Error in model.matrix(~factor(snp_data$variety) + 0) %*% t(model.matrix(~factor(snp_data$snp) + : non-conformable arguments

这个错误通常是由于两个矩阵的维度不匹配造成的。可能是因为`snp_data`数据框中的数据格式不正确或者数据不完整导致的。请检查以下几个方面：

1. 确认`snp_data`数据框中是否有缺失值。可以使用`sum(is.na(snp_data))`函数检查是否有缺失值。
2. 确认`snp_data`数据框中的品种名称和snp数据是否正确，是否存在拼写错误。可以使用`unique(snp_data$variety)`和`unique(snp_data$snp)`函数检查品种名称和snp数据的唯一值。
3. 确认`snp_data`数据框中的snp数据是否为数值型。可以使用`class(snp_data$snp)`函数检查snp数据的类型是否为数值型。

如果以上检查都没有问题，可以尝试重新运行代码，或者使用`dplyr`包中的`complete.cases()`函数删除缺失值，然后再进行独热编码。例如：

library(dplyr)

# 删除缺失值
snp_data <- snp_data %>% filter(complete.cases(.))

# 进行独热编码
snp_encoded <- model.matrix(~ factor(snp_data$variety) + 0) %*% t(model.matrix(~ factor(snp_data$snp) + 0))