samtools 如何对排序的文件建立IGV可以用的bai索引文件

要对排序后的BAM文件建立IGV可以使用的bai索引文件，可以使用samtools命令进行索引。具体步骤如下：

1. 首先，使用samtools sort命令对BAM文件进行排序。例如，对名为input.bam的文件进行排序，可以使用以下命令：

samtools sort input.bam -o input.sorted.bam

这将生成一个名为input.sorted.bam的已排序的BAM文件。

2. 排序完成后，使用samtools index命令对排序的BAM文件进行索引。例如，对名为input.sorted.bam的文件进行索引，可以使用以下命令：

samtools index input.sorted.bam

这将生成一个名为input.sorted.bam.bai的bai索引文件，可以在IGV中使用。

注意，如果使用了CRAM格式的文件，则需要使用“.crai”文件作为索引文件的扩展名。

相关问题

Samtools中为什么我输出的索引文件是.index的而不是.bai

Samtools中输出的索引文件后缀名为“.bai”或者“.crai”，而不是“.index”。其中“.bai”文件是二进制格式的BAM索引文件，而“.crai”文件是压缩格式的CRAM索引文件。这两种索引文件格式都可以用于快速定位特定的基因组位置，提高数据处理效率。因此，如果你的输出文件后缀名为“.index”，那可能是你手动更改了输出文件名，或者是其他工具生成的索引文件。建议你再次运行Samtools命令，检查输出文件的后缀名是否正确，并且确认你的Samtools版本是否正确。

samtools 建立 index

Samtools 可以使用以下命令建立索引：

samtools index [options] <input.bam>

其中 `[options]` 是可选参数，`<input.bam>` 是要建立索引的 BAM 文件路径。

常用的选项包括：

- `-b`: 将索引存储为 BAM 索引而不是 SAM 索引。
- `-c`: 将索引存储为 CRAM 索引。
- `-m <INT>`: 设置内存限制（单位为字节），默认为 768M。

例如，要为名为 `example.bam` 的 BAM 文件建立索引，可以使用以下命令：

samtools index example.bam

该命令将在同一目录下生成一个名为 `example.bam.bai` 的索引文件。