注释test2 <- as.data.frame(test[, cols]) colnames(test2) <- colnames(learn2[-ncol(learn2)]) test_predict <- as.vector(predict(z, test2)$x) test_predict <- rev * test_predict poly_func <- get_fisher_poly_func(a, cnames, b) Y <- learn[, ncol(learn)] mroc <- roc(Y, model_predict, plot = F, main = main, direction = "<", levels = c(0L, 1L) ) auc <- as.numeric(split(mroc$auc, "curve: ")[1]) thre_opt <- coords(mroc, "best", ret = c("threshold"), transpose = TRUE)[1] coords <- coords(mroc, thre_opt, "threshold", ret = c( "sensitivity", "specificity", "accuracy", "ppv", "npv" ), transpose = TRUE ) model_sens <- format(coords[1], digits = 4) model_spec <- format(coords[2], digits = 4) model_accu <- format(coords[3], digits = 4) model_ppv <- format(coords[4], digits = 4) model_npv <- format(coords[5], digits = 4) model_auc <- format(auc, digits = 4) Y <- test[, ncol(test)] mroc <- roc(Y, test_predict, plot = F, main = main, direction = "<", levels = c(0L, 1L) ) auc <- as.numeric(split(mroc$auc, "curve: ")[1]) coords <- coords(mroc, thre_opt, "threshold", ret = c( "sensitivity", "specificity", "accuracy", "ppv", "npv" ), transpose = TRUE )
时间: 2024-01-11 20:04:52 浏览: 29
这段代码看起来是在进行机器学习模型的评估,其中使用了ROC曲线和AUC指标来评估模型的性能。首先,使用了测试集数据test来进行预测,并计算了预测结果的AUC值。然后,从ROC曲线上获取了最佳阈值,并计算了在该阈值下的灵敏度、特异度、准确度、阳性预测值和阴性预测值等指标。最后,将这些指标的值进行格式化,并保存在model_sens、model_spec、model_accu、model_ppv和model_npv变量中,同时将AUC值格式化后保存在model_auc变量中。
相关问题
# 根据t值进行排名 t_values <- c(ta1,ta2,ta3,ta4,ta5) ranking <- rank(c(ta1, ta2, ta3,ta4,ta5), ties.method = "max") print(ranking) # 创建与排名相同列数的数据框 n <- length(ranking) ranking_df <- as.data.frame(matrix(rep(ranking, length.out = n), nrow = 1, ncol = n)) # 检查列数是否一致 if (ncol(rankings) != ncol(ranking_df)) { # 如果列数不一致,则添加相应数量的空列到rankings diff_cols <- ncol(ranking_df) - ncol(rankings) for (i in 1:diff_cols) { rankings[[paste0("col", i)]] <- NA } } # 将排名添加到数据框中 rankings <- rbind(rankings, ranking_df) print(rankings) n <- length(ranking) ranking_df <- as.data.frame(matrix(rep(ranking, length.out = n), nrow = 1, ncol = n)) # 将排名添加到数据框中 rankings <- rbind(rankings, ranking_df) print(rankings)
根据你提供的代码,你想根据t值进行排名,并将排名添加到数据框中。你已经对排名部分的代码进行了正确的修改。
然而,在你的代码中,存在一些重复的部分。在添加排名到数据框之前,你不需要再次创建 `ranking_df` 和检查列数是否一致。
下面是一个修改后的代码示例:
```R
# 创建空数据框
rankings <- data.frame()
# 根据t值进行排名
t_values <- c(ta1, ta2, ta3, ta4, ta5)
ranking <- rank(t_values, ties.method = "max")
print(ranking)
# 将排名添加到数据框中
ranking_df <- as.data.frame(matrix(ranking, nrow = 1))
rankings <- rbind(rankings, ranking_df)
print(rankings)
```
在这个修改后的代码中,我只保留了排名部分的代码,并进行了适当的调整。首先,我使用 `rank()` 函数计算了 `t_values` 的排名,并将结果存储在 `ranking` 中。然后,我将 `ranking` 转换为一个只有一行的数据框,并将其添加到 `rankings` 数据框中。
希望这次修改能够解决你的问题。如果还有其他问题,请随时提问。
解释这行代码res_df_list <- list() for(i in 1:length(model_obj_list)){ res_pred <- predict(model_obj_list[[i]], inputArr[, variable_cols], type="prob") res_df_list[[i]] <- res_pred[, "1"] } res_df <- as.data.frame(res_df_list) res_score <- rowMeans(res_df) checkDir(dirname(outprefix)) res_AUC_df <- summary_AUC(test_label=test_label, predict_value=res_score, outprefix=outprefix) res <- data.frame(test_label=test_label, predict_value=res_score)
这段代码主要是用来进行模型预测并计算测试数据的AUC值。具体实现步骤如下:
1. 创建一个空列表res_df_list,用于存储每个模型的预测结果。
2. 对于每个模型,使用predict函数对测试数据进行预测,并获取预测结果的第一列(即正样本的概率值),将其存储到res_df_list中。
3. 将res_df_list转换为数据框res_df,每行对应一个测试样本,每列对应一个模型的预测结果。
4. 对于每行数据,计算其对应每个模型的预测结果的平均值,作为该行数据的最终预测得分。
5. 调用summary_AUC函数计算测试数据的AUC值,并将结果存储在res_AUC_df中。
6. 将测试数据的真实标签和预测得分存储到数据框res中,并返回该数据框res。