请用rms包绘制一个校准曲线
时间: 2023-10-16 15:18:19 浏览: 117
可以使用`rms`包中的`calibrate()`函数来绘制校准曲线。下面是一个简单的示例代码:
```{r}
library(rms)
# 假设你已经定义了一个二分类模型,名为"my_model"
# 假设你已经定义了训练集和测试集数据,分别为"train_data"和"test_data"
# 假设你已经使用模型对测试集数据进行了预测,得到了预测结果"pred_probs"
# 使用模型对训练集数据进行预测,并获得预测结果"train_pred_probs"
train_pred_probs <- predict(my_model, train_data, type = "prob")[, 2]
# 使用calibrate()函数绘制校准曲线
calibrate(train_pred_probs, train_data$Y, method = "boot", B = 200)
# 使用模型对测试集数据进行预测,并获得预测结果"test_pred_probs"
test_pred_probs <- predict(my_model, test_data, type = "prob")[, 2]
# 在校准曲线上添加测试集数据的校准点
points.calibration(test_pred_probs, test_data$Y, pch = 16, col = "red")
```
这段代码中,我们首先使用`predict()`函数对训练集数据进行预测,并获得预测结果"train_pred_probs"。然后使用`calibrate()`函数绘制校准曲线。接着使用`predict()`函数对测试集数据进行预测,并获得预测结果"test_pred_probs"。最后,在校准曲线上添加测试集数据的校准点。
需要注意的是,`calibrate()`函数中的第二个参数应该是实际观测结果,而不是因子变量。在上面的代码中,我们假设因变量是二分类问题,因此使用了"train_data$Y"和"test_data$Y"来获取实际观测结果。如果因变量是其他类型的问题,需要相应地修改代码来获取实际观测结果。
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