可在www.sciencedirect.com在线获取理论计算机科学电子笔记293（2013）51-65www.elsevier.com/locate/entcs叙述语言与Bio-PEPAAnastasis Georgoulas1SynthSysMaria Luisa Guerriero2Sytems Biology Ireland，University College Dublin，Dublin，爱尔兰摘要我们提出了一个软件工具，用于从叙述语言（一种用于生物建模的半正式语言）到Bio-PEPA过程代数的模型的自动翻译。这为生物学家提供了一种简单的方法来描述系统，同时也让他们能够使用Bio-PEPA提供我们目前的翻译算法的细节，并将其集成到现有的软件，并讨论如何在这个想法可以进一步探讨。关键词：自动翻译，高级建模语言，进程代数，叙述语言，Bio-PEPA1引言近年来，使用形式化方法对生物系统的行为进行建模一直是一个热门的研究课题特别是，过程代数[6]已经成功地被证明是一种有用的形式主义，用于描述生物逻辑过程及其分析，使用诸如随机模拟[11]和模型检查[14]等已建立的技术数学形式主义，如过程代数，对于非专家来说并不是一种容易采用的建模语言，在这方面，它们与生物学中传统使用的文本和图形描述形成鲜明对比，后者通常是非正式的，模糊的，不适合自动操作，但直观且易于使用。1电子邮件：anastasis. ed.ac.uk2电子邮件：maria. ucd.ie1571-0661© 2013 Elsevier B. V.在CC BY-NC-ND许可下开放访问。doi：10.1016/j.entcs.2013.02.01852A. Georgoulas，M.L.Guerriero/Electronic Notes in Theoretical Computer Science 293（2013）51生物建模，特别是在系统生物学的背景下，正日益成为一个跨学科的领域，生物学家往往直接参与模型的开发。然而，由于形式化方法的复杂性，尽管它们具有吸引人的特性和分析能力，生物学家通常更喜欢继续以非正式的方式描述系统，并依赖数学家和计算机科学家将这些非正式描述转化为计算模型。不幸的是，这种翻译过程容易出现一些错误，包括对非正式陈述的误解。为了让不同背景的科学家能够有效地合作，并充分利用现有和新兴技术，他们需要一个共同的词汇和建模语言以及所有人都可以使用的工具。一个理想的建模平台应该是一个结合了湿实验室生物学家易于使用的界面和形式语言强大的分析能力的平台。这样的平台将向用户隐藏将生物学家的直观系统描述转换为正式计算模型的过程在本文中，我们提出了一个工具，用于将生物学的半形式化建模语言[12]转换为过程代数Bio-PEPA [7]。我们的工具是作为Bio-PEPA Eclipse插件的扩展实现的[5]，这是一个用于生物系统正式建模和分析的本文的其余部分结构如下：第2节给出了我们所介绍的翻译中涉及的两种建模语言的一些背景信息;第3节描述了翻译过程，而第4节包含了其应用的示例;第5节给出了工具的实现及其与现有软件的集成的细节;最后，第6节提出了进一步工作的想法。2背景在前一节中提出的想法是引入叙事语言（NL）背后的推理[13]。NL使用一种语法描述系统中可能发生的事件，这种语法虽然受到约束，但近似于自然语言描述。它还提供了生物化学术语的预定义词汇（如如[12]所示在最初的工作中，这种半形式化的描述被翻译成Beta-Binder进程代数[15]。因此，人们可以享受形式建模的好处，而不必用生物学家可能无法接近的语言来Bio-PEPA [7]是一种随机过程代数，旨在应用于生物化学系统。它采用了以试剂为中心的观点，其中每个生化物种被抽象为一个过程。然后通过过程之间的交互以模块化的方式虽然已经存在翻译到Beta-Binders，但翻译到Bio-A. Georgoulas，M.L.Guerriero/Electronic Notes in Theoretical Computer Science 293（2013）5153PEPA是值得的，原因有很多首先，拥有另一种目标语言是重新评估和扩展NL语法的动机（如下一节所述）。此外，新的翻译已被集成到现有的积极维护的软件平台，Bio-PEPA Eclipse插件，它为建模人员提供了许多有趣的模拟和分析方法。例如，可以对模型的不变量进行静态分析3翻译由于Beta-Binders和Bio-PEPA之间存在各种概念上的差异相反，它是以Bio-PEPA为目标语言设计的，并针对该形式主义的特定特征3.1输入语言事实上，NL的设计考虑到它将被翻译为Beta绑定器，从而增强了其原始语法和特征。由于我们的目标语言是不同的，我们借此机会引入了一些新的语言功能，扩展了NL的表达能力，这些功能不受Beta绑定器的支持Bio-PEPA的一个特点是它支持使用任意的动力学定律，而在Beta-Binders中（因此，在NL的初始版本中），只支持质量作用动力学在我们翻译的输入语言中，反应可以定义为以恒定速率或遵循质量作用、Michaelis-Menten或Hill动力学发生，并具有相应的参数集另一个变化是定义常数的能力，当预期有明确的数值时，可以在模型中使用这些常数，例如作为动力学参数或初始浓度。尽管这是一个微不足道的变化，但它大大简化了指定和修改模型的过程完整语言语法的描述可以在附录C中找到。3.2预处理在翻译本身开始之前，执行一系列检查以确定模型是否有效。这些主要包括例如，如果一个事件声明至少有两件事：A可以以活跃或不活跃的状态存在;以及A（潜在地）在隔间2中被发现。54A. Georgoulas，M.L.Guerriero/Electronic Notes in Theoretical Computer Science 293（2013）513.3该算法一般来说，NL遵循基于规则的建模风格，因此重点是对事件的描述。另一方面，Bio-PEPA是以试剂为中心的，构建块是物种的定义。 因此，我们的工作主要是处理每个NL事件，收集每个物种参与的反应及其在其中的作用现在我们将简要描述每个事件是如何处理的。确定参与的组件第一步是找到参与事件的组件，这可以通过两种方式发生：如果组件由于事件而经历了一些变化，则组件可以是受影响的，或者如果它促进了这种变化而不改变自己，则只是参与我们进行这种区分是为了区分一个物种在Bio-PEPA反应中的作用：被检测的组分对应于反应物和产物，而参与的组分对应于修饰剂（酶或抑制剂）。例如，考虑以下事件： 在这种双分子反应中，A发生变化（即变得活跃），因此是一种参与的组分，而B不发生任何变化，因此是一种参与的组分。获取组件NL和Bio-PEPA之间的关键区别在于，在NL中，组分与许多二元状态（例如（未）磷酸化、（未）活性）相关，而Bio-PEPA物质没有内部状态。这意味着具有n个状态的NL分量在翻译中可以对应于2n个Bio-PEPA种类。在实践中，这些变量的数量受到每个事件的条件的约束我们将用var（a，C）来表示满足条件集C的分量a的变体集。继续前面的例子，让我们假设B没有内部状态，而A有两个内部状态：它可以磷酸化或不磷酸化，也可以不激活。这意味着B只能有一个变量，也表示为B。 一罐 有四种变体，分别表示为A活性磷酸化、A活性非磷酸化、A非活性磷酸化和A非活性非磷酸化。然而，该事件对A施加了条件c1，这将适用的变体限制为两个;即，通常，我们具有该事件只能应用于集合var（A，{c1}）={A失活磷酸化，A失活未磷酸化}。添加反应参与组分的变体的每种组合可以引起不同的反应。设A ={ak}和I={i k}分别是a个包含分量和a个包含分量的集合。然后输出模型将包含每个反应的一个反应A. Georgoulas，M.L.Guerriero/Electronic Notes in Theoretical Computer Science 293（2013）5155R的元素，其中R={var（a，C）|a∈A}×{var（i，C）|i∈I}。每一个这样的反应的产物取决于所检测的变体和事件的类型（例如激活、结合等）。让产品种类由out（AJ，e）表示，其中e是事件的类型，并且AJ是被检测种类的变体的元组，即，AJ∈{var（a，C）|a∈A}。总之，对于R的每个元素，我们添加一个Bio-PEPA反应，其中反应物为AJ，活化剂为IJ（定义类似于AJ），产物为（AJ，e）。很明显，所得到的模型通常会有更多的物种和反应比NL组件和事件的数量，分别。对于单个事件，在最差情况下，参与组件的状态数量可能呈指数级增加这是Bio-PEPA的性质不可避免的结果，特别是如上所述，它缺乏物种的内部状态在 的 举例来说，那里 是 两 组合 之间 var（A，{c1}）和var（B，{c1}），所以R={（A失活磷酸化，B），（A失活未磷酸化，B）}。因此，该事件将转化为两个反应，r1和r2，每个反应对应一个组合。对于r1，AJ=A失活磷酸化，IJ=B而out（AJ，activation）={Aactive phosphorylated}。反应r2的定义也类似。翻译事件后，我们将为相关物种提供以下角色。A失活磷酸化=r1 ↓A活性磷酸化=r 1↑A非活性非磷酸化 =r 2↓A活性非磷酸化=r 2↑B=r 1 +r24模型尺寸示例及效果作为另一个简单的例子，我们考虑一个分子B，它有四个可以以任何顺序激活的激活位点。另一个分子A可以与B结合，而不管B的激活状态如何。NL中对该系统的描述包含两个组件和五个反应（四个激活和一个结合）。完整模型见附录A。56A. Georgoulas，M.L.Guerriero/Electronic Notes in Theoretical Computer Science 293（2013）51Fig. 1.翻译后的模型在Bio-PEPA插件中打开，并有一些分析结果。附录B包含翻译结果，图1显示了文件如Bio-PEPA插件中所示。结果模型有33个物种，48个反应，与原始的紧凑尺寸形成对比。这种增加大小是不能表达Bio-PEPA内部状态的结果：NL模型中的位置和状态的存在所保持的复杂性直接导致了转换期间的这种组合爆炸在最坏的情况下，对应于NL组分的Bio-PEPA物质的数量可以是组分位点数量的指数这个例子显示了在NL中开发模型并自动将其转换为Bio-PEPA比直接在Bio-PEPA中开发模型虽然模型复杂性的增加在翻译中是不可避免的，但是可以通过利用系统的结构来减轻其影响。例如，某些状态的组合可能被事件序列或初始状态隐含地禁止，因此我们可以通过可达性分析从最终模型中删除相应的物种此外，我们可以将具有相同行为的物种归为一类;例如，在上面的例子中，如果所有的激活位点都是不可区分的，我们可以将具有恰好一个活性位点的所有变体视为等同的，从而减少产生的物种的数量5实施和软件集成我们的翻译过程已经实现为Eclipse IDE [1]的现有Bio-PEPA插件[5]的扩展（代码可以在[3]中找到，并将包含在Bio-PEPA插件的下一个主要版本中）。具体来说，我们添加了一个新的菜单项，提示用户选择输入文件和输出位置，然后执行翻译。如果翻译完成A. Georgoulas，M.L.Guerriero/Electronic Notes in Theoretical Computer Science 293（2013）5157如果没有任何错误，用户可以选择在编辑器中打开新创建的Bio-PEPA文件，从那里他们可以使用任何标准Bio-PEPA文件可用的分析方法。如果在验证过程中发现错误，则采取的措施取决于其严重程度。如果翻译不能继续，例如，如果解析由于缺少基本元素而失败，则过程中止。然而，如果问题不太严重，用户可以选择继续，尽管结果文件可能不是全部有效该工具是用Java编写的，使用标准库中的包，但有两个例外。模型的解析使用Xtext [4]执行，Xtext是一种用于指定和处理特定领域语言的工具。为了使用Xtext，我们指定了以类似于EBNF的格式描述NL语法的规则。然后Xtext生成一个面向对象的语法模型，自动为每个定义的术语生成类，并提供根据语法解析文件的类。这大大简化了检索所描述的模型所需的底层工作。其次，图形界面是使用Eclipse API [2]为其各种元素构建的。6今后工作我们有兴趣继续这项工作，并认为在理论和实践层面都有进一步改进的余地。对于前者，我们计划探索翻译算法的可能优化，从而减少输出模型。这可以通过分析Bio-PEPA模型来完成，一旦它被生成，并使用现有的关于语言中的双相似性的理论结果，例如[10]，或者像对称检测[9]这样的方法。也可以为其他目标语言开发翻译，特别是基于规则的语言，如Kappa [8]。在实践方面，我们相信我们的工具将受益于图形界面，使NL更容易访问。 例如，一个想法是使用Xtext来实现叙事语言的文本编辑器，它可以集成到Bio-PEPA插件中。另一种选择是使用表单或类似电子表格的应用程序，提供一个更精细和用户友好的GUI来指定NL模型。这可以是独立的或插件的一部分。人们甚至可以完全隐藏Bio-PEPA模型：用户可以使用专门构建的GUI描述模型并选择分析方法，然后工具将在向用户呈现结果之前默默执行翻译并运行所需的分析。确认作者要感谢简·希尔斯顿、斯蒂芬·吉尔摩和艾伦·克拉克的帮助和建议。SynthSys（前身为58A. Georgoulas，M.L.Guerriero/Electronic Notes in Theoretical Computer Science 293（2013）51EPSRC，参考BB/D 019621/1。引用[1] Bio-PEPA，http://www.biopepa.org/。[2] Eclipse平台API规范，http://help.eclipse.org/helios/topic/org.eclipse.platform。doc.isv/reference/api/overview-summary.html。[3] GitHub，https://github.com/ageorgou/Bio-PEPA网站。[4] Xtext，http://www.eclipse.org/Xtext/。[5] Ciocchetta，F.，A. Duguid，S.吉尔摩，M。L. Guerriero和J. Hillston，生物PEPA工具套件，第六届系统定量评估国际会议，QEST309-310.[6] Ciocchetta，F.和J. Hillston，Process Algebras in Systems Biology，in：SFM265-312[7] Ciocchetta，F.和J. Hillston，Bio-PEPA：生物系统建模和分析的框架，理论计算机科学410（2009），pp.3065-3084[8] 达诺斯，五，J. Feret，W.丰塔纳河Harmer和J. Krivine，基于规则的细胞信号建模，在：CONCUR 2007 -并发理论，计算机科学讲义4703，Springer Berlin/Heidelberg，2007页。17比41[9] Donaldson ，A.和A. 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Quaglia ， Operational patterns in Beta-binders ， Transactions on ComputationalSystems Biology1（2005），pp. 50比65示例系统的NL模型常数（N，5）隔室（1，胞质溶胶，1.0，，3，）组件（1，A，bound：N，1：（100，100），（N，100），（0，0），（0，0））（2，B，，s1：活性：β;s2：活性：β;s3：活性：β;s4：活性：β，结合：β，1：（100，100），(10，100），（0，0），（0，0））反应（1，活化，（2，binding，“binding A-B”，（fMA（0.05），100），（1.0，100））叙述A. Georgoulas，M.L.Guerriero/Electronic Notes in Theoretical Computer Science 293（2013）5159过程（1，如果A和B结合，并且B.s1不活跃，则A在s1上激活B（2，如果A结合且B结合且B.s2无活性，则A在s2上激活B，“"，1，，）（3，如果A结合且B结合且B.s3无活性，则A在s3上激活B，“"，1，，）（4，如果A结合且B结合且B.s4无活性，则A在s4上激活B，“"，1，，）（5，如果A未结合且B未结合，B实例系统//Constants：N = 5;//用户名：定位胞浆：大小=1.0，类型=隔室;//动态速率定律：r11的动力学定律：fMA（0.05）; r1 2的动力学定律：fMA（0.05）; r1 3的动力学定律：fMA（0.05）; r1 4的动力学定律：fMA（0.05）; r1 5的动力学定律：fMA（0.05）; r1 6的动力学定律：fMA（0.05）; r1 7的动力学定律：fMA（0.05）; r1 8的动力学定律：fMA（0.05）; r1 9的动力学定律：fMA（0.05）; r1 10的动力学定律：fMA（0.05）; r1 11的动力学定律：fMA（0.05）; r1 12的动力学定律：fMA（0.05）; r1 13的动力学定律：fMA（0.05）; r1 14的动力学定律：fMA（0.05）; r115的动力学定律：fMA（0.05）;r1 16的动力学定律：fMA（0.05）;r1 17的动力学定律：fMA（0.05）;r1 18的动力学定律：fMA（0.05）;r1 19的动力学定律：fMA（0.05）;r1 20的动力学定律：fMA（0.05）;r1 21的动力学定律：fMA（0.05）;r1 22的动力学定律：fMA（0.05）;r1 23的动力学定律：fMA（0.05）;r1 24的动力学定律：fMA（0.05）;r1 25的动力学定律：fMA（0.05）;r1 26的动力学定律：fMA（0.05）;r1 27的动力学定律：fMA（0.05）;r1 28的动力学定律：fMA（0.05）;60A. Georgoulas，M.L.Guerriero/Electronic Notes in Theoretical Computer Science 293（2013）51第二十九章：fMA（0.05）; r1 30的动力学定律：fMA（0.05）; r131的动力学定律：fMA（0.05）;A. Georgoulas，M.L.Guerriero/Electronic Notes in Theoretical Computer Science 293（2013）5161r1 32的动力学定律：fMA（0.05）;r2 1的动力学定律：fMA（0.05）;r2 2的动力学定律：fMA（0.05）;r2 3的动力学定律：fMA（0.05）;r2 4的动力学定律：fMA（0.05）;r2 5的动力学定律：fMA（0.05）;r2 6的动力学定律：fMA（0.05）;r2 7的动力学定律：fMA（0.05）;r2 8的动力学定律：fMA（0.05）;r2 9的动力学定律：fMA（0.05）;r2 10的动力学定律：fMA（0.05）;r2 11的动力学定律：fMA（0.05）;r2 12的动力学定律：fMA（0.05）;r2 13的动力学定律：fMA（0.05）;r2 14的动力学定律：fMA（0.05）;r2 15的动力学定律：fMA（0.05）;r2 16的动力学定律：fMA（0.05）;//物种定义：B s1：不活动s2：不活动s3：活动s4：活动=r2 13 B s1：无活性s2：无活性s3：活性s4：活性@胞质溶胶;A：：B s1：active s2：inactive s3：active s4：inactive =r1 6>> + r1 10 + r1 20>> + r1 27 + r2 6>> A：：B s1：活性s2：非活性s3：活性s4：非活性@胞质溶胶;A =r2 1 A@胞质溶胶+r2 2 A@胞质溶胶+r2 3 A@胞质溶胶+r2 4 A@胞质溶胶+r2 5 A@胞质溶胶+ r2 6A@胞质溶胶+r2 7 A@胞质溶胶+r2 8 A@胞质溶胶+r2 9 A@胞质溶胶+r2 10 A@胞质溶胶+ r2 11 A@细胞质+ r2 12 A@细胞质+ r2 13 A@细胞质+ r2 14 A@细胞质+r2 15 A@胞质溶胶+ r2 16 A@胞质溶胶;B s1：不活动s2：不活动s3：不活动s4：不活动=r2 16 B s1：无活性s2：无活性s3：无活性s4：无活性@胞质溶胶;B s1：不活动s2：活动s3：不活动s4：不活动=r2 12 B s1：无活性s2：有活性s3：无活性s4：无活性@胞质溶胶;A：：B s1：active s2：active s3：inactive s4：active =r1 3>> + r1 11>> + r1 17 + r1 26>> + r2 3>> A：：B s1：活性s2：活性s3：非活性s4：活性@胞质溶胶;B s1：active s2：active s3：active s4：active =r2 1 B s1：活性s2：活性s3：活性s4：活性@胞质溶胶;B s1：不活动s2：活动s3：活动s4：活动=r2 9 B s1：无活性s2：活性s3：活性s4：活性@胞质溶胶;A：：B s1：inactive s2：active s3：inactive s4：inactive =r1 4 + r1 16>> + r1 22 + r1 30 + r2 12>> A：：B s1：非活性s2：活性s3：非活性s4：非活性@胞质溶胶;62A. Georgoulas，M.L.Guerriero/Electronic Notes in Theoretical Computer Science 293（2013）51A：：B s1：inactive s2：inactive s3：inactive s4：inactive =r1 8 + r1 16 + r1 24 + r1 32 + r2 16>> A：：B s1：非活性s2：非活性s3：非活性s4：非活性@胞质溶胶;A：：B s1：非活性s2：非活性s3：活性s4：活性=A. Georgoulas，M.L.Guerriero/Electronic Notes in Theoretical Computer Science 293（2013）5163r1 5 + r1 13 + r1 23>> + r1 31>> + r2 13>> A：：B s1：非活性s2：非活性s3：活性s4：活性@胞质溶胶;A：：B s1：active s2：inactive s3：inactive s4：active =r1 7>> + r1 11 + r1 19 + r1 28>> + r2 7>> A：：B s1：活性s2：非活性s3：非活性s4：活性@胞质溶胶;A：：B s1：active s2：inactive s3：inactive s4：inactive =r1 8>> + r1 12 + r1 20 + r1 28 + r2 8>> A：：B s1：活性s2：非活性s3：非活性s4：非活性@胞质溶胶;B s1：不活动s2：活动s3：不活动s4：活动=r2 11 B s1：非活性s2：活性s3：非活性s4：活性@胞质溶胶;B s1：active s2：inactive s3：active s4：inactive =r2 6 B s1：活性s2：非活性s3：活性s4：非活性@胞质溶胶;B s1：不活动s2：活动s3：活动s4：不活动=r2 10 B s1：无活性s2：活性s3：活性s4：无活性@胞质溶胶;A：：B s1：inactive s2：active s3：inactive s4：active =r1 3 + r1 15>> + r1 21 + r1 30>> + r2 11>> A：：B s1：非活性s2：活性s3：非活性s4：活性@胞质溶胶;A：：B s1：active s2：active s3：active s4：inactive =r1 2>> + r1 10>> + r1 18>> + r1 25 + r22 >> A：：B s1：活性s2：活性s3：活性s4：非活性@胞质溶胶;A：：B s1：inactive s2：active s3：active s4：active =r1 1 + r1 13>> + r1 21>> + r1 29>> + r2 9>> A：：B s1：非活性s2：活性s3：活性s4：活性@胞质溶胶;B s1：活动s2：活动s3：活动s4：活动=r2 7 B s1：活性s2：非活性s3：非活性s4：活性@胞质溶胶;A：：B s1：active s2：inactive s3：active s4：active =r1 5>> + r1 9 + r1 19>> + r1 27>> + r2 5>> A：：B s1：活性s2：非活性s3：活性s4：活性@胞质溶胶;A：：B s1：不活动s2：不活动s3：不活动s4：活动=r1 7 + r1 15 + r1 23 + r1 32>> + r2 15>> A：：B s1：无活性s2：无活性s3：无活性s4：有活性@胞质溶胶;A：：B s1：active s2：active s3：inactive s4：inactive =r1 4>> + r1 12>> + r1 18 + r1 26 + r2 4>> A：：B s1：活性s2：活性s3：非活性s4：非活性@胞质溶胶;B s1：active s2：active s3：active s4：inactive =r2 2 B s1：活性s2：活性s3：活性s4：非活性@胞质溶胶;B s1：active s2：inactive s3：inactive s4：inactive =r2 8 B s1：活性s2：非活性s3：非活性s4：非活性@胞质溶胶;B s1：活动s2：活动s3：活动s4：活动=r2 4 B s1：活性s2：活性s3：非活性s4：非活性@胞质溶胶;B s1：不活动s2：不活动s3：不活动s4：活动=r2 15 B s1：无活性s2：无活性s3：无活性s4：有活性@胞质溶胶;B s1：不活动s2：不活动s3：活动s4：不活动=r2 14 B s1：无活性s2：无活性s3：有活性s4：无活性@胞质溶胶;A：：B s1：active s2：active s3：active s4：active =r1 1>> + r1 9>> + r1 17>> + r1 25>> + r2 1>> A：：B s1：活性s2：活性s3：活性s4：活性@胞质溶胶;B s1：active s2：active s3：inactive s4：active =64A. Georgoulas，M.L.Guerriero/Electronic Notes in Theoretical Computer Science 293（2013）51r2 3 B s1：活性s2：活性s3：非活性s4：活性@胞质溶胶;A. Georgoulas，M.L.Guerriero/Electronic Notes in Theoretical Computer Science 293（2013）5165B s1：active s2：inactive s3：active s4：active =r2 5 B s1：活性s2：非活性s3：活性s4：活性@胞质溶胶;A：：B s1：inactive s2：inactive s3：active s4：inactive =r1 6 + r1 14 + r1 24>> + r1 31 + r2 14>> A：：B s1：非活性s2：非活性s3：活性s4：非活性@胞质溶胶;A：：B s1：inactive s2：active s3：active s4：inactive =r1 2 + r1 14>> + r1 22>> + r1 29 + r2 10>> A：：B s1：非活性s2：活性s3：活性s4：非活性@胞质溶胶;//模型组件：B sub：：=B s1：非活性s2：非活性s3：非活性s4：非活性@胞质溶胶[10]*>B s1：活性s2：活性s3：活性s4：活性@胞质溶胶[0]*>Bs1：活性s2：活性s3：活性s4：非活性@胞质溶胶[0]*> Bs1：活性s2：活性s3：非活性s4：活性@胞质溶胶[0]*>B s1：活性s2：活性s3：非活性s4：非活性@胞质溶胶[0]*>Bs1：活性s2：非活性s3：活性s4：活性@胞质溶胶[0]*> Bs1：活性s2：非活性s3：活性s4：非活性@胞质溶胶[0]*> Bs1：活性s2：非活性s3：非活性s4：活性@胞质溶胶[0]*>B s1：活性s2：非活性s3：非活性s4：非活性@胞质溶胶[0]*>B s1：非活性s2：活性s3：活性s4：活性@胞质溶胶[0]*>Bs1：非活性s2：活性s3：活性s4：非活性@胞质溶胶[0]*> Bs1：非活性s2：活性s3：非活性s4：活性@胞质溶胶[0]*>B s1：无活性s2：无活性s3：无活性s4：无活性@胞质溶胶[0]*>Bs1：无活性s2：无活性s3：无活性s4：无活性@胞质溶胶[0]*>B s1：无活性s2：无活性s3：无活性s4：无活性@胞质溶胶[0]*>Bs1：无活性s2：无活性s3：无活性s4：无活性@胞质溶胶[0];A sub：：= A@胞质溶胶[5];复合物子：：=A：：B s1：活性s2：非活性s3：活性s4：非活性@胞质溶胶[0]*>A：：B s1：活性s2：活性s3：非活性s4：活性@胞质溶胶[0]*>A：：B s1：非活性s2：活性s3：非活性s4：非活性@胞质溶胶[0]*>A：：B s1：无活性s2：无活性s3：无活性s4：无活性@cytosol[0]*>A：：B s1：无活性s2：无活性s3：无活性s4：无活性@cytosol[0]*> A：：B s1：有活性s2：无活性s3：无活性s4：无活性@ cytosol [0]*> A：：B s1：无活性s2：无活性s3：无活性s4：无活性@cytosol [0]*> A：：B s1：有活性s2：有活性s3：有活性s4：无活性@ cytosol [0] *>A：：B s1：有活性s2：有活性s3：有活性s4：无活性@cytosol[0] *>A：：B s1：非活性s2：活性s3：活性s4：活性@胞质溶胶[0]*>A：：B s1：活性s2：非活性s3：活性s4：活性@胞质溶胶[0]*>A：：B s1：非活性s2：非活性s3：非活性s4：活性@胞质溶胶66A. Georgoulas，M.L.Guerriero/Electronic Notes in Theoretical Computer Science 293（2013）51[0]*>A：：B s1：活性s2：活性s3：非活性s4：非活性@胞质溶胶[0]*> A：：B s1：活性s2：活性s3：活性s4：活性@胞质溶胶[0]*>A：：B s1：非活性s2：非活性s3：活性s4：非活性@胞质溶胶[0]*>A：：B s1：非活性s2：活性s3：活性s4：非活性@胞质溶胶[0]; B sub*> A sub *> 复合物subA. Georgoulas，M.L.Guerriero/Electronic Notes in Theoretical Computer Science 293（2013）5167C叙事语言语法模型：：=常数decldecldeclconstantsdecl分类目录目录：：=分类目录分类目录列表componsdeclreacts declprocsdecl常量列表|常量compartslist|分类目录分类目录componslist|电子元件电子元件列表电子元件reactslist|reactionprocslist|搜索proc搜索procs list搜索常数隔室名称：：=（隔室ID：，隔室名称：，隔室选择尺寸：，隔室选择单位：，隔室选择尺寸：）componentopt状态定义，反应类型：：=（反应类型：，反应速率：）处理过程：：=处理选择通知描述事件列表eventslist|事件event选择站点定义：：=|网站地图网站定义：：=网站定义|抗氧化剂网站定义：：=用户名状态用户名用户名是活动用户名opt状态def|美国国防部statedef| ⟨state def ⟩; ⟨states def ⟩state def选择分隔定义：：=|分类目录分隔定义：：=分隔定义| ⟨compart def ⟩; ⟨comparts def ⟩compartdef68A. Georgoulas，M.L.Guerriero/Electronic Notes in Theoretical Computer Science 293（2013）51初始数量A. Georgoulas，M.L.Guerriero/Electronic Notes in Theoretical Computer Science 293（2013）5169速率常数：：=速率常数|速率定律速率常数：：=（速率值，选择单位，选择可靠性）速率定律fMA：：=fMA（数量）|fMM（数量，数量）| f H （数量，数量，整数）formdescr|如果不符合条件，则不符合事件描述conds|第二个和第三个cond|names|names|用户名“"不在”“id”“中”“names|姓名联系我们|名|姓名名网站名称：|网站名称事件描述符：：=在多个位点上的络合物名称|复合物名称复合物名称|配合物名称：单分子对多中心点的|复合物名称单分子反应|将
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