snp150_hg38.txt.gz

snp150_hg38.txt.gz是一个压缩文件，其中包含了关于人类基因组的单核苷酸多态性（SNP）数据。该文件包含了对人类基因组中不同位置上的SNP进行了鉴定和注释的信息，使用hg38人类基因组版本的坐标。这些数据对于研究人类遗传变异和相关疾病具有重要意义。

在snp150_hg38.txt.gz文件中，可以找到每个SNP的位置、等位基因、频率、功能注释等信息。通过分析这些数据，可以了解人类基因组中不同区域的遗传多样性和突变情况，有助于研究者深入了解基因与表型之间的关联，以及不同个体之间的遗传差异。

研究人员可以使用这些数据来进行基因组关联研究（GWAS）、寻找疾病相关的遗传变异、进行个体基因组学分析等。同时，这些数据也对于精准医学和个性化医疗具有重要价值，可以帮助医生根据患者的基因型制定更有效的治疗方案。

总之，snp150_hg38.txt.gz文件中包含的SNP数据对于了解人类遗传变异和相关疾病具有重要意义，为遗传学研究和临床实践提供了重要的数据支持。

相关问题

上述仍然报错shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output hwe_pashing.phased --output-map /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/hapmap_3.3.hg38.vcf.gz --output-log hwe_pashing.log --thread 8 Phaser mode : option '--output' is ambiguous and matches '--output-from', '--output-graph', '--output-log', '--output-max', and '--output-to'

看起来问题出在"--output-map"选项上。根据报错信息，该选项的值应该是一个文件名，但你提供的是一个VCF文件的路径。建议你指定一个文件名来作为输出的marker信息文件。比如，你可以使用"--output-map hwe_pashing.map"选项来指定输出文件名。请尝试以下命令：

shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output hwe_pashing.phased --output-map hwe_pashing.map --output-log hwe_pashing.log --thread 8

其中，"--output-map"选项指定输出的marker信息文件名。请根据你的实际需求进行相应的修改。

data_dir='/public/work/Personal/wuxu/qiantao_17' for file1 in ${data_dir}/*.fasta; do for file2 in ${data_dir}/*.fasta; do if [ "$file1" != "$file2" ]; then touch snp_indel.end.sh && cat snp_indel.end.sh && \ export PATH=/public/work/Personal/pangshuai/software/conda/miniconda3/bin/:${PATH} && \ nucmer --mum -t 8 -g 1000 -p ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer $file1 $file2 && \ delta-filter -1 -l 200 ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta > ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter && \ dnadiff -d ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter -p ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer && \ show-coords -rcloT ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter > ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.coords && \ show-coords -THrd ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter > ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.syri.coords && \ show-snps -ClrTH ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter > ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp && \ show-diff ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter > ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.inv && \ perl /public/work/Pipline/Structural_Variation/pipeline/2.1.1/bin/filter_the_MUmmer_SNP_file.pl ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp.SNPs ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp.Insertions ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp.Deletions 10000000 && \ touch snp_indel.end.tmp && \ mv snp_indel.end.tmp snp_indel.end && \ sleep 10 fi done done ,增加一个判断，使/public/work/Personal/wuxu/qiantao_17路径下以.fasta结尾的文件两两一组不分前后只组合一次，然后再执行touch 后面的代码

好的，您可以将原始代码修改为以下内容：

data_dir='/public/work/Personal/wuxu/qiantao_17'
files=( "${data_dir}"/*.fasta )
for (( i=0; i<${#files[@]}-1; i++ )); do
    for (( j=i+1; j<${#files[@]}; j++ )); do
        file1=${files[i]}
        file2=${files[j]}
        touch snp_indel.end.sh && cat snp_indel.end.sh && \
        export PATH=/public/work/Personal/pangshuai/software/conda/miniconda3/bin/:${PATH} && \
        if [ "$file1" != "$file2" ]; then
            nucmer --mum -t 8 -g 1000 -p ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer $file1 $file2 && \
            delta-filter -1 -l 200 ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta > ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter && \
            dnadiff -d ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter -p ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer && \
            show-coords -rcloT ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter > ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.coords && \
            show-coords -THrd ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter > ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.syri.coords && \
            show-snps -ClrTH ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter > ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp && \
            show-diff ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter > ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.inv && \
            perl /public/work/Pipline/Structural_Variation/pipeline/2.1.1/bin/filter_the_MUmmer_SNP_file.pl ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp.SNPs ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp.Insertions ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp.Deletions 10000000 && \
            touch snp_indel.end.tmp && \
            mv snp_indel.end.tmp snp_indel.end && \
            sleep 10
        fi
    done
done

这里使用了一个数组 `files` 存储了所有以 `.fasta` 结尾的文件路径，然后使用两个 `for` 循环对其进行两两组合，并且加上了判断条件，使得每个文件只会和其他文件组合一次。