.04.02.00.0-2.01.00.50.0-0.5-1.01.00.50.0-0.5-1.07.55.02.50.0-2.51.00.50.0-0.5-1.02.01.00.0-1.01.20.80.40.0-0.42.01.00.0-1.02.01.00.0-1.01.00.0-1.02.00.0-2.04.02.00.0-2.04.02.00.0-2.02.01.00.0-1.0-2.02.01.00.0-1.04.02.00.0-2.06.04.02.00.0-2.0-4.04.02.00.0-2.05.02.50.0-2.52.01.00.0-1.0-2.02.01.00.0-1.05.02.50.0-2.5rs138075247C/Ars17439917C/Grs10833823A/G（rc）rs4440229A/Grs79492793G/A0.80.40.0-0.40.80.50.20.0-0.2-0.515.010.05.00.0-5.0-10.00.20.0-0.2-0.40.40.20.0-0.2-0.41.00.50.0-0.5-1.0-1.51.00.50.0-0.5-1.04.02.00.0-2.01.00.50.0-0.5-1.01.00.50.0-0.5-1.05.00.0-5.010.05.00.0-5.030.020.010.00.0-10.0-20.01.00.50.0-0.5-1.01.00.0-1.01.00.0-1.03.02.01.00.0-1.03.02.01.00.0-1.0-2.0-3.00.50.0-0.5-1.01.51.00.50.0-0.5-1.01.00.0-1.04.02.00.0-2.010.05.00.0-5.02.01.00.0-1.0-2.04.02.00.0-2.02.01.00.0-1.02.01.51.00.50.0-0.56.04.02.00.00.50.0-0.52.01.51.00.50.0-0.5SNP-QTL分类：基础eQTLGWAS caQTL响应eQTL推断的TF基序类别：类ETSTBX/KLF/EGFR样IRF/STAT样ZF-likeIRF半场地* 低严格匹配图4. SNP位点显示了10个SNP-QTL基因座的p300、SMARCA 4、TBL 1XR 1、GCN 5和RBBP 5的COF募集基序还显示了每个基因座处的PU.1结
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