GWAS CATALOG 下载的tsv.gz数据,解压后列名包含以下几个:name,chromosome,base pair laction,other allele,哪一列或者哪几列可以组成所需要的SNP数据后
时间: 2024-03-12 16:45:33 浏览: 39
GWAS Catalog 下载的 TSV.GZ 文件是经过压缩的文本文件,您需要先解压缩这个文件才能够读取其中的内容。解压缩后的文件是以 TSV 或者 CSV 格式存储的文本文件,您可以使用 R 中的 `read.table()` 或者 `read.csv()` 函数来读取这个文件。
在读取文件后,您可以使用以下方法来寻找包含 SNP 信息的列:
1. 检查文件的列名。您可以使用 `colnames()` 函数来查看文件的列名。例如:
```
colnames(data)
```
这里的 `data` 是您读取的数据,可以是一个 data frame 或者一个 tibble 对象。
2. 查找包含 SNP 信息的列。您可以使用 `grep()` 函数来查找包含 SNP 信息的列。例如:
```
snp_col <- grep("name|chromosome|base pair location|other allele", colnames(data), ignore.case = TRUE)
```
这里的 `snp_col` 是一个包含 SNP 信息的列的索引向量。如果您的文件中包含多个 SNP 列,这个向量可能会包含多个索引。
3. 提取 SNP 信息。如果您已经确定了包含 SNP 信息的列的索引,您可以使用以下方法来提取 SNP 信息:
```
snps <- data[, snp_col]
```
这里的 `snps` 是一个包含 SNP 信息的子集,可以是一个 data frame 或者一个向量。
希望这些方法可以帮助您找到 SNP 信息。请注意,不同的 GWAS Catalog 数据版本可能具有不同的列名,因此您需要根据实际情况来查找 SNP 信息的列。
相关推荐
![docx](https://img-home.csdnimg.cn/images/20210720083331.png)
![zip](https://img-home.csdnimg.cn/images/20210720083736.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)