Rscript '/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis/表达定量/run-featurecounts.R' -b '/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis/表达定量/parv1.sorted.bam' -g '/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis/表达定量/genomic.gtf' -o parv1 WARNING: unknown gui '/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis/表达定量/genomic.gtf', using X11 Error in library(argparser, quietly = TRUE) : there is no package called ‘argparser’ Execution halted
时间: 2023-07-08 09:53:50 浏览: 62
这个错误发生在尝试加载argparser包时,因为您的R环境中没有安装argparser包。您需要先安装这个包才能使用它。
您可以使用以下代码安装argparser包:
```R
install.packages("argparser")
```
如果这个命令无法正常运行,您可能需要先设置R的镜像源,例如:
```R
options(repos="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
```
或者您可以使用其他镜像源。然后再次运行`install.packages("argparser")`来安装argparser包。
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hisat2 -x '/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis' -U '/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis/SRR9429962.fasta.gz' -S out.sam Warning: Invalid file format (ERR): "/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis" does not exist Exiting now ...
根据你提供的命令和错误信息,我猜测你可能是在运行 HISAT2 的 RNAseq 数据分析流程。出现这个错误的原因可能是 `/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis` 这个路径不存在。请检查该路径是否正确,并且确保你有读取该路径下文件的权限。此外,也要确保你已经正确安装了 HISAT2 软件。
hisat2 -p 2 -x '/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis/genomic.fasta.fna' -U '/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis/SRR9429962.fasta.gz' -S hisat2_outdir.sam Warning: Invalid file format (ERR): "/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis/genomic.fasta.fna" does not exist Exi
这个错误提示表明 HISAT2 在指定的路径下找不到参考基因组文件 '/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis/genomic.fasta.fna'。请检查文件路径是否正确,以及文件是否存在于指定的目录中。如果文件确实存在,请检查文件名拼写是否正确。如果文件不存在,请下载参考基因组文件并将其放入指定目录中。