我的代码如下：install.packages(‘devtools’) devtools::install_github(‘MRCIEU/TwoSampleMR’) library(TwoSampleMR) #加载R包 che<-extract_instruments(outcomes='ukb-b-1489', clump=TRUE, access_token = NULL) chd<-extract_outcome_data( snps = che$SNP, outcomes ='ieu-a-7', proxies = FALSE, maf_threshold = 0.01, access_token = NULL) mydata <- harmonise_data( exposure_dat=che, outcome_dat=chd, action= 2 ) res <- mr(mydata) res OR<-generate_odds_ratios(res) 要输入什么代码才能使用maximum likelihood进行MR分析

要使用最大似然方法进行MR分析，可以使用TwoSampleMR包中的`mr_ml()`函数。使用该函数的语法如下：

res_ml <- mr_ml(data, prior_variance = 0.04, verbose = TRUE)

其中，`data`是通过`harmonise_data()`函数协调的数据集，`prior_variance`是一个可选参数，可以用来指定先验方差（默认值为0.04），`verbose`参数是一个逻辑值，用于控制是否输出详细信息（默认值为TRUE）。

请注意，最大似然方法是一种计算量较大的方法，可能需要较长的计算时间。

相关问题

install.packages('pcaReduce') ## try http:// if https:// URLs are not supported source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("SC3") biocLite("Seurat") install.packages("devtools") library("devtools") install_github("BPSC","nghiavtr") install_github("hemberg-lab/scRNA.seq.funcs") devtools::install_github("JustinaZ/pcaReduce")

对于安装R包，您可以按照以下步骤进行操作：

1. 首先，您需要安装`pcaReduce`包。您可以使用下面的命令来安装它：

install.packages('pcaReduce')

如果您遇到了问题，可以尝试使用`http`而不是`https`的URL。例如：

install.packages('pcaReduce', repos='http://cran.us.r-project.org')

2. 接下来，您需要安装`SC3`和`Seurat`包。您可以使用下面的命令来安装它们：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("SC3")
biocLite("Seurat")

3. 然后，您需要安装`devtools`包。您可以使用以下命令进行安装：

install.packages("devtools")

4. 安装完`devtools`后，加载`devtools`库：

library("devtools")

5. 最后，使用`install_github()`函数来安装其他需要的包。例如：

install_github("BPSC","nghiavtr")
install_github("hemberg-lab/scRNA.seq.funcs")
install_github("JustinaZ/pcaReduce")

这样就完成了R包的安装过程。请确保您的计算机已连接到互联网，并且在安装过程中没有出现错误。希望这可以帮助到您！如果您有任何其他问题，请随时提问。

Warning in install.packages : 无法在貯藏處https://cloud.r-project.org/src/contrib中读写索引: cannot open URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/PACKAGES' Warning in install.packages : 无法在貯藏處https://cloud.r-project.org/src/contrib中读写索引: cannot open URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/PACKAGES' Warning in install.packages : package ‘CCA’ is not available for this version of R A version of this package for your version of R might be available elsewhere, see the ideas at https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages Warning in install.packages : 无法在貯藏處https://cloud.r-project.org/bin/windows/contrib/4.2中读写索引: cannot open URL 'https://cloud.r-project.org/bin/windows/contrib/4.2/PACKAGES'

这个错误提示表明你在安装 R 包的时候出现了问题。可能是由于你的网络连接不稳定或者是 R 包的某些依赖项无法被正确安装。你可以尝试以下几个方法：

1. 确认网络连接稳定，并且可以正常访问 https://cloud.r-project.org/ 网站。

2. 尝试使用其他 CRAN 镜像源下载安装包，比如使用国内的镜像源，可以通过以下代码配置：

options(repos = c(CRAN = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))

3. 尝试升级 R 版本，并且安装相应的依赖包。

如果以上方法仍然无法解决问题，可以考虑在 RStudio 中手动下载安装包，或者使用 devtools 包从 Github 上安装包。