没有合适的资源?快使用搜索试试~ 我知道了~
会开放获取预览一个多人的模板T细胞受体基因座的生殖系免疫多态性Loren Gragert1,*1美国路易斯安那州新奥尔良杜兰大学医学院病理学和实验室医学系* 通讯地址:https://doi.org/10.1016/j.xgen.2022.100231lgragert@tulane.edu短读的下一代测序未能充分基因型的T细胞受体(TCR)基因座,限制了我们的能力来表征生殖系TCR变异的作用在本期的《细胞基因组学》杂志上,罗德里格斯等人(Rodriguez et al.1描述了基于探针的杂交捕获方法与长读段测序相结合如何从二倍体人基因组中解析完全定相的TCR基因座单倍型。就结构和等位基因变异而言,编码参与适应性免疫应答的蛋白质的遗传区域在人类基因组中具有最大的复杂性。T细胞受体(TCR)基因座包括200多个基因,每个区段类型具有串联排列的多个基因拷贝。在T细胞发育过程中,每个区段只有一个基因在重组期间在V-D和D-J区段个体间TCR库的变异性受遗传力和环境的影响。TCR宿主MHC基因型和个体在MHC结合沟内展示的2TCR基因型的生殖系多态性由于基因组中的等位基因变异和基因拷贝数变异,一些TCR序列对于个体或人群的子集此外,产生幼稚TCR库的基因使用的有利模式也可能受到种系多态性的影响。3TCR基因多态性在疾病中的功能相关性尚未得到很好的理解,这是由于新样本的DNA基因分型的局限性和人类基因组参考的缺陷。尽管TCR与其同源MHC-肽复合物的相互作用在某种程度上是简并的,但从早期TCR基因关联研究的结果来看,显然并非所有TCR库都具有功能等效性。TCR基因座的靶基因分型已鉴定出少数与疾病或对感染的免疫应答相关的等位基因,但此类遗传流行病学研究远不全面。迄今为止,最常用于高通量基因组测序的短读段测序方法尚未彻底表征TCR区域中的TCR区域尤其难以使用短DNA读段准确地进行基因分型,因为由于高序列相似性,每个读段通常将映射到多个TCR基因座。结构变异的检测也具有挑战性,因为短读段不能在相隔超过几百个碱基的杂合位置之间定相。长读序测序技术有望克服这两个限制,尽管在生产高通量测序方面存在一些技术挑战。质量序列。Rodriguez等人着手开发TCR基因组区域的长读序测序方法首先,他们设计了一组定制的寡核苷酸,靶向染色体22和7的TRA/D和TRB基因座区域的探针,用于杂交捕获长序列片段(4-6 kb)。在目标富集后,他们应用了Pacific Bioinformatics HiFi测序,该测序提供了高读取准确性。他们的方法先前已成功应用于编码抗体4的免疫球蛋白重链基因座,并且对于TCR基因座也是成功的。将这种测序方法应用于来自不同人群的两个家庭三人组和六个无关供体,他们发现大多数TRA/D和TRB基因可以分阶段进入单体型。所有类型的基因组变异,包括SNP、插入缺失和结构变异,都可以被准确地检测到。长读段测序方法在碱基调用中具有极高的准确性,并且在单倍型定相和覆盖率方面几乎没有限制。当有长时间的纯合性时,单倍型定相是不完整的在所有样品中,仅两个短区域具有覆盖缺口,这可能需要更高的测序深度或杂交探针组设计的改变来闭合缺口。研究人员将他们的结果与相同样本的短读测序进行了比较。短读段测序具有高的假阳性和假阴性SNP调用率,这可能是由于不能将短读段映射到正确的基因座。研究人员还在一个人类基因组参考组件中发现了一个错误的倒置,这表明了产生更准确的参考和替代组件的适用性。CellGenomics 2,100231,December 14,2022 <$2022作者。1这是CC BY许可下的开放获取文章(http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)。会开放访问预览免疫遗传学中的遗传流行病学研究得到精心策划的参考等位基因序列数据库和群体遗传数据集的支持。许多生殖系TCR基因座变体尚未通过DNA测序鉴定,而是仅通过在库分析中重组TCR转录本的RNA测序间接推断5Rodriguez等人的研究单独鉴定了66个新的等位基因,这些等位基因可能 有助 于ImmMunoGeneTics( IMGT)TR基因序列数据库,这表明在人类遗传多样性的覆盖范围内仍然存在重大差距。利用这种长读序测序方法建立的一个或多个实验室,可以将DNA样品送去进行基因分型,以确认新的等位基因和单倍型并填补这些空白。TCR基因座的等位基因和结构变体的大量增加将很快到来,类似于下一代测序大规模应用后描述的MHC等位基因的指数增加。6T细胞免疫学的工具箱最近得到了扩充,因为分配了更多的资源来研究宿主对SARS-CoV-2的免疫应答。随着用于克隆和表征针对某些MHC-肽复合物的TCR的高通量方法的改进,我们现在可以观察针对特定SARS-CoV-2肽的TCR基因使用的模式。7最后,这项工作对嵌合抗原受体T细胞免疫疗法具有影响,因为研究人员鉴定了多态性,这些多态性可能被证明对优化CAR-T构建体的功能很重要。进化人类遗传学是另一个将受益于TCR多样性的遗传多样性可以通过具有多个基因拷贝和通过每个相应基因座内的等位基因多态性来建立。在恒河猴中,已经有大量的重复MHC II类基因座,导致该物种的结构单倍型的多样性。8类似地,我们可以预期TCR基因的多样性可以在不同的物种中有不同的发展。我们仍然需要改进的统计学和信息学方法来开发完全能够识别高度可变基因组区域中的风险变体的遗传关联方法。TCR和免疫球蛋白基因区域可能是免疫介导疾病遗传性缺失的主要原因。9.需要具有互补技能的研究人员之间的科学合作来推动该领域的发展。抗体学会的适应性免疫受体库社区一直处于提高数据管理和分析标准以支持研究的前沿。10免疫多态性协会是一个新生的努力,其目标类似于将免疫遗传学研 究 人 员 从 各 个 子 学 科 聚 集 在 一 起( http://immunepolymorphismsociety.org/)。就像TCR系统的基因开发出一种合作形成强大免疫反应的方式一样,多样化的免疫遗传学研究社区也将走到一起,迎接新的挑战。申报利益提交人声明没有利益冲突。引用1. Rodriguez,O.L.,希尔弗,CA,Shields,K.,史密斯,M. L.,和Watson,C.T.(2022年)。靶向长读段测序促进人T细胞受体α、δ和β基因座的分相二倍体组装和基因分型。细胞基因组学2,100228。2. DeWitt,W. S.,史密斯,A.,Schoch,G.,汉森,J.A.,Matsen,F.A.,和Bradley,P.(2018年)。人类T细胞受体的出现模式编码免 疫 史、 遗 传 背 景 和受 体 特 异 性 . Elife7 ,e38358 。 https://doi.org/10.7554/elife.38358网站。3. Elhanati,Y.,Sethna,Z.,Callan,C.G.,Mora,T.,Walczak,A.M.(2018).用数据驱 动 的 重 组 模 型 预 测 TCR 库 共 享 谱 。Immunol.Rev.284,167-179.https://doi.org/10.1111/imr.12665.4. Rodriguez,O.L.,吉布森,W. S.,帕克斯,T.,埃默里,M.,鲍威尔,J.,Strahl,M.,Deikus,G.,奥克兰,K.,Eichler,E.E.,西弗吉尼亚州马拉斯科 等(2020年)。一个新的框架,用于表征人类免疫球蛋白重链基因座的 基 因 组 单 倍 型 多 样 性 前 面 Immunol.11 ,2136.https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.02136.5. Omer,A.,Peres,A.,Rodriguez,O.L.,华生CT Lees,W.,Polak,P.,柯林斯,上午,和Yaari,G.(2022年)。T细胞受体β生殖 细胞 变异 性通 过 从库 数据 推断 而 揭示 。GenomeMed.14,2.网址://doi.org/10.1186/s13073-021-01008-4。6. Robinson,J.,巴克,D.J.,Georgiou,X.,库 珀 , 硕 士 , Flicek , P. , Marsh , S.G.E.(2020年)。IPD-IMGT/HLA数据库。核酸研究所48,D948-D955。https://doi.org/10.1093/nar/gkz950.7. Mayer-Blackwell,K.,Schattgen,S.,科恩-拉维湖,克劳福德,JC,Souquette,A.,盖弗 特 , J.A. , Hertz , T. , 托 马 斯 , PG ,Bradley , P. , 和 Fiore-Gartland , A. ( 2021年)。用于用tcrdist 3发现生物标志物的TCRMeta克隆型使得能够鉴定SARS-CoV-2 TCR的 公 共 HLA 限 制 性 簇 。 Elife10 , e68605 。https://doi.org/10.7554/elife的网站。686058. Doxiadis,G.G.M. ,奥汀,N.,de Groot,N.G.,和Bontrop ,R.E.(2001年)的第10页。人类和恒河猴的差异进化MHC II类策略:与生物医学研究的相关性:差异进化MHC II类策略。Immunol.Rev.183,76-85.https://doi.org/10.1034/j.1600-065x 的 网 站 。2001.1830106.x。9. 柯 林 斯 , 上 午 , Yaari , G. , Shepherd ,A.J. , Lees , W., 和 Watson , C.T. ( 2020年)。生殖系免疫球蛋白基因:隐藏在普通视线 中 的 疾 病 易 感 基 因 ? Curr. Opin.System.Biol.24,100-108.https://doi.org/10.1016/j的网站。coisb.2020.10.011网站。10. Vander Heiden , J.A. , Marquez , S. ,Marthan-dan,N.,布哈里,南卡罗来纳州,Busse,C.E.,Corrie,B.,赫什伯格大学,Kleinstein , S.H. , Matsen , F.A. , IV ,Ralph,D.K.,等; AIRR社区(2018)。AIRR社 区 标 准 化 注 释 免 疫 库 的 代 表 。 前 面Immunol.9,2206. https://doi.org/10的网站。3389/fimmu.2018.02206。2细胞基因组学2,100231,2022
下载后可阅读完整内容,剩余1页未读,立即下载
cpongm
- 粉丝: 4
- 资源: 2万+
上传资源 快速赚钱
- 我的内容管理 收起
- 我的资源 快来上传第一个资源
- 我的收益 登录查看自己的收益
- 我的积分 登录查看自己的积分
- 我的C币 登录后查看C币余额
- 我的收藏
- 我的下载
- 下载帮助
会员权益专享
最新资源
- zigbee-cluster-library-specification
- JSBSim Reference Manual
- c++校园超市商品信息管理系统课程设计说明书(含源代码) (2).pdf
- 建筑供配电系统相关课件.pptx
- 企业管理规章制度及管理模式.doc
- vb打开摄像头.doc
- 云计算-可信计算中认证协议改进方案.pdf
- [详细完整版]单片机编程4.ppt
- c语言常用算法.pdf
- c++经典程序代码大全.pdf
- 单片机数字时钟资料.doc
- 11项目管理前沿1.0.pptx
- 基于ssm的“魅力”繁峙宣传网站的设计与实现论文.doc
- 智慧交通综合解决方案.pptx
- 建筑防潮设计-PowerPointPresentati.pptx
- SPC统计过程控制程序.pptx
资源上传下载、课程学习等过程中有任何疑问或建议,欢迎提出宝贵意见哦~我们会及时处理!
点击此处反馈
安全验证
文档复制为VIP权益,开通VIP直接复制
信息提交成功