ubuntu 安装amber 报错make: *** 没有规则可制作目标“install”。 停止。
时间: 2023-12-02 21:02:42 浏览: 57
这个错误提示是因为执行了`make install`命令,但是在Makefile文件中并没有定义install规则,因此无法执行安装操作。
首先需要确保你已经按照官方文档的要求安装了必要的依赖库,并且已经成功编译了Amber。
然后,你需要检查Makefile文件是否正确配置了安装规则。可以通过下面的命令查看Makefile文件:
```
$ cat Makefile
```
如果Makefile文件中确实没有定义install规则,你可以手动添加。在Makefile文件中添加如下内容:
```
install:
cp -r bin /usr/local/amber18/
cp -r lib /usr/local/amber18/
cp -r include /usr/local/amber18/
cp -r AmberTools /usr/local/amber18/
```
这个规则将会把编译好的文件拷贝到/usr/local/amber18/目录下,你可以根据自己的需要修改安装目录。
最后,保存Makefile文件,重新执行make install命令即可完成安装。
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ubuntu 安装 amber
Ubuntu 是一种基于 Debian 的开放源代码操作系统,因此安装 AMBER 在 Ubuntu 上是相对比较简单的。首先,我们需要确保系统已经安装了必备的软件和依赖库,比如 gcc、gfortran、libnetcdf-dev 等。接着,我们可以从 AMBER 官方网站上下载最新的 AMBER 软件包,并按照指南进行安装。
在安装过程中,需要先解压软件包并按照 README 文件中的指引进行配置和编译。一般情况下,我们需要在终端里使用一系列的命令来完成这些步骤,比如 ./configure、make 和 make install。在完成这些步骤后,我们就可以通过终端里输入 amber --version 来验证软件是否成功安装。
值得注意的是,安装 AMBER 过程中可能会遇到一些依赖库缺失或版本不匹配的问题,这时需要仔细阅读报错信息并逐一解决。另外,如果需要在集群上安装 AMBER,可能还需要配置环境变量和并行运算选项,以便充分发挥集群的性能。
总的来说,Ubuntu 上安装 AMBER 相对来说是一件相对简单的事情,只要按照官方指南和报错信息逐一解决问题,很快就能顺利完成安装并开始使用 AMBER 进行分子动力学模拟。
ubuntu安装pdb4amber
要在Ubuntu上安装pdb4amber,您可以按照以下步骤进行操作:
1. 首先,确保您的系统已经安装了Python和pip。您可以使用以下命令来检查它们是否已经安装:
```
python --version
pip --version
```
2. 如果您的系统没有安装pip,请使用以下命令进行安装:
```
sudo apt update
sudo apt install python3-pip
```
3. 安装pdb4amber的依赖项。运行以下命令:
```
sudo apt install cython libhdf5-dev libnetcdf-dev libopenmpi-dev fftw3-dev libblas-dev liblapack-dev gfortran
```
4. 接下来,使用pip安装pdb4amber。运行以下命令:
```
pip install pdb4amber
```
这将下载并安装pdb4amber及其依赖项。
请注意,安装过程可能需要一些时间,并且可能需要管理员权限(使用`sudo`)。如果您遇到任何问题,请尝试在安装命令前加上`sudo`,或者检查错误消息以获取更多详细信息。