a<-fread('finngen_R9_I9_AF') abc<-subset(a,pval<5e-08) write.csv(abc,'ABC.csv') ABCC<-read.csv('ABC.CSV') abcclumped<-read_exposure_data((filename = ABCC, snp_col = "SNP", beta_col = "beta", se_col = "se", effect_allele_col = "effect_allele", other_allele_col = "other_allele", eaf_col = "eaf", clump = TRUE))
时间: 2024-02-10 20:16:58 浏览: 141
my_wc.rar_c实现wc命令_linux wc_linux wc -l
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这段代码的功能是读取名为`finngen_R9_I9_AF`的文件,将其中`pval`小于5e-08的数据子集保存到`ABC.csv`文件中,然后读取`ABC.csv`文件,并将其中的数据进行染色体聚类分析(clump)。
其中,`fread`函数用于读取文件,将其存储为数据框架`a`。`subset`函数用于从`a`中筛选出`pval`小于5e-08的数据,将其存储为数据框架`abc`。`write.csv`函数用于将`abc`保存为`ABC.csv`文件。
接下来,`read.csv`函数用于读取`ABC.csv`文件,将其存储为数据框架`ABCC`。最后,`read_exposure_data`函数用于对`ABCC`进行染色体聚类分析,并将结果存储为数据框架`abcclumped`。其中,`filename`参数指定数据框架的名称,`snp_col`、`beta_col`、`se_col`、`effect_allele_col`、`other_allele_col`和`eaf_col`参数指定不同列的名称,`clump`参数指定进行染色体聚类分析。
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