bca_out <- extract_outcome_data(snps=all_exp_dat$SNP, outcomes='ieu-a-1127', proxies = FALSE, maf_threshold = 0.01, access_token = NULL )
时间: 2024-02-10 10:14:14 浏览: 538
这段代码看起来是在 R 语言中调用 extract_outcome_data 函数,从数据中提取与指定的 outcome 相关的 SNP 数据。其中,all_exp_dat 是存储着所有 SNP 数据的数据框,SNP 则是指定要提取的 SNP 列表,outcomes 指定了要提取的 outcome 名称,proxies 和 maf_threshold 参数用于过滤 SNP 数据,access_token 则是 API 访问令牌,用于访问数据提取 API。
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Error: unexpected symbol in: "bca_out_dat <- extract_outcome_data(snps = asm_exp_dat$SNP, outcomes = 'ieu-a-1127' bca_out"
这个错误是因为在代码行末尾缺少逗号或分号,导致R无法正确解析该行代码。你需要检查该行代码,并确保语法正确。在这行代码中,你漏掉了逗号,应该是这样的:
```
bca_out_dat <- extract_outcome_data(snps = asm_exp_dat$SNP, outcomes = 'ieu-a-1127', bca_out)
```
请注意,我在 `outcomes` 和 `bca_out` 参数之间添加了逗号。
asm_exp_dat <- extract_instruments(outcomes = 'ebi-a-GCST90014325') asm <- extract_instruments(outcomes = 'ebi-a-GCST90014325', clump = TRUE, r2 = 0.001, kb = 10000, access_token = NULL) #如果想要调整P值 asm_1 <- extract_instruments(outcomes = 'ebi-a-GCST90014325', p1 = 5e-08, clump = TRUE, r2 = 0.001, kb = 10000, access_token = NULL)bca_out <- extract_outcome_data( snps=data$SNP, outcomes='ieu-a-1127', proxies = FALSE, maf_threshold = 0.01, access_token = NULL ) mydata <- harmonise_data( exposure_dat=asm_1, outcome_dat=bca_out, action= 3 )Error in data$SNP : object of type 'closure' is not subsettable >我该如何修改?正确的代码是?
根据代码,你是想从 `data` 中提取 `SNP` 列,但是出现了错误。这个错误的原因可能是 `data` 不是一个数据框或数据表,而是一个函数。因此,你需要先执行 `data()` 函数,将数据加载到内存中,然后再提取 `SNP` 列。
修改后的代码如下:
```
data() # 加载数据
bca_out <- extract_outcome_data(
snps = mydata$SNP, # 提取 mydata 数据框的 SNP 列
outcomes = 'ieu-a-1127',
proxies = FALSE,
maf_threshold = 0.01,
access_token = NULL
)
```
另外,你在上面的代码中使用了 `asm_1` 数据框,但是它没有在代码中定义。如果需要使用 `asm_1` 数据框,请先定义并赋值。
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