Rheo-DEA v.1.0：从流变仪固有软件中自动提取数据的节省时间工具

软件X 18（2022）101055原始软件出版物流变数据提取应用程序：一个节省时间的工具，用于从特定的流变仪固有软件Christoph Haasa， Dörthe Holthusenb，Rainer Hornaa植物营养和土壤科学研究所，基尔农业大学，Hermann-Rodewald-Str. 2，24118 Kiel，Germanyb德国科布伦茨56068，Am Mainzer Tor 1，联邦水文研究所，植被研究，景观管理系。ar t i cl e i nf o文章历史记录：接收19七月2021收到修订版2021年9月16日接受2022年关键词：AutoIt流变RheoPlus土a b st ra ct流变数据提取应用程序（Rheo-DEA v.1.0）是一个简单而省时的软件工具，适用于从流变仪固有的软件中自动提取数据，该软件通常用于土壤流变学（即，RheoPlus/32）。Rheo-DEA采用AutoIt编程语言编程，控制鼠标移动和鼠标键，根据提取的参数将数据集从测量软件复制和粘贴到定义目录中的文本文件。原始数据可以通过该工具轻松获取。因此，Rheo-DEA节省了时间，必将有助于更好地了解土壤流动行为。©2022作者（S）。由爱思唯尔公司出版这是CC BY许可下的开放获取文章（http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）中找到。代码元数据当前代码版本1.0此代码版本使用的代码/存储库的永久链接https://github.com/ElsevierSoftwareX/SOFTX-D-21-00132Code Ocean compute capsule法律代码许可证MIT-许可证使用的代码版本控制系统AutoItv3.3.14.5使用的软件代码语言、工具和服务，Jonathan Bennett AutoIt Team，https://www.autoitscript.com/site/autoit/编译要求、操作环境依赖性RHEOPLUS/32 V3.21，安东帕，德国如果可用，链接到开发人员文档/手册https://github.com/CHaasSoil/Rheo_DEA/Documentation问题支持电子邮件c. soils.uni-kiel.de软件元数据当前软件版本1.0此版本可执行文件的永久链接https://github.com/CHaasSoil/Rheo_DEA/法律软件许可证MIT-许可证计算平台/操作系统Microsoft Windows安装要求依赖性RHEOPLUS/32 V3.21，安东帕，德国如果可用，请链接到用户手册-如果正式出版，请在参考列表中引用该出版物https://github.com/CHaasSoil/Rheo_DEA/Documentation问题支持电子邮件c. soils.uni-kiel.de1. 动机和意义流变学（源自希腊语润滑油、油漆、食物，*通讯作者。电子邮件地址：C. soils.uni-kiel.de（Christoph Haas）。https://doi.org/10.1016/j.softx.2022.101055化妆品，用于确定物质的流动和变形行为。流变仪已被发现是一种工具，通过施加小的变形，以小的土壤体积来表征土壤微观结构的稳定性在所有尺度上，微观结构稳定性定义了土壤稳定性，这很重要，例如，用于植物生产、农业土壤管理以及更好地了解风蚀和水蚀过程。2352-7110/©2022作者。 由Elsevier B.V.出版。这是一篇开放获取的文章，使用CC BY许可证（http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。可在ScienceDirect上获得目录列表SoftwareX期刊主页：www.elsevier.com/locate/softxChristoph Haas、Dörthe Holthusen和Rainer Horn软件X 18（2022）1010552+++对于一些科学家来说，一个典型的问题是缺乏时间，特别是当涉及到一些低调的任务时，比如将测量软件中的数据复制并粘贴到文本文件中，这仅仅是因为在测量软件中没有适当的导出工具。当处理这些数据的努力变得不适当的高时，某些数据集的可能优点可能会被过度看到。Rheo-Plus是一种没有适用的导出工具的测量软件，被许多土壤科学家[1-RHEOPLUS/32 V3.21，安东帕，斯图加特，德国）。所描述的问题是解决与流变数据提取应用程序（Rheo-DEA 1.0），这是一个简单和节省时间的软件工具。基本上，Rheo-DEA控制鼠标移动、光标和窗口，以将测量软件中的数据集复制和粘贴用户输入文件中可用的数据集的数量和表示软件完成的每个步骤之间的时间延迟的因子。然后，通过悬停在（i）样品名称和（ii）最上面数据集的复选框的位置上并在光标放置在相应位置后按空格键，提供数据提取所需的元素的空间位置作为输入。软件自动开始提取每个数据集并将数据保存到文本文件中在具体的示例中，取决于数据的类型（即，原始数据，和导出的值，如交叉、线性粘弹性区域和汇总参数积分Z，Iz）。该软件已用于提取原始数据，并有助于更好地了解富含生物模型物质的土壤的流动过程，这些物质通常存在于根际[5]，即，围绕植物根部的小体积土壤，与大块土壤相比，土壤性质发生了强烈变化[6，7]。提取软件允许快速，透明和安全（无错误）的数据处理。同样，在同一时间，可以处理更多的数据。此外，快速进入所有结果都采用易于处理的格式，有助于进行深入的数据分析（统计数据、模型），否则可能会遗漏这些数据，从而错过一些重要的调查结果。因此，我们认为，使用Rheo-DEA有助于通过无错误和自动数据提取和帮助节省时间，从而实现全面和无错误的深入数据分析，从而2. 软件描述Rheo-DEA是用AutoIt（AutoIt v3.3.14.5; [8]）编写的，AutoIt是一种类似于BASIC的免费脚本语言，用于自动化Windows GUI和一般脚本。使用前在Rheo-DEA中，包含测量的流变数据的文件（即，数据文件，*. ORX文件）被复制到新文件夹中并使用RheoPlus打开（即，RHEOPLUS/32 V3.21，安东帕，斯图加特，德国）。应通过取消选中复选框来灭活所有活性样品，并且必须仅选中最上面的复选框。可执行软件（即，Rheo-DEA.exe）或原始的可自定义AutoIt文件（Rheo-DEA. au 3）复制到同一文件夹中并执行。在某些情况下，抗病毒软件会阻碍Rheo-DEA软件的执行这个问题可以通过禁用防病毒软件或在防病毒软件中将程序标记为可信文件来解决。在提取过程中，运行程序提取数据的PC请参阅下一节或作为补充材料提供的视频，了解有关该程序使用的详细信息。2.1. 软件构架在如上所述执行Rheo-DEA的情况下，要求用户输入要提取的数据集的数量num。在第二个输入端，输入延时系数d（10−3s）。这种延迟是必要的，因为程序执行的操作对于小型数据集（200个条目），d的建议值为200，对于使用Intel i7 CPU的PC的大型数据集， d的建议在慢速PC上输入的值最大应为2000为了找到合适的延迟值，建议使用小型和大型数据集进行测试，因为非常大的延迟将花费更多的时间。接下来，提供用于提取的元素的空间位置作为用户的输入。使用的元素首先是样本的名称，其次是最上面的数据集的复选框。当用户将光标放置在相应位置后按空格键时，程序记录光标的位置。在输入阶段之后，将创建表示每个常用参数和原始数据的数据集。数据保存的决策基于Rheo-DEA程序中实现的决策树。可以在AutoIT文件（Rheo-DEA. au 3）中自定义决策树。无论数据文件是否包含任何常用参数，都会创建这些参数。然后，软件自动取消选中激活的复选框，该软件按如下方式循环脚本的主要部分n次，从n等于0开始：1. 勾选最上面样本的复选框。2. 在样品名称的位置单击鼠标左键。3. 通过模拟键盘选择所有数据STRG a并将选择复制到剪贴板（STRG c）4. 在工作目录的子文件夹（作为参数的函数）中创建一个文本文件（即，保存程序的文件夹）并将其保存为n.txt下的文本文件，其中n等于循环的实际运行5. 删除最上面的数据集，设置n等于n1，如果n等于或小于num-1，则重新开始循环2.2. 软件功能Rheo-DEA旨在通过从流变仪软件固有的软件RheoPlus（即，RHEOPLUS/32 V3.21，安东帕，斯图加特，德国）。提取的数据集保存为文本文件，可供进一步评估。3. 说明性实例在作为补充材料提供的解释性视频中，从一个小数据集中提取数据，并给出了有关程序使用的说明。4. 影响Rheo-DEA使用户能够自动提取流变测量的（原始）数据，需要最少的时间和精力。该程序已经被应用[9]，并有助于阐明农业使用土壤的流动特性。通过更详细地使用提取的数据，出现了新的研究问题，旨在更好地描述和理解土壤的流动特性和微观结构土壤稳定性。更多的研究时间被给予研究人员，Christoph Haas、Dörthe Holthusen和Rainer Horn软件X 18（2022）1010553因为是自动提取程序有了这一说明，我们的目标是使该工具可供使用，并可引用的土壤流变学界代表许多同事的要求，并进一步推广该工具，并使用AutoIt的一般。5. 结论Rheo-DEA软件是一种简单省时的软件工具，适用于从土壤流变学中常用的流变仪软件中自动提取数据（即，RheoPlus/32）。提供了一个可执行版本的程序，它可以应用，而无需进一步安装或更改，旁边的可定制AutoIt文件。提取软件允许快速，透明和安全（无错误）的数据处理。同样，在同一时间，可以处理更多的数据。此外，快速进入所有结果都采用易于处理的格式，有助于进行深入的数据分析（统计数据、模型），否则可能会遗漏这些数据，从而错过一些重要的调查结果。程序运行以提取数据的PC在提取过程中被阻塞，因为程序控制光标和光标移动。根据用户的硬件设备，提取500个测量值需要大约2小时（延迟设置为500）。然而，使用第二台PC，在3周内通过使用第二台PC提取了超过21.000个数据集。手动执行相同的操作需要未知的时间竞合利益作者声明，他们没有已知的竞争性财务利益或个人关系，可能会影响本文报告的工作确认这项研究由德国研究基金会（DFG），波恩，在赠款PAK 888资助。附录A. 补充数据与本文相关的补充材料可以在https://doi.org/10.1016/j.softx.2022.101055上找到。引用[1]Holthusen D，Pértile P，Awe GO，Reichert JM.土壤密度和振动频率对亚热带氧化土粘弹性和抗剪性的影响。土壤耕作研究2020;203：104677。网址：//dx.doi.org/10.1016/j.still.2020.104677，ISSN 0167-1987。[2]霍恩河K+处理和富含CaCO3土壤的流变刚度分析。植物营养与土壤科学杂志2006;169（3）：411[3] Pértile P，Holthusen D，Gubiani PI，Reichert JM.用流变仪评价四种亚热带土壤的微结构强度：性质、困难和机会。Sci Agricola 2018;75：154-62.http://dx.doi.org/10.1590/1678-992X-2016-0267。[4]Stoppe N，Horn R. 潮汐土壤的微结构强度--开发土壤传递函数的流变学方法。J Hydrol Hydromech 2018;66：87-96. http://dx.doi.org/10.1515/johh-2017-0031，ISSN（Online）0042-790X..[5]作者：Haas C，Holthusen D，Horn R.用流变仪测定的两个Bt层的土壤样品流动 特 性 的 生 物 学 改 变 。 FrontEnvironSci2018a;6 （ 110 ） .https://www.frontiersin.org/article/10.3389/fenvs.2018.00110.[6] 哈斯C，霍恩。R. 微团聚体的小尺度差异对单一淋溶土两个bt层生物孔壁物理化 学参数的 影响FrontEnvironSci2018;6 （90）.https://www.frontiersin.org/article/10。3389/fenvs.2018.00090。[7]Haas C，Gerke HH，Ellerbrock RH，Hallett PD，Horn R.与土壤有机质组成的土壤斥水性不同的历史上从两个Bt层的一个Haplic淋溶土的土壤生物孔表面。生态水文学2018 b;2018（11）：e1949.[8]班 尼 特 ·J， AutoIt团 队 。 2021. AutoIt v3.3.14.5 ， https://www.autoitscript。com/site/autoit/.[9]Haas C，Heibach P，Pértile P，Holthusen D，Horn R.振幅扫描试验中积分区和交越值计算方法的比较。保加利亚土壤科学杂志2021;6（2）：107-24。