软件X 7（2018）360Buhos：一个基于网络的系统文献综述管理软件克劳迪奥·布斯托斯·纳瓦雷特a，b，*，玛丽亚·加布里埃拉·莫拉莱斯·马尔韦德a，佩德罗·萨尔塞多·拉各斯c，亚历杭德罗·迪亚兹·穆希卡康塞普西翁大学心理学系，Víctor Lamas 1290，Concepción，Chileb康塞普西翁大学精神病学和心理健康系，Avenida Juan Bosco s/n，Piso 3，康塞普西翁地区医院，精神病学服务，康塞普西翁，智利c智利康塞普西翁大学研究方法和信息技术教育系，Víctor Lamas 1290，Concepciónar t i cl e i nf o文章历史：接收日期：2018年3月收到修订表格2018年10月3日接受2018年关键词：系统性文献综述基于Web的软件协作工作[编辑]红宝石a b st ra ct该软件可以大大促进整个系统文献综述过程（SLR）的管理然而，大多数用于SLR过程的专用软件都是为了满足健康和医学科学以及软件工程的要求而设计的，因此需要专门用于社会科学的特定研究要求的专用软件此外，目前使用的大多数软件都是封闭的，开源代码替代方案需要具有配置和设置专业知识的人员。Buhos是一个管理系统文献综述整个过程的应用程序，它是基于Web的，用Ruby开发。它提供了支持搜索、筛选、数据提取和报告过程的功能。[10]Buhos可以通过内部Web服务器在本地使用，也可以以分布式方式与其他在线服务集成©2018作者.由Elsevier B.V.出版这是CC BY许可证下的开放获取文章（http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。代码元数据当前代码版本v1.0.0-RC 1此代码版本使用的代码/存储库的永久链接https://github.com/clbustos/buhosWindows上需要Buhos Windows工具包：https://github.com/clbustos/buhos-windows-tk法律代码许可证BSD-3使用Git的代码版本控制系统使用的软件代码语言服务器：Ruby客户端：HTML、CSS和JavaScript编译要求、操作环境依赖项和依赖项Ruby 2.4，Ruby、mysql和/或sqlite3的gem捆绑包和开发库是必需的Ghostscript是从PDF中提取图像所必需的。它运行在Linux（在Ubuntu 14.04和16.06上测试）、Windows（在Windows 7和10上测试）和MacOS（在High Sierra上测试）上。有关详细说明，请参阅手册。如果可用，开发人员文档/API文档手册的链接：https://www.buhos.org/api/支持电子邮件clbustos@gmail.com*通信作者：at：部门的心理学，大学的康塞普西翁，维克多拉马斯1290，卡西拉160-C，康塞普西翁，智利。电子邮件地址：clbustos@udec.cl（C. Bustos Navarrete），玛丽亚·莫拉莱斯@ arauco.cl（M.G.莫拉莱斯·马尔韦德），paslagos@udec.cl（P.萨尔塞多·拉各斯），adiazm@udec.cl（A.迪亚兹·穆希卡）。https://doi.org/10.1016/j.softx.2018.10.0042352-7110/©2018作者。由Elsevier B.V.出版这是CC BY许可证（http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）下的开放获取ScienceDirect上提供的内容列表SoftwareX期刊主页：www.elsevier.com/locate/softxC. Bustos Navarrete等人。/软件X 7（2018）360361软件元数据当前软件版本v1.0.0-RC 1此版本的可执行文件的永久链接对于Debian、Ubuntu、CentOS和RHEL，请使用https://packager.io/gh/clbustos/buhos对于Windows，安装程序可在https://www.buhos.org/windows-download/上获得最新代码可在https://github.com/clbustos/buhos法律软件许可证BSD-3计算平台/操作系统服务器：编译Ruby 2.4的任何平台。在Ubuntu 14、Ubuntu 16、Windows 7和Windows 10。客户端：任何符合标准的浏览器。在Firefox和Chrome上测试安装要求&依赖项Linux软件包和Windows安装程序提供了所有必要的依赖项。需要使用源代码、Ruby 2.4、gem bundler和ruby、mysql和/或sqlite3的开发库。从pdf中提取图像需要ghostscript。有关详细说明，请参阅手册如果可用，请链接到用户手册-如果正式发布，请在引用列表中包含英文和西班牙文手册分别可在https://www.buhos.org/manual/en/https://www.buhos.org/manual/es/问题支持电子clbustos@gmail.com1. 介绍性Buhos响应了对一种软件工具的需求，该工具管理社会科学和教育领域中到高度复杂性的系统文献综述（SLR）的整个过程，这些领域有自己的特殊要求，与其他知识领域不同。在分析Kohl等人[1]关于部分或完全覆盖单反相机阶段的软件工具的评论时，观察到这些工具中的大多数在设计时考虑到了健康和医学科学以及软件工程，因此没有被推广为通用工具。[2]从这些学科的角度设计的SLR具有共同的特征，这些特征不一定满足其他知识领域的要求。在健康和医学科学（HMS）中，Cochrane Hand-《干预措施系统性审查手册》[2]主要用于指导系统性审查的执行情况。它的大部分适应症与临床试验和随机临床试验（RCT）的评价有关，因为这些试验被认为比其他类型的研究提供了更可靠的证据。对特定类型研究的关注使得能够建立一个相对一致的、标准化的、有明确步骤的审查程序，而与特定的研究问题无关[3]。这是常见的做法，以筛选和提取信息，从数以千计的文章。该过程可以部分自动化[4，5]，因为有明确的标准来定义研究问题，如众所周知的PICOS -参与者、干预、比较、结果和研究设计[6]。对于执行质量评估，Cochrane手册提供了对可能的偏倚风险的详细分析，包括用于其评估的基于域的工具[2]。在该领域进行SLR和元分析的方法社会科学与HMS有着根本的不同由于RCTs的需求不断增加，因此需要将不同类型的研究纳入事实上，出于道德原因，不可能对某些主题进行RCT[3，7]。必须考虑到，观察性研究不能像RCTs那样以标准化和循序渐进的方式进行评价[3]，这一点是有道理的。根据研究问题的不同，必须在每项研究中仔细评估偏倚的来源，考虑到后来的具体设计，并进行历史的、理论的因此，一个在社会科学中进行SLR的软件工具应该能够详细记录搜索过程、使用版主的理由、编码过程和独立编码员之间的协议，在评估所考虑的研究质量时寻求最大可能的透明度[8]。在此之下，该工具必须能够接受不同类型的信息来源，因为大多数证据不是在期刊中找到的，而是在灰色文献中找到的，如会议、论文、技术报告和其他未发表的文件[9]。因此，为社会科学开发一个支持单反相机的软件工具，需要统一各种类型的研究，无论是理论上的还是经验上的，以得出结论。所使用的软件工具必须是一种灵活的工具，能够以多种方式进行系统审查，同时通过记录每个评估员遵循的每个步骤，特别是在解决分歧方面，确保最大限度的透明度和严谨性[10]。在软件工程（SE）环境中进行的关于SLR支持软件的用户需求的研究[11，12]与转向社会科学的软件开发相关，因为这两个学科对SLR开发提出了类似的这是因为所使用的研究设计通常具有观察性和事后性质，参与者的个人资料通常是专家的个人资料，这使得建立盲态程序变得困难考虑到文献中描述的主要要求，Buhos结合了几种工具来促进用户之间的通信，除了能够以稳健的方式处理大量文档外，Buhos还实现了中到大规模SLR的性能。在此基础上，可以重新使用已完成文档的元数据和文件来更新以前的修订。在关注软件开发过程的同时，还特别关注应用程序的可用性、测试覆盖率、可维护2. 问题和背景2.1. 系统性文献综述：概念性文献综述文献综述是在"文献再看"概念中隐含的相当大的歧义导致了在任何情况下，人们都一致认为，系统文献综述（SLR）是获取信息的最准确和最可靠的方法[18]，已证明其对理论和实证方法都是有用的[19]。它在HMS [20]、软件工程[21，22]、社会科学[7，23]和教育[24]领域取得了显著的成功。单反相机的概念可以具体地理解，也可以全面地理解。Cochrane采用的SLR定义362C. Bustos Navarrete等人。/软件X 7（2018）360与HMS中携带的方式相关的协作表明它使用明确的、系统的方法，选择这些方法的目的是最小化偏差，从而提供更可靠的结果，从中可以得出结论并做出决策" 单反相机必须具备以下几个方面的特点：（a）明确的目标，并预先选定纳入或排除文章的标准;（b）明确的、可重复的方法;（c）系统的搜索能力，试图识别所有符合纳入和排除标准的研究;（c）系统的搜索能力。(d)例如，通过偏倚风险评估对纳入研究中的证据的有效性进行评估，以及（e）对收集到的证据进行系统的呈现和综合[2]。这些修订通常与元分析相关联，元分析应用统计学方法来对研究结果进行总结。荟萃分析用于综合纳入SLR的不同研究中提供的证据，以检测效应，估计其幅度和变异性，并分析影响它们的因素[25]。[26]从更广泛的角度来看，单反相机被认为是对文献的回顾，它是全面的、透明的和无偏见的，用明确定义的方法去模糊化，以系统的主题方式穿孔[26]。这就是它与叙述性评论的不同之处，叙述性评论混合了理论和观点，并没有将特定的选择和评估方法应用于可用的信息[27]。EPPI-Centre提出了这种理解系统性审查模式的一个例子，它明确指出，将系统性审查与非系统性审查区分开来的唯一因素是，系统性审查具有明确、严格的方法论。[10]这使得审查的结果具有可问责性，并可供批评和2.2. 系统性审查的根据Kitchenham Charters [13]的指导方针，系统性审查过程可分为三个主要阶段：规划、实施和报告。这些阶段中的每一个都由不同的阶段组成。规划审查考虑因素：（a）确定进行审查的必要性，（b）将研究委托给外部方，（c）具体说明研究问题，以及（c）将研究提交给外部方。(d) 开发协议，以及（e）由外部代理人对协议进行评估进行审查涉及（a）通过适当的搜索策略确定研究，（b）选择研究，（c）评估研究的质量，（d）从研究中提取信息并监测审查过程，以及（c）评估研究的质量。(e) 通过对信息进行综合。最后，报告涉及：（a）具体说明传播机制，（b）格式化报告，以及（c）评估报告。除委托研究、评估方案和评估最终报告外，所有这些阶段都被视为强制性的应该记住，审查过程被认为是迭代的，在某些情况下，协议可能会在其评估之后得到改进，或者一旦获得数据，计划的分析方法将得到改进，这是可能的[13]。Snowballing是一种基于迭代的方法，用于识别数据库搜索未产生的相关研究。有两种模式：(a)向前滚雪球：新的文件被合并到引用以前选择的文件中，（b）现货销售：在选择的文件中添加引用的文件当已经识别出临界质量的论文时，这种方法特别有用[29]。2.3. SLR在健康和医学科学、软件工程和社会科学中的应用单反相机最伟大的发展是在医疗保健和医疗保健政策领域观察到的。希望到2010年代末，超过200，000枚SLR将可用于HMS[25]。在国际系统评价前瞻性登记册（PROSPERO）中，2012年至2017年期间，SLR的数量增加了10倍，从2012年的每月63例增加到2017年的每月800例[18]。健康和医学领域的SLR，根据其与循证医学（EBM）的成功关联，定义为"敏感地使用来自系统研究的最佳可用外部证据，与个人临床专业知识相结合，以评估患者的最佳护理课程"[ 20，（p2）]考虑到互联网上可用研究数据的惊人数量，对医生来说，寻找证据可能非常困难出版偏见的存在使得对证据进行准确的评估变得更加困难[30];因此，出版偏见的关键作用是：系统性审查，该审查以系统的、可重复的方式评估可用证据，同时权衡偏倚风险[20]。出于这个原因，研究人员经常使用SLR来告知医疗保健实践和政策[31]。HMS 中 的SLR 与 Cochrane 系 统 评 价 数 据 库 有 显 著 关联 ，Cochrane系统评价数据库是由专业小组维护的一组评价和方案[20]。Cochrane协作网的两个核心原则是需要对不同干预措施进行无偏倚比较，这是他们在RCT中偏好SLR的原因，以及持续选择和更新可用证据的重要性，以得出最可靠的效果估计值[32]。研究类型的清晰度以及被认为是适当的分析，使得能够建立一个标准化的程序来执行SLR与逐步说明，如Cochrane手册中所反映的系统性审查的干预[2]。在软件工程（SE）中，由于SLR在Kitchenham等人[35]提出的基于证据的软件工程（EBSE）中的核心作用，SLR在该学科中的引入[33，34]被认为是在2004年发生的，EBSE旨在整合学术研究和工业实践，以找到支持软件开发的最佳证据。Kitchenham提出了一个在软件工程中进行SLR的程序[36]，该程序在2007年进行了更新，应用了社会科学的概念[13]，并在2013年对该学科中的63个SLR进行了第三次研究[29]。SE研究提出了具体的挑战，这与社会科学中的那些研究是相似首先，在HMS中，通常将SLR限制为RCT，或者考虑到研究问题，特定的设计可能会被指定为更合适。在SE的情况下，实证研究的缺乏意味着从各种不同类型的研究中汇总信息[13]。此外，在SLR中研究的SE技术通常是更大的软件开发周期的一部分，这使得它很难获得单独的效果。与HMS中进行的研究不同，在HMS中，治疗接受者可能对所进行的干预视而不见，而在SE中，方法和技术通常必须由专家开发[37]。虽然SLR在SE中的发展还没有像在医疗保健领域那样具有爆炸性，但它不是一个非常活跃的发展领域，其特点是关注寻找可以支持SLR过程的软件工具，以及存在多项旨在探索这两种类型研究的采用以及关于特定主题的证据的第三阶段研究。2017年，一项关于有效性威胁的映射研究报告了软件工程领域存在316个SLR[38]。多项研究考察了单反相机中工具的使用情况，并对其进行了评价。C. Bustos Navarrete等人。/软件X 7（2018）360363特征[1，11，39，40]，并确定SE社区期望他们的要求和特征[12，41，42]。已经进行了多项第三方研究，以评估SLR在学科中的采用、质量和使用[22，43 ]，进行SLR的经验[29，33]，并评估环境辅助生活[44]、敏捷开发[45]、软件过程改进[46]、软件测试[47]、需求工程[48]、全球软件开发选项[49]和分布式软件开发[ 50]等特定主题的证据。就像社会科学一样，单反相机也面临着各种各样的挑战。首先，虽然在社会科学中有着系统综述的悠久传统，但在健康环境中开发的定量工具的结合已经与证据收集中更定性的传统发生了冲突，特别是在教育领域[51]。其次，许多可用的证据都是基于观察设计的，这就需要在定义条件时做出重要的方法论努力，在这些条件下，可以获得无偏的结果[3]。在HMS中，SLR和荟萃分析的重点是建立同质证据，使每个治疗的有效性能够在全世界范围内确定，充满希望的传播相比之下，社会科学的重点是描述人口和情况的异质性，以理解因果过程，这是一个特定的干预措施的成功结果的基础例如，一个研究人群的代表性可能比随机化的存在与否更重要，或者说，关于混杂变量的可用信息有多少可能比随机化的存在与否更重要。除此之外，每个学科内部也存在不同的报告风格，这增加了标准化待收集信息的任务的复杂性[7]。关于SLR在社会科学中的表现方向，在方法上存在着重要的差异，取决于学科和赞助研究的机构[3]。 在教育领域，美国教育部教 育 科 学 研 究 所 （ Institute of Education Sciences at the U.S.Department of Education）的旗舰产品"什么有效信息交换所"（WhatWorksClearinghouse）非常强调随机对照试验和准实验设计的定量分析，并对纳入和排除提出了严格的标准[16]，这使其更符合Cochrane方法。 坎贝尔合作组织的重点是犯罪与司法、教育、国际发展和社会福利领域的方案、政策和做法的有效性。然而，尽管认识到RCT的重要性，但建议纳入设计内部有效性较低但外部有效性较高的研究，并增加允许的定性研究，以增加审查的解释能力最后，EPPI中心侧重于社会政策，包括教育、卫生、社会护理、发展经济、体育、环境和犯罪。它对什么构成综述有一个宽泛的定义，考虑到从不同研究中寻求信息总结的聚合方法，如元分析，以及涉及信息解释过程的配置方法，这是可用的，以产生更高层次的解释[28]。考虑到社会科学中进行系统性审查的现有方法的多样性，这是很难建立的。一个明确的指示器来显示其范围。对标题中包含"系统综述"或"元分析"这两个术语的所有社会科学文献进行了Scopus搜索，结果显示，不包括2.4. 软件工具在单反相机系统的文献综述过程很难执行，这是一个很难执行的过程。他们需要搜索数以百计的数以千计的文章和.通过识别哪些是有用的来识别它们。这使得细致的记录-一个伟大的交易信息的每一个文件。审查过程由几个步骤组成-准备主题、搜索、搜索对于文章，屏幕研究，提取数据，分析和合成数据，然后报告发现[4]。每一步都必须准确、透明地进行，并记录下来[13]。工具的选择，特别是IT工具，需要平衡初始成本和维护成本，以在具有不同程度和复杂性级别的过程中实现必要的功能性[52]。关于单反相机用户对可用计算机工具的要求，最重要的研究是Al-Zubidy等人[12]和Marshall等人[11]的研究。Al-Zubidy与SE从业者进行的研究[12]得出结论，单反工具存在多种要求。它标识了112个，并且目前没有一个工具可以覆盖所有这些工具。在分析了6种工具后，研究发现每种工具都满足了32%到68%的社区最值得注意的是，需要促进位于当地和不同国家的参与者之间的合作，需要通过自动化流程减少研究人员的工作时间，需要访问包含过去SLR信息的中央存储库，以及需要整合不同的Marshall等人[11]发现，在社会和健康科学中实施SLR的研究人员与SE研究人员就管理大规模SLR和处理团队内部沟通的重要性达成了一致。他们还特别强调了在搜索、选择和筛选过程中出现的挑战，以及在质量评估过程中出现的挑战。社会科学和健康科学研究人员与SE研究人员之间存在差异，因为前者要求对SLR进行版本控制，而后者则要求在最终报告中对参考文献进行格式设置。此外，社会科学研究人员对进行元分析的可能性给予了更大的价值，获得了保持数据机密性的安全机制，而文本分析工具则是一个无关紧要的问题。应该强调的是，虽然单反相机工具可以帮助加快这一进程，并采取人类极难或不可能采取的行动，但它们只能协助研究人员进行单反相机，因为在这一进程的所有阶段都需要进行人类判断。虽然存在自动化大部分[4，5]或整个SLR过程[53]的建议，但这只有在定义的程序和标准化的质量标准下才有可能，这仅适用于HMS。更具体地说，在社会科学中，规划阶段涉及研究人员、从业人员和利益相关者之间的协商过程，虽然计算机工具可能会促进这一过程，但必须由有关个人进行[28]。然而，在SE中，在更大程度上，在社会科学中[7]，需要整合针对不同情况的各种类型的研究，这意味着应用单一质量标准的不可能性，因为每项研究都必须根据其背景进行单独评估[8]。最后，搜索者需要对自动化的可靠性有信心。在他们完全接受它们之前的机制[11]。2.5. 相关作品在进行系统性审查时，可使用多种类型的软件进行系统性审查。有一些程序虽然不是为了输出系统性修订而设计的，但却为该过程的各个阶段提供了支持Office自动化软件，如MicrosoftWord或Excel，可用于创建可在纸上或通过电子邮件复制的表单。基于Web的表格和调查系统生成的表格易于回答和处理，并且易于管理。虽然这些程序易于设置，并且不需要太多的培训来学习使用，但它们使维护项目进度的记录和解决评估者之间可能的冲突变得更加困难364C. Bustos Navarrete等人。/软件X 7（2018）360在常用的研究工具中，参考文献管理软件是EndNote最受欢迎的软件之一[54]它是许多研究人员支持搜索过程[55，56]、筛选[57，58]和消除重复引用[59]的首选。对于数据提取阶段，可使用NVivo等定性分析软件[29，56，60]。在设计用于执行审查的软件工具中，有一些工具侧重于审查过程中的特定阶段。根据Marshall Brereton对于搜索阶段，有这样的工具作为EndNote可用;然而，它们的主要问题是它们被关闭了[53]。人们对使用机器学习[4]通过部分自动化加速筛选和数据提取过程很感兴趣，这些工具包括abstrackr [61]、PEx [62]、ExaCT[63]、Swift- Review [64]和GAPScreener [65]。Rayyan是一个在规划、搜索和筛选的初始阶段使用的免费工具，它提供了一个高可用性的Web界面和移动应用程序的巨大优势。[66]。另一个类似的开源代码工具是CREBP-SRA，它主要专注于引用和搜索管理，其次是筛选过程[67]。对于分析和报告阶段，RevMan在准备方案和文章、开发元分析和呈现图形结果方面表现出了自己的能力[68]。在这个列表的最后是软件应用程序移植系统审查的完整过程。[10]它们使我们能够进行搜索、筛选、数据提取，以及数值和定性分析。" Kohl et al. [1]提供了其中22种工具的完整更新摘要，因此我们将仅关注考虑系统审查的两个或多个阶段的工具，这些阶段是开源的，以及那些免费或付费的工具，而不是专门分配给HMS的。我们发现了7个免费代码工具，它们至少支持系统审查三个阶段中的两个阶段（见表1）。所有这些工具都涵盖了实施阶段，6个 考 虑 报 告 和 5 个 规 划 。 其 中 三 个 工 具 ， REviewER [69] 、SLRTool [70]和Slurp [55]可以被认为是停产的，因为它们至少自2015年以来没有显示出进一步的开发。除REviewER和metagear外，所有工具都是基于Web的。值得注意的是，至少有4个工具来自软件工程，尽管有两个声称可用于其他学科。就所使用的开发堆栈而言，Python的使用在与其他语言的各种组合中脱颖而出，最复杂的Colandr工具也是如此。开发人员的完整信息仅适用于HAWC [72]和metagear [73]。在所有可用的工具中，与Buhos最相似的工具是Parsifal [74]，因为它是基于网络的，涵盖了SLR过程的所有阶段，满足了接近社会科学的软件工程的要求，允许多用户进行评论，显示出高可用性，并且正在积极开发中。然而，它没有一个控制对平台的访问的许可系统，它没有一个永久的文件库，使在线质量评估和数据提取成为可能。绝大多数非开源工具都可供开发人员使用。与社会科学相关的单反相机的性能是基于网络的。EPPI-Reviewer[75]被广泛使用，因为它是免费使用的，并为合成提供了强有力的支持;然而，它是特定于健康领域的，不允许进行质量检查[55]，它不是开源的，不能在本地使用[76]。根据其作者的说法，Dis-tillerSR [77]是最流行的执行系统轮廓的工具，具有半自动重复数据删除和筛选的强大功能。然而，它不能在当地使用，订阅费用也高得令人望而却步。JBI Sumari [78]默认支持健康、社会科学和人文学科中的10种类型的评论，以及具有不同访问权限的用户角色系统。但它不允许自定义的创建。数据提取或质量评估的形式。此外，访问权限仅限于具有订阅的用户CADIMA [1]因其高度结构化的界面而脱颖而出，该界面旨在以协作、直观的方式指导审查过程，其整合离线提取的信息的能力，以及其提供的在其网站上交流SLR进展的选项。然而，它并没有配备内置的搜索或定量合成工具（如图）。SESRA [79]根据Kitchenham特许状[13]的阶段和阶段，考虑了完整的单反过程，并提供英语和葡萄牙语版本。开发人员已经对该工具进行了客观和主观评估，并计划将其扩展到涵盖其他学科的SRL要求。有限数量的单反相机工具可离线使用SLR-Tool是一个免费使用的基于Java的工具，有西班牙语和英语版本。它的主要局限性是它不适用于协作工作。StArt [81，82]是一种免费软件替代方案，可为单反相机用户需求[12]提供高级别支持，特别是通过其支持协作工作和逆向滑雪的能力。但是，它不是开放代码，只能在Windows操作系统中使用。2.6. Buhos开发的基本原理因此，虽然有可用的工具来管理整个系统主题审查过程，但大多数工具都不是开源的，并且仅针对生物医学和软件工程研究进行了优化。从我们在社会科学和教育领域的系统审查经验来看，需要一种软件工具来记录审查过程中的每一步，包括每个研究人员的沟通和决策。它必须有。一个明确的方法论与明确的阶段，一个是适应研究目标的需要。此外，该软件必须易于安装，有多种语言版本，并且可以在本地使用，也可以在各种平台上在线使用。这将使我们能够在广泛的科学领域内，以尽可能有效的方式进行准确的系统性在文献[11，12]中报告的SLR用户要求方面，Buhos通过在审查过程的每个阶段为文档提供内部消息传递和评论系统，促进了审查用户之间的沟通。除了能够快速管理数百个引用之外，这还使Buhos能够支持中等规模和大规模的SLR。特别关注的是文档存储，它允许在不同的SLR之间重复使用元数据和文章文件实现的安全系统为系统内的每个用户分配了特定的角色，这对社会科学研究人员来说尤其重要。例如，它允许仅授予访问审阅结果的权限，而不授予访问审阅过程或原始文档的权限。关于软件开发过程，Buhos的与众不同之处在于它的高水平可用性、可测试性和文档化。在我们的初步测试中，用户学会了如何管理该工具，并在大约一小时内完成了驾驶单反相机的步骤。旨在最大限度提高效率的界面创新，如仪表板和在线PDF文件查看器，也获得了很高的用户满意度。至于可测试性，我们特别注意与良好的工程实践相结合，这些工程实践与指导Buhos开发的测试驱动开发范式有关。每一个新的功能都包括特定的测试，允许对正确的功能进行自我验证，并与持续集成的实践相结合，以实现问题的快速检测。这使得软件在每个开发迭代中都具有完全的最后，Buhos为用户和开发人员提供了向用户提供了一本手册，其中包含有关单反相机过程和用户的信息C. Bustos Navarrete等人。/软件X 7（2018）360365表1用于完整SLR过程的开源工具。软件名称域开发堆栈源代码可用性基于Web的阶段A上次更新的b审查员任何/软件工程JavaGithub否PL2014SLRTool任何/软件工程PHP -MySQL不可用。是的PL2014年c残浆软件工程Java-MySQL项目现场否PL2015年dPARFISAL软件工程Python（Django）Github是的PL2018科兰德尔Any/环境证据Python（木星）Github是的PL2018HAWC生物医学（危害识别）PythonGithub是的Co2018metagear任何人RGithub否Co2017笔记。PL：计划。Co：驾驶。回复：报告b通过检查Github提交获得的c从相应文件推断的d通过检查.war文件源代码获得的日期指南;对于开发人员，这里有用例和API的详细描述。作者认为，自由和开放源码软件（FOSS）为单反相机支持软件的发展提供了两个重要的优势：效率和控制。关于效率，证据表明，在足够的社区参与下，可以生成完全满足不同用户类型要求的软件，并产生比等效专有软件更低的错误率[83，84]。至于控制，根据自由和开放源码软件模式，工具应保持在用户的控制之下，无论是个人还是集体，这与自愿合作和学术自主的精神是一致的，这是适当的研究人员[83]。在如此昂贵的过程中保持对工具和数据的控制，就像单反相机一样，不仅仅是一个道德问题;这是一个实用的问题。虽然免费使用工具开发单反相机的想法是一个吸引人的想法，但强烈建议用户考虑供应商锁定的风险/收益比方面，特别是在从可能崩溃的应用程序中提取信息时可能遇到的困难，在其他软件程序上处理数据的情况，或者在第一个应用程序出现缺陷或不公平时切换到不同应用程序的可能性[85]。在专有离线工具的情况下，虽然它们提供了对应用程序和数据的更大控制，但软件出现的任何主要问题都应该是，研究人员仍然处于几乎完全依赖开发人员的情况下，特别是如果数据是以非标准方式记录的。3. 软件框架3.1. 软件体系结构Buhos是客户端-服务器模式下基于Web的应用程序服务器可以在与用户运行的系统相同的系统上运行，或者它们可以通过计算机网络进行通信。对系统资源的访问是按照REST体系结构样式完成的。这涉及到提供一个统一的接口来访问和操作系统的资源，其中每个资源和相关的操作都配备有它们自己的这将促进无状态通信的维护，有利于软件的可见性、可靠性和可扩展性[86]。该应用程序在HTTP服务器上运行，并基于模型-视图-控制器模式（MVC）。它将访问数据库并在问题域中执行操作的代码（模型）与向用户发送信息的代码（视图）以及接受用户输入、协调模型和视图的代码（控制器）分开，并将问题域中执行操作的代码与向用户发送信息的代码（视图）分开模 型数 据存 储 在SQL 数 据库 中。 对象 关系 映 射（ Object-Relational Mapping，ORM）技术允许使用面向对象的编程来访问数据库信息。此外，一个数据库抽象层使不同的数据库能够根据审查的要求使用。3.2. 软件功能性;Buhos软件的主要功能是：- 多平台：安装程序是为Ubuntu、CentOS和Windows操作系统提供的，使用源代码。该应用程序可以在任何可以编译Ruby2.4的操作系统上运行。- 协作工作：一个团队在一个管理员的指导下开发每个系统审查。提供了内部消息传递系统，以最大限度地提高决策过程的透明度- 国际化：所有的系统文本和消息都可以进行翻译，这使得软件能够适应各种语言。英文和西班牙文的完整版本目前可用。- 灵活的分析阶段：系统性综述的工作被分解为几个阶段--搜索、筛选标题和摘要、筛选参考文献（文献中的反向雪球[29]）全文审查和报告（PDF）。搜索或文档可以在每个阶段专门分配给每个用户，并且管理员可以决定哪些文档将成为下一阶段的一部分。新信息可以在前一阶段合并，并在后一阶段自动更新。- 与各种科学元数据系统的集成：该系统允许记录从各种书目数据库导出的搜索结果-目前是WoS、Scopus、Ebscohost和Scielo -以及使用BibTeX在书目参考软件中可用的参考文献。与Crossref和PubMed有很强的集成，通过DOI和/或PMID实现了记录的重复数据删除，并从参考文献中获取信息。最后，可以使用Scopus API密钥联系Scopus数据库以获取有关文章及其作者的信息。- 文件存储库：每个系统修订版可以托管不同的文件，这些文件可能分配给相应的文档，也可能不分配给相应的文档。提供了一个在线PDF和ODF文件视图，用于评估文章的质量以及数据提取，以便整个过程可以- 多种形式的分析：该系统考虑了纳入和排除标准的个性化定义，以及评估研究质量的标准的个性化定义每个文档都可以使用免费或预先建立的类别进行标记，并且可以在每个阶段对包含和排除决定进行评论。在全文审查阶段，纳入了一个标准化的表格，以统一审查者对每个文件中文本的分析，以及对其他文章的引用- 多个输出：每个阶段的记录列表可以导出为BibTeX或Excel文件。文档列表及其关系可以导出到GraphML中，以便在Gephi或yEd等网络程序中进行分析还提供了PRISMA流程图，该流程图在流程的各个阶段中断了信息流[6]。366C. Bustos Navarrete等人。/软件X 7（2018）360图1。仪表板以进行全面审查。图2。demo.buhos.org的部署图- 仪表板：执行系统审查的整个过程可以从仪表板完成（图1）。 1）。对于广告主管和分析师，仪表板提供了所需的信息，如每个阶段有多少文章，有多少文章已分配给每个分析师，以及有多少文章需要解决方案。4. 实施情况4.1. 实施的详细信息Buhos应用程序运行在Ruby上，Ruby是一种解释性的开源软件，可以在各种UNIX平台上编译，如Linux，以及Windows和MacOS。作为Web服务器的框架，使用了Sinatra库[88]，这是一个用于快速开发Web应用程序的DSL，它可以自主运行，也可以通过Passenger集成到另一个HTTP服务器中，如Apache或Nginx。一般来说，人们都在努力寻找已经建立起来的库，以便为系统提供功能。BibTeX ruby用于BibTex的导入和导出[89]，serrano用于访问Crossref [90]，i18n用于多语言支持[91]。一个内部开发的库，允许访问Scopus和NCBI（PubMed）数据库。Sequel库提供ORM函数以及SQL的抽象层，并将其作为SQL的抽象层，用于访问数据库[92]。该系统已在MySQL和SQLite上进行了测试，使其具有普及性和功能性。第一个数据库（MySQL）被认为是由共享服务器上的多个用户密集使用的而第二个（SQLite3）则用于在单用户环境中立即使用应用程序。每个资源都有一个遵循REST样式的独特URL。例如，可以使用标识符1通过path/review/1访问修订版，并且可以在route中查找其消息和路由。/review/1/messages和/review/1/searches。只有关于用户授权的信息和来自资源上的操作的输出消息从会话中存储，因此资源上的每个操作都可以通过访问URL直接输出。客户端可以使用任何符合标准的浏览器，这些浏览器接受HTML5和Javascript。该系统已在Firefox和Chrome中成功测试。Bootstrap被用作生成HTML、CSS和Javascript的主要工具包，因为它测试了不同类型浏览器之间的最大兼容HTML5中未考虑的用户交互功能是使用jQuery开发的[94]。图。 2显示了Buhos演示的部署图，可在www.example.com上http://demo.buhos.org。符合标准的浏览器（本例中为Firefox）通过HTTP连接到Nginx服务器。Nginx将乘客作为一个模块加载。乘客提供了一个与Sinatra兼容的Rack接口[100]，为了支持多个用户，MySQL被用作数据库。Buhos通过HTTP连接连接到Crossref、NCBI（PubMed）和Scopus的外部服务，通过每个服务提供的APIs。安装程序的使用促进了非IT专业人员对系统的使用Inno安装程序用于Windows [96]。对于Linux，pkgr [97]C. Bustos Navarrete等人。/软件X 7（2018）360367==表2Buhos要求的分析。#综合要求[编辑]分数1协作支持服务100%2集成搜索36%3可追溯性88%4支持文本挖掘。25%5支持包含和排除60%6支持性质量评估50%7数据维护服务100%8自动化分析[编辑]25%9视觉化33%10方法和数据百分之十四11研究的存储67%总计60%它启用了Ubuntu、Debian、CentOS和REHL的本地生成软件包此外，它还与软件包-ager.io网站集成，
我的内容管理
展开
