a<-fread('finngen_R9_I9_AF') abc<-subset(a,pval<5e-08) write.csv(abc,'ABC.csv') ABCC<-read.csv('ABC.CSV') abcclumped<-read_exposure_data((filename = ABCC, snp_col = "SNP", beta_col = "beta", se_col = "se", effect_allele_col = "effect_allele", other_allele_col = "other_allele", eaf_col = "eaf", clump = TRUE))
时间: 2024-02-10 09:16:58 浏览: 31
这段代码的功能是读取名为`finngen_R9_I9_AF`的文件,将其中`pval`小于5e-08的数据子集保存到`ABC.csv`文件中,然后读取`ABC.csv`文件,并将其中的数据进行染色体聚类分析(clump)。
其中,`fread`函数用于读取文件,将其存储为数据框架`a`。`subset`函数用于从`a`中筛选出`pval`小于5e-08的数据,将其存储为数据框架`abc`。`write.csv`函数用于将`abc`保存为`ABC.csv`文件。
接下来,`read.csv`函数用于读取`ABC.csv`文件,将其存储为数据框架`ABCC`。最后,`read_exposure_data`函数用于对`ABCC`进行染色体聚类分析,并将结果存储为数据框架`abcclumped`。其中,`filename`参数指定数据框架的名称,`snp_col`、`beta_col`、`se_col`、`effect_allele_col`、`other_allele_col`和`eaf_col`参数指定不同列的名称,`clump`参数指定进行染色体聚类分析。
相关问题
> data <- fread("/Users/imac/Desktop/summary_process/output_summary15.csv") > library(data.table) > setwd("/Users/imac/Desktop/summary_process") > data <- fread("output_summary15.csv") > cols <- c(4, 5, 25, 17, 26, 10) > selected_data <- data[, cols] Error in `[.data.table`(data, , cols) : j (the 2nd argument inside [...]) is a single symbol but column name 'cols' is not found. Perhaps you intended DT[, ..cols]. This difference to data.frame is deliberate and explained in FAQ 1.1.
这个错误是因为在`data[, cols]`中,`cols`被解释为一个列名,而不是列的索引。可以使用`..cols`来解决这个问题,因为`..`告诉`data.table`使用变量的值而不是变量名。
以下是修改后的代码:
```R
library(data.table)
# 设置工作目录
setwd("/Users/imac/Desktop/summary_process")
# 读取csv文件
data <- fread("output_summary15.csv")
# 选择需要的列
cols <- c(4, 5, 25, 17, 26, 10)
selected_data <- data[, ..cols]
# 将列粘在一起
text <- apply(selected_data, 1, function(x) {
paste(x[1], x[2], "blastx", x[3], x[4], "blastn", x[5], x[6], sep = "::")
})
# 使用gsub函数将空格替换为.
text <- gsub(" ", ".", text)
# 将文本转化为数据框
new_data <- data.frame(text)
# 写入新文件
write.csv(new_data, "new_file.csv", row.names = FALSE)
```
请注意,我只是修改了第5和第8行的代码,以便正确选择列。
> genes <- fread("genes.tsv") > barcodes <- fread("barcodes.tsv") > mtx <- readMM("matrix.mtx") > mat <- as.matrix(mtx) > df <- as.data.table(mat) > setnames(df, colnames(df), barcodes$V1) Error in setnames(df, colnames(df), barcodes$V1) : 'new' 既不是特征向量也不是 function有什么错误
这个错误是因为你使用了 `setnames` 函数,它的第三个参数应该是一个字符向量,表示你想要修改的列名。但是你传递了一个单个的变量 `barcodes$V1`,这显然不是一个字符向量。
你可以尝试将 `barcodes$V1` 转换为字符向量,例如:
```
setnames(df, colnames(df), as.character(barcodes$V1))
```
这应该可以解决你遇到的错误。