蒙彼利埃大学计算机科学博士学位论文审稿团及主要导师致辞

获得蒙彼利埃大学博士学位的论文计算机科学博士学院166 I2S LIRMM否- 药理学干预措施：术语学收购;和视觉化由Loc NGUYEN主办2018年由安妮·劳伦特和格雷戈里·尼诺在陪审团面前Thérèse LIBOUREL，蒙彼利埃大学名誉教授Maria RIFQI，巴黎第二大学教授Florence SEDES，图卢兹大学Samuel SZONIECKY教授，巴黎第八Raphael TROUILLET，WCF HDR，Paul Valéry SylvieRapior大学，蒙彼利埃大学教授Anne LAURENT，蒙彼利埃大学教授Grégory NINOT，蒙彼利埃大学教授评审团主席报告员审查员联合主任联合主任奉献这篇论文是虔诚的奉献致我心爱的妻子Hang我的儿子Nhat Nam Zin和我的小女儿爸爸回家了。我八确认文件首先，我非常感谢我的顾问安妮·洛朗教授。在我的博士之旅中，我没有足够的时间来完成我的博士之旅。我想感谢我的论文评审团成员同意审查我的工作。特别感谢Maria Rifqi教授和Florence Sedes教授作为我论文的审稿人所提供的宝贵意见和评论。我还要衷心感谢塞缪尔·索尼耶茨基和拉斐尔·特鲁耶花时间为我的工作担任考官。我有一个很好的理由去做xpr essm是一个很好的理由去做Prr。他是一个很好的老师和老师。Sylvie Rapior感谢他们的宝贵支持和评论。我特别感谢我的朋友DuyHoa Ngo通过Skype在澳大利亚和法国之间进行了宝贵的讨论。我想感谢我在计算机科学实验室、Robo-t i q u e e e e M i c r e e Mo n t pe l l l i e r（L IR M m M）和e t h e P l a t f o r m e CEPS的同事们，感谢他们在轻松的咖啡时间里进行了有趣的我要感谢越南教育和培训部（MOET）的奖学金和我工作的河内矿业地质大学（HUMG），他们帮助我并给了我在法国学习的机会。此外，我感谢我在蒙彼利埃的所有好朋友，他们没有指名道姓，但在我一生中需要他们的帮助时，他们一直在我他们真的让我感觉不像家--体育活动（足球、羽毛球、乒乓球、网球、排球）和令人兴奋的烧烤派对让我恶心。iii.四最后，也是最重要的，我的爱是与我的大家庭，我的父母，我的哥哥姐姐，特别是我心爱的妻子，我的儿子和女儿，他们的鼓励和无条件的支持。蒙彼利埃，2018年6月，Nguyen The Loc摘要互联网上数据的爆炸式增长给与他们合作带来了挑战。需要语义Web和本体来解决这些问题。如今，本体论作为领域知识表示的一种手段，扮演着越来越重要的角色。近年来，非药物干预（NPI）在医疗保健界引起了广泛关注。 NPI不能再停留在一个专业学科来描述它们（心理治疗、手工治疗、膳食补充剂、适应性体育活动、电子健康解决方案等）。它需要获得更具体的描述水平，其中每个NPI都可以通过科学进行评估，由专业人员进行监测，并向患者解释。要做到这一点，需要一个基于科学发现的国际和进化分类。因此，为NPI开发本体至关重要。这一本体将促进书目研究、使用统计和确定良好做法。手动构建此本体是一个耗时且昂贵的过程。特别是，收集NPI术语的步骤比其他步骤需要更多的时间，因为在NPI的上下文中存在异构和大的资源自动或半自动方法对于支持NPI专家执行此任务至关重要。本体通常是复杂的，有很多类、属性和关系。这些问题不容易被领域专家理解因此，需要考虑为NPI专家提供本体的简单且友好的可视化。可视化不仅帮助NPI专家轻松地了解本体，而且还为NPI本体开发过程提供支持。V六在本文中，我们提出了应对上述挑战的方法。第一个贡献涉及NPI术语筛选的半自动过程。提出了两种基于知识和基于语料库的方法来检索候选NPI术语。提出并评价了一种新的NPI相似性度量第二个贡献是基于MindMap的本体可视化新方法这项工作提供了一个简单而友好的工具来可视化领域专家使用的本体。通过将本体组件转换为MindMap元素，提出了一种基于MindMap的本体可视化符号。然后实现了一个基于网络的工具，将OWL本体转换为FreeMind文档，这些文档可以通过现有的思维导图应用程序导入以进行可视化。RSM我的意思是，我的意思是 这是一个很大的问题，也是一个很大的问题。如果你不知道，你就不知道因此，当你在一个地方的时候，你就有了一个名字。他是一个很好的人，他是一个很好的人。这是一个很好的例子，也是一个很好的例子。我的意思是，我的意思是，我的意思是。这是一个很大的问题，也是一个很大的问题。DANSDO-MAINEEVELOPEMEN TUNE OO LDANN这是一个很大的问题，也是一个很大的问题。COOCA BULAIRE和AU T R E PT本体的手动构建确实 在pa r tic u ll ier中，由于词汇量很大，因此需要付出大量的努力和时间。因此，术语INM七viii我的意思是，我的意思是 你不知道，你不知道，你不知道。此外，在R中，在R中，在E中，在E中，在因此，我们有一个很好的理由来证明这一点，因为这是一个很好的理由来证明这一点。该工具将有两个目标，一方面可视化现有的本体，另一方面p r o p o ser d es mo d i fi a t i o n s r e l a t ru t r a t i o d t o l o g i e q u i d o t re m n etDescontributionsontropooesdntteth'esesurcesduxsujts （ con-structtiionduvoca bulaireetvisualiation）. Deuxapprochessontpeees用于施工，一个基于专家知识，另一个你是一个不确定的人，你是一个不确定的人，你是一个不确定的人。为了实现，我们的建议是基于这是一个很大的问题，也是一个很大的问题。 一个人在哪里，一个人在哪里。内容。图13列表表列表xvI初步11导言31.1背景31.2动机101.3目标和贡献131.4论文结构142 背景172.1符号学与元素172.2知识组织系统192.2.1分类202.2.2同义词库202.2.3本体212.3编码知识组织系统242.3.1资源描述框架（RDF）252.3.2资源描述框架架构（RDFS）26x2.3.3Web本体语言（OWL）27九2.3.4简单知识组织系统（SKOS）292.4可视化知识组织系统302.4.1思维导图302.4.2概念图31II NPI术语获取353 问题陈述374 相关作品394.1生物医学资源394.2自动术语提取414.3语义相似性度量424.3.1基于知识的相似性度量424.3.2基于语料库的相似性测量434.3.3混合相似性度量445 方法论475.1术语提取475.1.1利用知识库485.1.1.1从WordNet48中提取术语5.1.1.2从BioPortal中的本体中提取术语。495.1.2使用文本语料库515.2术语排名53内容XI5.2.1基于编辑的相似性度量565.2.2基于知识的相似性度量575.2.3分布相似性度量585.2.3.1单词的向量表示605.2.3.2计算两个单词之间的5.2.3.3多令牌术语的相似性665.3术语验证686 结果和评价696.1结果696.2评估737结论79III基于思维导图的本体可视化8 问题陈述839 相关作品859.1层次结构风格的可视化859.2图形风格可视化86xii10方法论9310.1 基于思维导图的视觉符号9310.2 将OWL转换为FreeMind XML9311 结果和评价9911.1 结果9911.2 评估10212 结论109第四章一般性结论和展望11113 结论11314 前景11514.1 NPI术语采购改进11514.1.1基于模式的语言学方法11514.1.2基于规则的后过滤步骤11614.2 术语链接11814.3 基于思维导图的本体编辑器118附录119基于非PhaTex Web的应用程序121B 检索NPI术语125参考书目137图列表1.1NPI分类71.2我们定制的UPON12中的工作流2.1参考三角形182.2分类学示例2.3"动物"同义词库示例2.4本体论"计算机"的一个例子2.5语义网的体系结构252.6RDF/XML语法282.7RDF/Turtle语法292.8由FreeMind32创建的NPI分类思维导图2.9Fig中思维导图的相应FreeMind文档2.8332.10 概念图示例343.1 NPI术语采购流程385.1WordNet48的结构5.2RDFS和OWL中的WordNet495.3从MeSH50中提取相关术语5.4从正文中525.5候选NPI术语和种子NPI术语簇十三表列表5.6NPI评分计算555.7基于最短路径的相似性测量（摘自[6]）595.8单词向量训练过程625.9CBOW和跳过革兰氏模型[50]655.10 NPI专家手动术语验证流程686.1用K-均值（k = 3）6.2实验结果736.3准确度（NPI评分阈值78）9.1OWLViz的普通医学科学本体可视化。879.2使用OntoGraf88可视化普通医学科学本体9.3SOVA89对普通医学本体的可视化9.4使用WebVOWL9111.1 使用Wine本体的RDF/XML语法的OWL文档的一部分11.2 FreeMind文档101的相应部分11.3 由FreeMind工具103可视化的思维导图11.4 使用Mindomo工具104可视化的思维导图11.5 由FreeMind工具105可视化的多色思维导图A.1非PhaTex主接口123十四图列表6.1种子术语列表。 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...706.2第一个群集中的种子项 . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...716.3第二个群集中的种子项。 . . . . . . . . . . . . . . . . ...726.4第三个聚类中的种子项。 . . . . . . . . . . . . . . . . . ...726.5使用ACS计算NPI评分的顶级候选术语 . . . . ...746.6使用UMBC计算NPI评分的顶级候选术语。 . . ...756.7使用平均向量计算NPI评分的热门候选词7610.1 本体元素的基于思维导图的视觉符号。. . . . ...9410.2 将本体论元素映射到FreeMind元素。... ... ... ... ... ... ...9511.1 OWL2MM和其他工具的可视化功能。 . . . ...10211.2 OWL2MM和其他工具的可用性。 . . . . . . . . . . . . ...10614.1 与NPI相关的UMLS语义类型 . . . . . . . . . . ...117B.1当前现有NPI术语列表。 . . . . . . . . . . . . . . . ...136十五表列表十六表列表第一部分预备课程1导言31.1背景31.2动机101.3目标和贡献131.4论文结构14