如何在window安装并使用jbrowser来展示已经存储在mysql中的fasta文件

以下是在Windows系统上安装和使用jbrowser来展示已存储在MySQL中的fasta文件的步骤：

1. 安装jbrowser：

- 下载jbrowser的最新版本：https://github.com/GMOD/jbrowse/releases/latest
- 将下载的文件解压缩到您的计算机上。

2. 安装必要的依赖项：

- 下载并安装Python 3.x：https://www.python.org/downloads/
- 安装MySQL Connector/Python：https://dev.mysql.com/downloads/connector/python/
- 安装Django：在命令提示符下运行 `pip install django`

3. 创建Django项目并安装MySQL依赖项：

- 在命令提示符下，运行以下命令来创建一个Django项目：

        django-admin startproject myproject
        cd myproject

- 在命令提示符下，运行以下命令来安装MySQL依赖项：

        pip install mysqlclient

4. 在Django项目中创建一个app：

- 在命令提示符下，运行以下命令来创建一个app：

        python manage.py startapp myapp

5. 在Django项目的settings.py文件中添加mysql数据库连接信息：

- 将以下代码添加到`settings.py`文件中：

        DATABASES = {
            'default': {
                'ENGINE': 'django.db.backends.mysql',
                'NAME': 'your_db_name',
                'USER': 'your_db_user',
                'PASSWORD': 'your_db_password',
                'HOST': 'localhost',
                'PORT': '3306',
            }
        }

- 更改 `your_db_name`、`your_db_user` 和 `your_db_password` 为您的MySQL数据库的实际名称、用户名和密码。

6. 在myapp/models.py文件中创建一个新的模型来存储fasta文件的信息：

- 将以下代码添加到`myapp/models.py`文件中：

        from django.db import models

        class Fasta(models.Model):
            name = models.CharField(max_length=255)
            file_type = models.CharField(max_length=10)
            file_path = models.CharField(max_length=255)

7. 运行以下命令来创建数据库表：

- 在命令提示符下，运行以下命令来创建数据库表：

        python manage.py makemigrations
        python manage.py migrate

8. 在myapp/views.py文件中创建一个新的视图来检索fasta文件的信息：

- 将以下代码添加到`myapp/views.py`文件中：

        from django.shortcuts import render
        from myapp.models import Fasta

        def fasta_view(request):
            fasta_files = Fasta.objects.filter(file_type='fasta')
            return render(request, 'fasta.html', {'fasta_files': fasta_files})

9. 在myapp/templates目录中创建一个名为“fasta.html”的模板文件：

- 在myapp/templates目录中，创建一个名为“fasta.html”的HTML模板文件。
- 将以下代码添加到“fasta.html”文件中：

        {% extends 'base.html' %}

        {% block content %}
        <h1>FASTA Files</h1>
        {% for file in fasta_files %}
        <div>
            <h3>{{ file.name }}</h3>
            <p>{{ file.file_path }}</p>
            <div id="jbrowse_{{ file.name }}"></div>
            <script>
                require(['jbrowse'], function(JBrowse) {
                    new JBrowse({
                        containerID: 'jbrowse_{{ file.name }}',
                        url: '{{ file.file_path }}'
                    });
                });
            </script>
        </div>
        {% endfor %}
        {% endblock %}

10. 在Django项目的urls.py文件中添加一个新的URL来处理fasta视图：

- 将以下代码添加到`myproject/urls.py`文件中：

        from myapp.views import fasta_view

        urlpatterns = [
            path('fasta/', fasta_view, name='fasta'),
        ]

11. 在您的MySQL数据库中导入fasta文件，并将相应的信息添加到Fasta模型中。

12. 运行Django项目：

- 在命令提示符下，运行以下命令来运行Django项目：

        python manage.py runserver

13. 在Web浏览器中访问http://127.0.0.1:8000/fasta/，您将看到已存储在MySQL数据库中的fasta文件以及它们在jbrowser中的展示。