data <- Replace(data, " ", ".", cols = colnames(data)) Error in Replace(data, " ", ".", cols = colnames(data)) : unused argument (cols = colnames(data))

非常抱歉，我的错误。`Replace()`函数不支持`cols`参数，因此需要使用另一种方法来替换所有列中的空格。以下是更新的代码：

library(data.table)
library(stringr)
library(do)

# 设置工作目录
setwd("/Users/imac/Desktop/summary_process")

# 读取csv文件
data <- fread("output_summary15.csv")

# 选择需要的列
cols <- c(4, 5, 25, 17, 26, 10)
selected_data <- data[, cols, with=FALSE]

# 将列粘在一起
text <- apply(selected_data, 1, function(x) {
  paste(x[1], x[2], "blastx", x[3], x[4], "blastn", x[5], x[6], sep = "::")
})

# 添加新列
data$new_col <- text

# 替换所有空格
for (col in colnames(data)) {
  if (is.character(data[[col]])) {
    data[[col]] <- str_replace_all(data[[col]], " ", ".")
  }
}

# 将N/A替换为NA
data[data == "N/A"] <- NA

# 输出新文件
fwrite(data, "output_summary15_new.csv")

这里使用了`str_replace_all()`来替换所有列中的空格，并使用`for`循环遍历所有列。`data[data == "N/A"] <- NA`用于将N/A替换为NA。