abcclumped<-read_exposure_data(filename = 'ABC.csv', + snp_col = "SNP", + beta_col = "beta", + se_col = "se", + effect_allele_col = "effect_allele", + other_allele_col = "other_allele", + eaf_col = "eaf", + clump = TRUE) Error in data.table::fread(filename, header = TRUE, sep = sep) : 单列输入包含了不合法的引用。自我修正只有在列数大于1(ncol>1)时才有效
时间: 2024-02-10 09:16:57 浏览: 350
snpe-1.13.0.zip_ffmpeg-php-5.4_ffmpeg.dll_libSNPE_snp_snpe
这个错误可能是由于`ABC.csv`文件中存在格式问题,导致`read_exposure_data`函数无法正确读取数据。具体来说,可能是某一行数据中存在未闭合的引号或其他格式错误,导致读取过程出现问题。
为了解决这个问题,您可以尝试使用文本编辑器打开`ABC.csv`文件,检查其中的数据是否符合预期格式。如果出现格式问题,您可以手动更正文件中的数据,或者使用R中的相关函数进行预处理,例如使用`gsub`函数删除不需要的字符或进行替换。可以尝试使用以下命令对`ABC.csv`文件进行预处理:
```
abc <- readLines("ABC.csv")
abc <- gsub('"', '', abc)
writeLines(abc, "ABC_processed.csv")
```
这个命令将读取`ABC.csv`文件中的文本数据,并使用`gsub`函数删除其中的双引号。然后,使用`writeLines`函数将处理后的数据保存到`ABC_processed.csv`文件中。最后,您可以使用`read_exposure_data`函数读取`ABC_processed.csv`文件,以避免出现格式问题。
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