建立一个xgboost模型,然后用rms包进行校准曲线绘制,R语言代码实现
时间: 2024-02-01 07:03:23 浏览: 142
好的,下面是一个基于RMS包的xgboost模型校准曲线绘制的示例代码:
```
library(xgboost)
library(survival)
library(rms)
# 导入数据
data(pbc)
# 将数据转换为xgboost格式
dtrain <- xgb.DMatrix(data.matrix(pbc[,-1]), label=pbc$status)
# 训练xgboost模型
set.seed(123)
param <- list(max_depth=3, eta=0.1, objective="survival:cox", eval_metric="cox-nloglik")
bst <- xgb.train(params=param, data=dtrain, nrounds=100)
# 将xgboost模型转换为生存模型
importance <- xgb.importance(colnames(pbc)[-1], model=bst)
survfit <- xgb.to.survival(data.matrix(pbc[,-1]), bst, importance)
# 计算预测值并转换为rms格式
xgbpred <- predict(bst, data.matrix(pbc[,-1]))
rmspred <- xgbpred2rms(xgbpred)
# 绘制校准曲线
calibrate(Surv(time, status) ~ rmpred, data=survfit, method="boot", B=100, curve=TRUE)
```
在这个示例中,我们首先使用`xgb.DMatrix()`函数将数据转换为xgboost格式,然后使用`xgb.train()`函数训练xgboost模型。接着,我们将xgboost模型转换为生存模型,并计算预测值。最后,我们使用`calibrate()`函数绘制校准曲线。
需要注意的是,这个示例中省略了一些必要的步骤,例如数据预处理、特征选择和模型调参等。在实际应用中,需要根据数据和问题的特点进行相应的处理和调整。
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