错误于read_exposure_data(filename = edu_sub_, sep = ",", snp_col = "SNP", : 没有"read_exposure_data"这个函数
时间: 2024-12-12 21:17:33 浏览: 35
看起来你提到的是Python或者R语言环境中的一个错误提示,因为这里并没有`read_exposure_data`这样的内置函数。这通常是一个自定义的函数或者是某个数据处理库(比如pandas在Python中,或者data.table在R中)中的函数。
这个错误可能是你在尝试读取CSV文件,其中`edu_sub_`应该是你要读取的数据文件名,`sep`指定的是字段分隔符,`snp_col`则是指定了包含SNP列的名称。如果这是一个自定义函数,它可能不在当前工作范围内或者需要导入相应的模块才能使用。
例如,在Python的pandas库中,正确的代码可能是:
```python
import pandas as pd
# 如果函数在同个文件夹下
exposure_df = pd.read_csv('edu_sub_', sep=',', SNP='snp_col')
# 或者如果你已经导入了该函数
from your_module import read_exposure_data
exposure_df = read_exposure_data('edu_sub_', ',', 'snp_col')
```
在R中,类似地:
```r
library(readr)
exposure_df <- read_csv("edu_sub_", col_names = c(SNP = "snp_col"), sep =",")
```
如果你收到这个错误,你需要检查一下是否正确安装并加载了相关的包,以及函数是否已经被定义并且路径正确。
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bmi_exp_dat_clumped<-read_exposure_data(filename = bmi,sep = ",",snp_col = "ID",p_col = "p",se_col = "SE",effect_allele_col = "alt",other_allele_col = "ref",clump = TRUE)
这行代码的作用是读取一个名为 "bmi" 的数据文件,其中包含SNP ID、p值、SE、效应等位基因和其它等位基因等信息,并进行数据聚类(clump),生成一个新的数据集 "bmi_exp_dat_clumped"。其中,参数 "sep" 表示数据文件中列之间的分隔符为逗号(","),"snp_col" 表示SNP ID所在的列,"p_col" 表示p值所在的列,"se_col" 表示SE所在的列,"effect_allele_col" 表示效应等位基因所在的列,"other_allele_col" 表示另一等位基因所在的列。
> abcclumped<-read_exposure_data((filename = abc,sep = ",",snp_col = "SNP",beta_col = "beta",se_col = "se",effect_allele_col = "effect_allele",other_allele_col = "other_allele",eaf_col = "eaf",clump = TRUE)) Error: unexpected ',' in "abcclumped<-read_exposure_data((filename = abc,"
这段代码有一个语法错误,需要将其修改为:
```
abcclumped <- read_exposure_data(filename = "ABC.csv",
sep = ",",
snp_col = "SNP",
beta_col = "beta",
se_col = "se",
effect_allele_col = "effect_allele",
other_allele_col = "other_allele",
eaf_col = "eaf",
clump = TRUE)
```
在函数`read_exposure_data`中,`filename`参数应该是一个字符串,而不是数据框架名字,因此需要将其修改为`"ABC.csv"`。同时,函数参数的括号也需要去掉。
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