软件X 20（2022）101210原始软件出版物MaterialAppsLIVE！MaterialApps ®：用于启动和扩展材料科学模拟的环境Yuichi Motoyamaa， Yoshimi a，Kazuyoshi Yoshimia，Takeo Katoa，Synge Todob，c，aa日本千叶277-8581东京大学固态物理研究所b东京大学物理系，东京113-0033，日本c日本东京大学智能物理研究所，东京113-0033ar t i cl e i nf o文章历史记录：接收日期：2022年收到修订版，2022年8月8日接受，2022年保留字：材料科学模拟高性能计算开源软件虚拟机强关联系统量子化学分子动力学可视化a b st ra ct在当今时代，数值模拟已成为日常研究活动中不可或缺的理论和实验工具，特别是在材料科学领域。然而，这种模拟的安装过程经常会出现问题，因为它们强烈依赖于设备环境，并且对这些过程进行故障排除对于初学者来说是一项具有挑战性的任务。为了减少这些困难，我们创建了MaterialApps LIVE！和Materialapps，它可以解决大多数相关问题。具体来说，MaterialApps LIVE！提供了一个虚拟环境，用户可以在个人计算机上快速尝试计算材料科学模拟，而MaterialApps则提供了一套全面的shell脚本，供 在Unix、 Linux、 macOS和 超级 计 算机 系 统 上安 装 软件 时 使用 。 在 此， 我 们 提供 MaterialAppsLIVE！和MaterialApps应用程序，以及它们使用的说明性示例版权所有©2022作者。由爱思唯尔公司出版这是CC BY许可下的开放获取文章（http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）中找到。代码元数据当前代码版本3.3（MaterialApps LIVE！），1.1.0（MaterialApps）此代码版本使用的代码/存储库的永久链接https://github.com/ElsevierSoftwareX/SOFTX-D-22-00094Code Ocean compute capsule法律代码许可证GPL v3使用git的代码版本控制系统使用shell脚本的软件代码语言、工具和服务编译要求，操作环境依赖性Unix，Linux，macOS，Windows如果可用链接到开发人员文档/手册问题支持电子邮件mainstaller-dev@issp.u-tokyo.ac.jp1. 动机和意义数值模拟是材料科学中理论家和实验家不可缺少的工具，因为精确的模拟可以帮助阐明新现象背后的机理，预测新材料的各种物理性质，并帮助确定具有所需性能的候选材料。在计算材料科学中，*通讯作者。电子邮件地址：y-motoyama@issp.u-tokyo.ac.jp（Yuichi Motoyama）.每天都有人提出各种方法，并积极开发现在，由于各种尖端软件的开发，用户可以轻松地使用基于高效算法和最先进功能的高度并行化的数值模拟，而无需自己编写代码。为了整合和传播材料科 学 软 件 的 信 息 ， 我 们 在 2013 年 推 出 了 材 料 科 学 模 拟 的MateriApps门户网站[1，2]，从而提供了一个组织良好的论坛，用户可以快速搜索和找到具有所需功能的材料科学软件，并获得每个应用程序的详细信息https://doi.org/10.1016/j.softx.2022.1012102352-7110/©2022作者。 由Elsevier B.V.出版。这是一篇开放获取的文章，使用CC BY许可证（http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。可在ScienceDirect上获得目录列表SoftwareX期刊主页：www.elsevier.com/locate/softxYuichi Motoyama，Kazuyoshi Yoshimi，Takeo Kato etal.软件X 20（2022）1012102Fig. 1. （a）三步流程图，表明材料应用程序、材料应用程序LIVE！和Materialapps。(b)MaterialApps LIVE！支持的计算环境示意图和Materialapps。然而，虽然促进这种软件传播活动需要准备环境，使用户能够迅速开始测试材料科学软件，但安装这种软件的过程经常成为问题。这是因为大多数这类软件都需要在终端窗口上使用命令行界面，这对初学者来说是一个极高的障碍需要克服。此外，即使在教师详细教授软件安装过程的实际操作软件会话期间，这样的过程仍然是麻烦的-一些是因为它们依赖于参与者然而，很明显，大多数这样的问题可以通过利用用户可以容易地安装软件而不关心操作系统（OS）和软件细节的环境来解决。例如，MathLibre [3]是一个开创性的项目。最近，Quantum Mobile [4]，一个专注于第一原理计算的软件包，已经开发出来。为了在材料科学的各个研究领域尝试[5]，它提供了一个虚拟环境，用户可以在PC上快速假设用户想要对需要大量系统资源的真实问题执行模拟。在这种情况下，虚拟环境是不实际的，因为内存大小是最小的，并且存在不可忽略的虚拟化开销。此外，存在由于机器架构、公司规章、计算机系统操作策略和其他问题而导致虚拟环境不可用在这些情况下，用户必须自己安装和维护软件，同时对编译器选项和数值库进行适当的设置更改，以利用计算机系统另一个关键问题是需要一致地管理安装脚本，并适当地组织它们以供重用。这在大型超级计算机上预装软件时尤为重要。为了克服这些问题，我们 开 发 了 Mate- riApps SDK [6] ， 它 为 Debian GNU/Linux（Ubuntu），CentOS（RedHat），macOS和许多超级计算机系统环境上的软件安装提供了我 们 总 结 了 MateriApps 的 常 见 用 法 图 片 ， Materi- AppsLIVE！，图1（a）中的材料。首先，用户利用MaterialApps门户网站找到适合他们的软件。目的接下来，他们使用MaterialApps LIVE！在PC上试用软件最后，如果他们希望最大限度地提高软件的性能，他们开始使用Materialapps。在MaterialApps LIVE！和MaterialApps应用程序也在图中进行了总结。 1（b）.本文的其余部分组织如下：在第2节中，我们详细解释了该体系结构和MaterialApps LIVE！和MaterialApps SDK，而在第3节中，我们给出了如何使用这两种产品的说明性示例。在第4节中，我们将讨论MaterialApps LIVE！和MaterialApps关于促进材料科学模拟的报告，而在第5节中，我们提供了结论性意见。2. 软件描述2.1. 软件构架MaterialApps LIVE！，它是一个Debian GNU/Linux操作系统， 包括各 种预装的材 料科学软件 包， 以开放虚拟 化设备（OVA）格式作为虚拟机快照分发。1第一步，每个模拟软件包都作为Debian软件包准备好，并上传到MaterialApps软件包存储库，在那里使用Debian的高级打包工具（APT）进行管理之后，随着每个原始软件版本的升级，其对应的Debian软件包也会相应更新并上传，以便用户能够及时使用最新版本的模拟软件。TheMateri- Apps LIVE！使用Packer图像构建工具自动生成OVA文件生成OVA文件所需的所有shell脚本也可以在GitHub上找到。通过修改脚本，可以快速生成定制的OVA。(See Mate- riAppsLIVE！维基百科[7]详细信息。请注意，Debian软件包可以从MaterialApps软件包库免费获得，并且可以通过APT安装在已经运 行 Debian GNU/Linux （ bullseye/buster/stretch ） 和 Ubuntu（focal/bionic）的系统上。另外，MaterialAppsSDK是一个shell脚本集合（与POSIX标准兼容），1MaterialApps LIVE！（v4.0）已于2022年9月发布，也作为Docker容器分发，以支持VirtualBOX无法像arm64 macOS那样工作的Yuichi Motoyama，Kazuyoshi Yoshimi，Takeo Kato etal.软件X 20（2022）1012103∗∗→→安装材料科学程序时。作为设计策略的一部分，MaterialApps将其需求限制在几个基本工具上，如POSIX兼容的shell、make和tar。然而，除了材料科学程序外，MaterialApps还提供GCC和CMake等依赖项的安装脚本，即使官方或标准的包管理器（例如，Debian软件包、RedHat RPM和Homebrew）通常是推荐的。在使用中，MaterialApps SDK将每个工具/应用程序的每个版本安装到单独的目录中。例如，在CMake 3.22.3的情况下，所有文件都安装到$MA_ROOT/cmake/cmake-3.22.3-1因此，它们不会干扰以前的版本和其他表1MaterialApps LIVE ！中预装的软件包和工具列表由MaterialApps提供支持（粗体）。在这里，2dmat被标记为因为它受Materialapps支持，但未预装在Materialapps LIVE！上。类型软件名称应用AkaiKKR [11，12]，ALAMODE [13，14]，ALPS[15Conquest [21，22]，DCore [23、24]，DDMRG[25]、DSQSS[26，27]、GAMESS（仅设置工具）[28，29]，Gromacs [30[34，35]，LAMMPS[36，37]，mVMC[38，39]，OCTA [40]、OpenMX[41ESTAGO[44SALMON [49，50]，SMASH [51]，TeNeS[52，53]，TRIQS/CTHYB[54，55]，TRIQS/DFT工具[56，57]、Wannier90 [58，59]、xTAPP[60]，2dmat[61，62]工具.最后添加的数字1表示MaterialApps脚本版本（例如，编译选项集）。 请注意，用户可以通过更改$MA_ROOT环境变量为每个软件包选择不同的安装位置。此外，由于MaterialApps SDK为每个工具/应用程序/版本安装了用于设置环境变量（如$PATH）的shell脚本，因此用户可以根据需要激活每个软件包可视化/建模工具数据分析/补充工具[63]第64话：我的世界，我的世界[66，67]，gnuplot，Open Babel [68，69]，OpenDX [70]，OVITO [71，72]，ParaView [73]，Pymol [74，75]、Rasmol [76，77]、Tapioca[78]、VESTA [79，80]、VMD（仅设置工具）[81，82]、XCrySDen [83，84]ALPSCore[85，86]、BSA [87[90，91]在设计MaterialApps插件时，我们将安装过程与链接过程分开，因此在链接完成之前，新软件的安装不会影响任何其他内容。此外，软件版本应尽可能接近MaterialApps LIVE！，为了便于维护，MateriApps LIVE！和MaterialApps SDK使用相同的源代码补丁。2.2. 软件功能MaterialApps LIVE！提供了一个环境，用户可以启动教程所需的整个环境将OVA文件导入虚拟机软件产品（如VirtualBox）后，各种计算材料科学模拟器立即可用。另一方面，MaterialApps是一个shell脚本的集合，旨在帮助用户安装计算材料科学应用程序，其中包括各种计算环境所需的所有工具和库。可用的编译器和库的组合对于诸如HPC领域中使用的那些共享使用的超级计算机是大的和复杂的。尽管现在已经有了管理软件安装的软件，如Spack [8，9]和EasyBuild [10]，但这仍然是一个挑战。在各种系统中自动解决依赖关系。 MaterialApps的设计策略之一是目前，MaterialApps SDK支持Debian GNU/Linux（Ubuntu），CentOS（RedHat），macOS和许多主要的超级计算机系统。在表1中，我们总结了当前预装在MaterialApps LIVE！由MaterialApps提供支持（粗体）。 在这里，我们在表中标记为2dmat，因为2dmat受MaterialApps支持，但未预安装在MaterialApps LIVE！中。这是因为2dmat是使用MPI并行化进行大规模计算的软件，因此预计不会在MaterialApps LIVE！上执行有效计算。编辑器鼠标垫，纳米，Vim，Emacs开发工具GCC（gcc，g++，gFortran），CMake，Git，Python等库BLAS（OpenBLAS）、Boost、Eigen3、HDF5、LAPACK等3. 说明性实例3.1. MaterialApps LIVE！3.1.1. 启动MaterialApps LIVE！MaterialApps LIVE！作为虚拟机的快照映像（OVA文件）分发，并且可以在虚拟化软件（如VirtualBox）中引导。MaterialAppsLive ！ 发 行 包 可 以 从 官 方 网 站 https ： //cmsi 下 载 。github.io/MateriAppsLive/，并且可以通过将下载的包安装到虚拟化软件中来启动。例如，如果用户使用VirtualBox，MaterialAppsLIVE！可以通过双击分发包的图标在MaterialApps LIVE！用户名为“user”的用户用密码“live”预先定义。登录MaterialApps LIVE！后，用户从“开始菜单”（菜单栏上最左边的图标）打开LXTerminal，然后导航系统工具，然后LX终端（图2）的情况。这表明，以在终端窗口中执行各种软件包，而无需繁琐的安装过程或担心环境变量设置。软件包的可执行二进 制 文 件 位 于 /usr/bin 中 ， 实 用 工 具 和 示 例 文 件 安 装 在/usr/share/software_name目录中。3.1.2. 更新软件目前正在积极开发许多软件包，其中许多软件包正在频繁更新。在MaterialApps LIVE！开发系统，Debian软件包根据其上游升级不断更新，这意味着用户可以通过以下步骤轻松更新应用程序包2：$ sudo apt更新$ sudo apt升级2此过程更新MaterialApps LIVE！中的所有软件包 如果用户想要更新特定的包，例如，HΦ，他或她应该在第二步中使用sudo安装hphi。Yuichi Motoyama，Kazuyoshi Yoshimi，Takeo Kato etal.软件X 20（2022）1012104HHH图二、 如何启动LXTerminal 单击最左下方的按钮打开3.1.3. 运行仿真作为一个例子，我们现在将演示如何使用Φ[35]软件包执行量子晶格模型的精确对角化。让我们首先说明如何计算反铁磁海森堡（AFH）链的磁化率的温度依赖性，使用热纯量子（TPQ）方法[92，93]。首先，我们将示例文件从/usr/share/hphi/ samples复制到一个工作目录，例如，$HOME/hphi：$CD$ mkdir hphicd hphi$cp-r/usr/share/hphi/samples./在 当 前 最 新 版 本 Φ v3.5.0 中 ， 用 户 可 以 在 tutorial_2.1/www.example.com上找 到 AFH 链 TPQ 计 算 的 示 例 输 入 文 件stan3.in。此时，用户使用以下命令执行Φ$ cd $HOME/hphi/samples/tutorial_2.1$HPhi-s stan3.in然后将结果保存到输出目录中。通过使用一个后处理脚本AveFlct.py来计算磁化率，用户可以生成磁化率如下：AveFlct.py然后将生成的数据保存到名为ave_Flct的文件中。日期。最后，使用Gnuplot将结果可视化（图1）。（3）：$ gnuplotgnuplot> set log xgnuplot> set colorsclassic gnuplot> setxlabel“T/J”gnuplot> setylabel“chi”gnuplot> pl“ave_Flct.dat”u 1：5：6w yelc rgb“#FFBBBB” pt6t”"，\“”u 1：5w lplt 1 pt 6 t“chi有关HΦ的详细信息，请参阅官方教程[34]。3.2. MaterialApps在 本 节 中 ， 我 们 将 介 绍 如 何 在 Linux 操 作 系 统 上 设 置MaterialApps SDK并安装工具和应用程序。MaterialApps SDKzip文件可以从官方网站下载[6]。打开zip文件后，用户可以获得MaterialApps SDK中包含的所有shell脚本。如果Git可用，则可以通过键入以下命令来克隆MaterialApps SDK：$ git克隆https://github.com/wistaria/MateriAppsInstallerMaterialApps目录结构如下：|-应用程序|-文档|-macos|-脚本|-设置|-工具|-README.md|-check_prefix.sh以下脚本和文件目录可用。check_prefix. sh：显示每个脚本中常用的变量，例如顶级安装目录。docs目录：包含手册及其源代码的目录。macos目录：包含用于安装Macports所需工具的脚本的目录。安装目录：一个包含脚本的目录，用于预先安装软件。安装程序、工具和应用程序中的目录结构如下所示：--软件名称|-README.md|-download.sh|-link.sh····Yuichi Motoyama，Kazuyoshi Yoshimi，Takeo Kato etal.软件X 20（2022）1012105图3.第三章。通 过 在 M a t e r i a l A p p s L I V E ！ 上 运 行 的 H Φ 计 算 反铁磁海森堡链的 磁 化 率 。使用TPQ方法。|-setup.sh|-version.sh|-install.sh|-补丁|- config每个文件和目录的描述如下：README.md：包括软件简介和官方网站的URL。download.sh*：下载源代码存档。install.sh*：构建并安装软件。link.sh*：创建指向已安装目录和配置文件的符号链接。setup.sh*：提取准备好的源代码存档并应用补丁（如果存在）。version.sh*：指定要下载的版本。patchdirectory：存储修补程序的目录。config目录：默认设置之外的其他安装设置，例如使用英特尔®英特尔®处理器时。在这里，标有 * 的文件表示必须始终存在于目录中的文件。下面，我们将通过分步演示展示如何安装这些工具和软件。3.2.1. 安装工具首先，通过进入MaterialApps源目录并执行以下命令来执行初始设置：$ sh setup/setup.sh此命令准备工具和应用程序的安装目录。默认位置为$HOME/materialapps/. 3 接下来，安装编译器。 这里3安装位置可以通过添加MA_ROOT=directory_name指定，$HOME/.mainstaller.请注意，虽然安装在系统中的编译器也可用于安装其他工具和应用程序，但某些应用程序可能无法与旧版本的GCC很好地编译。如果用户在解决编译问题方面经验不足，强烈建议他们使用MaterialApps安装的GCC。要安装GCC 10，请执行以下命令：$ cd tools/gcc10$ sh install.sh安装完成后，执行$ sh link.sh建立一个适当的符号链接。许多最近的工具和应用程序，包括主要的Linux发行版，都包含CMake以简化安装过程。但是，为了避免潜在的安装问题，建议由MaterialApps安装最新的CMake版本要安装CMake，请在MaterialApps源目录中执行以下命令：$ cd tools/cmake$ sh install.sh$ sh link.sh其他工具可以使用相同的过程安装。 请注意，在安装其他工具之前，必须按照GCC、Git、libffi和Python3的顺序安装。安装上述工具后，用户应安装应用程序所需的其余工具，例如，按字母顺序（例如 ， Boost 、 Eigen3 、 FFTW 、 GSL 、 HDF5 、 LAPACK 、OpenMPI、OpenSSL、ScaLAPACK、TclTk和Zlib）。3.2.2. 安装应用程序安装工具后，用户可以通过进入要安装的应用程序的目录并执行安装脚本install.sh安装应用程序，如下所示：········Yuichi Motoyama，Kazuyoshi Yoshimi，Takeo Kato etal.软件X 20（2022）1012106$ sh install.sh此命令执行预处理（例如，cmake），通过使用config/ default中的shell脚本进行构建，安装和后处理。如果用户想指定某些设置，如编译器，用户可以添加另一个配置目录，比如config/intel，并将其用作$ sh intell.sh intel然后，用户可以使用以下命令运行检查脚本来检查安装是否成功：$ sh runtest.sh还应注意，如果应用程序安装在此过程中终止，则某些文件可能会以不完整的形式保留在$HOME/materialapps/application_name中|目录，并在尝试重新安装时导致错误。在这种情况下，用户必须手动删除目标应用程序的目录如果在安装过程中遇到错误，请仔细阅读错误消息。大多数错误都是在未安装所需工具时产生的。测试完成后，执行以下命令以准备到应用程序设置脚本的适当链接：$ sh link.sh3.2.3. 运行应用程序在运行应用程序之前，必须设置环境变量。以下命令设置HΦ4所需的变量：$ source $HOME/materialapps/hphi/hphivars.sh示例文件可以在$HPHI_ROOT/samples中找到。用户可以使用第3.1节中描述的相同过程执行HΦ：$CD$ mkdir hphicd hphi$cp-r $HPHI_ROOT/samples。/$ cd $HOME/hphi/samples/tutorial_2.1$HPhi-s stan3.in4. 影响MaterialApps LIVE！允许计算机模拟非专家在短短几分钟内开始模拟，而MaterialApps In-staller使在计算机集群和超级计算机 上 运 行 模 拟 变 得 容 易 因 此 ， MaterialApps LIVE ！ 和MaterialApps将用户从繁琐的模拟软件安装和升级过程中解放出来任何设备，从用户的PC到最先进的超级计算机（另见图1）。1（b））。这些显着的优势，这是以前的方法无法实现的，预计将有助于显着促进计算模拟研究，鼓励越来越多的实验和工业研究人员从事新的模拟。使用MaterialApps LIVE！用于材料科学模拟的MaterialApps软件一直在稳步发展。事实上，MaterialApps Live！已经被下载了超过一万次4对于其他应用程序，请使用$HOME/materialapps/application_name/applic-ation_namevars.sh。自2013年首次发布以来，它已经发布了10次，并于2022年获得SourceForge的开源Excel- lence奖。此外，Materi- Apps LIVE！在有1 000多人参加的30多个讲座和讲习班中使用了环境技术。它还被用于公司内部培训、半实习以及大学本科生和研究生课程。另外，自2021年3月发布1.0.0版本以来，MaterialApps的使用量逐渐增加，它已经被用于在东京大学的固体物理研究所（ISSP）和日本的高性能计算基础设施（HPCI）的超级计算机上安装材料科学软件。我们预计，其他公司将很快提供支持，模拟服务，并基于MaterialApps环境的计算材料科学模拟咨询。5. 结论在本文中，我们展示了MaterialApps如何生存！MateriApps帮 助 用 户 开 始 材 料 科 学 模 拟 。 更 具 体 地 说 ， 我 们 展 示 了MaterialApps LIVE！提供了一个虚拟环境，使用户能够立即尝试在用户的PC上进行材料科学模拟。这种环境极大地减少了非专家遇到的障碍，他们希望开始在统一的操作系统设置中使用各种模拟包。另外，MaterialApps SDK提供了一套全面的shell脚本，以方便在Unix，Linux，macOS和超级计算机系统上安装软件通过此脚本集合进行安装使用户能够最大限度地提高高端工作站、实验室级计算机集群和材料科学模拟中的超级计算机的性能由于我们的最终目标是促进计算材料科学的进一步研究和发展，我们相信 继 续 开 发 MaterialApps LIVE 对 我 们 来 说 至 关 重 要 和MaterialApps门户网站，通过添加新的软件包和更新当前包含的软件产品。竞合利益作者声明，他们没有已知的竞争性财务利益或个人关系，可能会影响本文报告的工作数据可用性文章中描述的研究未使用任何数据致谢MaterialApps是在东京大学固态物理研究所（ISSP）于二零二零财政年度的“材料科学软件可用性推进项目”（PASUMS）的支持下开发的MaterialApps得到了ISSP、东京大学和磁性材料元素战略倡议中心（ESICMM）的支持。KY得到了日本科学促进协会（JSPS）KAKENHI资助号的支持。19K03649引用[1]https://ma.issp.u-tokyo.ac.jp/en/网站。[2]Konishi Y，Igarashi R，Kasamatsu S，Kato T，Kawashima N，KawatsuT ， et al. MaterialApps- a portal site of materials science simulation. In ：Proceedings of Computational Science Workshop 2014（CSW 2014），JPSconf. proc. Vol. 5. 2015，http://dx.doi.org/10.7566/JPSCP.5.011007，011007。网址https://journals.jps.jp/doi/abs/10.7566/JPSCP.5.011007。Yuichi Motoyama，Kazuyoshi Yoshimi，Takeo Kato etal.软件X 20（2022）1012107[3] http://www.mathlibre.org/index.html网站。[4] https://quantum-mobile.readthedocs.io/en/latest/网站。[5] http://cmsi.github.io/MateriAppsLive/网站。[6] https://github.com/wistaria/MateriAppsInstaller网站。[7] https://github.com/cmsi/MateriAppsLive/wiki网站。[8] https://spack.io/网站。[9] Gamblin T，LeGendre M，Collette MR，Lee GL，Moody A，de Supin-skiBR ， et al. The spack package manager ： Bringing order to HPC softwarechaos. 在 ： 超 级 计 算 2015. Austin ， Texas ， USA; 2015 ， http ：dx.doi.org/10.1145/2807591.2807623 ， URLhttps://github.com/spack/spack ，LLNL-CONF-669890，[10]https://easybuild.io/网站。[11]http://kkr.issp.u-tokyo.ac.jp网站。[12]赤井湾Ni-Pd 合金电子结构的自洽KKR-CPA计算J Phys Soc Japan 1982;51（2）：468-74. http://dx.doi.org/10.1143/JPSJ.51.468。[13]http://ttadano.github.io/alamode/网站。[14]Tadano T，Gohda Y，Tsuneyuki S.从第一性原理分子动力学中提取的非谐力常数：在传热模拟中的应用。J Phys Condens Matter 2014;26（22）：225402.http://dx.doi.org//0953-8984/26/22/225402.[15]http://alps.comp-phys.org网站。[16]Alet F ， Dayal P ， Grzesik A ， Honecker A ， Körner M ， Läuchli A ，等.ALPS项目：强相关系统的开源软件。日本物理学会杂志2005;74（增刊）：30-5。http://dx.doi.org/10.1143/JPSJS.74S.30网站。[17] Albuquerque A，Alet F，Corboz P，Dayal P，Feiguin A，Fuchs S，etal. The ALPS project release 1.3 ： Open-source software for stronglycorrelated systems. J Magn Magn Mater 2007;310（2，第2部分）：1187-93。http://dx.doi的网站。org/10.1016/j.jmmm.2006.10.304，Proceedingsofthe17thInternationalConferenceonMagnetism.网址https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S 0304885306014983。[18]Bauer B，Carr LD，Evertz HG，Feiguin A，Freire J，Fuchs S，et al. TheALPS project release 2.0 ： open source software for strongly correlatedsystems.J Stat Mech Theory Exp 2011;2011 （ 05 ） ： P05001.http://dx.doi.org/10.1088/1742-5468/2011/05/p05001。[19]http://www.tcm.phy.cam.ac.uk/~mdt26/casino2.html网站。[20]Needs RJ ， Towler MD ， Drummond ND ， López Ríos P ， Trail JR. 用CASINO 代码 进行变 分和扩 散量子 蒙特卡 罗计算 。J Chem Phys 2020;152（15）：154106。http://dx.doi.org/10.1063/1.5144288网站。[21]http://www.order-n.org网站。[22]杨 伟 ， 王 伟 ， 王 伟 . 大 规 模 从 头 计 算 的 最 新 进 展 ： CONQUEST 程 序 .PhysStatus Solidi b2006;243（5）：989-1000.[23]https://issp-center-dev.github.io/DCore/index.html网站。[24]张 文 ， 张 文 忠 . DCore ： 集 成 的 DMFT 软 件 相 关 的 电 子 。 科 学 邮 报 物 理2021;10：117.http://dx.doi.org/10.21468/SciPostPhys.10.5.117，URLhttps://scipost.org/10。21468/SciPostPhys.10.5.117。[25]https://www.r-ccs.riken.jp/labs/cms/DMRG/Dynamical_DMRG_en.html网站。[26] https://github.com/issp-center-dev/dsqss网站。[27]杨志华，李志华. DSQSS：离散空间量子系统求解器。Comput Phys Comm2021;264：107944. http://dx.doi.org/10.1016/j.cpc.2021.107944，网址https：//www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0010465521000692网站。[28]http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/index.html网站。[29]Barca GMJ，Bertoni C，Carrington L，Datta D，De Silva N，Deustua JE，et一 般 原 子 和 分 子 电 子 结 构 系 统 的 最 新 发 展 。J Chem Phys 2020;152（15）：154102。http://dx.doi.org/10的网站。1063/5.0005188。[30]http://www.gromacs.org/网站。[31]Pronk S ， Páll S ， Schulz R ， Larsson P ， Bjelkmar P ， Apostolov R ， etGROMACS 4.5：高通量和高度并行的开源分子模拟工具包。生物信息杂志2013;29 （ 7 ） ： 845-54 。 http ： dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btt055 ，arXiv：https://academic.oup.com/bioinformatics/article-pdf/29/7/845/17343875/btt055.pdf。[32]Abraham MJ ， Murtola T， Schulz R， Páll S ， Smith JC ， Hess B ， et al.GROMACS：通过从笔记本电脑到超级计算机的多级并行进行高性能分子模拟。SoftwareX2015;1-2：19-25.得双曲正切值.doi.org/10.1016/j.softx.2015.06.001，URLhttps://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2352711015000059。[33]Páll S，Abraham MJ，Kutzner C，Hess B，Lindahl E.使用GROMACS解决分子动力学模拟中的exascale软件挑战。In：Markidis S，Laure E，editors.解决exascale的软件挑战。Cham：Springer International Publishing; 2015，p.3比27[34]http://www.pasums.issp.u-tokyo.ac.jp/hphi/en/网站。[35][10]张文，张文.量子晶格模型求解器HΦ。 Comput Phys Comm
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