如何安装并使用jbrowser来展示已经存储在mysql中的fasta文件

以下是在Linux系统上安装和使用jbrowser来展示已存储在MySQL中的fasta文件的步骤：

1. 安装jbrowser：

    git clone https://github.com/GMOD/jbrowse.git
    cd jbrowse
    git checkout dev 
    ./setup.sh

2. 安装必要的依赖项：

    sudo apt-get install build-essential zlib1g-dev libbz2-dev liblzma-dev libsqlite3-dev libssl-dev libcurl4-openssl-dev libxml2-dev libxslt1-dev python-dev libmysqlclient-dev

3. 创建Django项目并安装MySQL依赖项：

    django-admin startproject myproject
    cd myproject
    pip install mysqlclient

4. 在Django项目中创建一个app：

    python manage.py startapp myapp

5. 在Django项目的settings.py文件中添加mysql数据库连接信息：

    DATABASES = {
        'default': {
            'ENGINE': 'django.db.backends.mysql',
            'NAME': 'your_db_name',
            'USER': 'your_db_user',
            'PASSWORD': 'your_db_password',
            'HOST': 'localhost',
            'PORT': '3306',
        }
    }

6. 在myapp/models.py文件中创建一个新的模型来存储fasta文件的信息：

    from django.db import models

    class Fasta(models.Model):
        name = models.CharField(max_length=255)
        file_type = models.CharField(max_length=10)
        file_path = models.CharField(max_length=255)

7. 运行以下命令来创建数据库表：

    python manage.py makemigrations
    python manage.py migrate

8. 在myapp/views.py文件中创建一个新的视图来检索fasta文件的信息：

    from django.shortcuts import render
    from myapp.models import Fasta

    def fasta_view(request):
        fasta_files = Fasta.objects.filter(file_type='fasta')
        return render(request, 'fasta.html', {'fasta_files': fasta_files})

9. 在myapp/templates目录中创建一个名为“fasta.html”的模板文件：

    {% extends 'base.html' %}

    {% block content %}
    <h1>FASTA Files</h1>
    {% for file in fasta_files %}
    <div>
        <h3>{{ file.name }}</h3>
        <p>{{ file.file_path }}</p>
        <div id="jbrowse_{{ file.name }}"></div>
        <script>
            require(['jbrowse'], function(JBrowse) {
                new JBrowse({
                    containerID: 'jbrowse_{{ file.name }}',
                    url: '{{ file.file_path }}'
                });
            });
        </script>
    </div>
    {% endfor %}
    {% endblock %}

10. 在Django项目的urls.py文件中添加一个新的URL来处理fasta视图：

    from myapp.views import fasta_view

    urlpatterns = [
        path('fasta/', fasta_view, name='fasta'),
    ]

11. 在您的MySQL数据库中导入fasta文件，并将相应的信息添加到Fasta模型中。

12. 运行Django项目：

    python manage.py runserver

13. 在Web浏览器中访问http://127.0.0.1:8000/fasta/，您将看到已存储在MySQL数据库中的fasta文件以及它们在jbrowser中的展示。