samtools rmdup 的用法
时间: 2024-05-09 09:20:31 浏览: 9
samtools rmdup是一个可用于去除bam文件中重复reads的工具。它的用法如下:
```
samtools rmdup [options] <input.bam> <output.bam>
```
其中,`<input.bam>`是输入文件,`<output.bam>`是输出文件,`[options]`是可选参数。
常用的参数如下:
- `-s`:强制保留所有重复的reads,而不是仅保留一个。默认情况下,如果多个reads与一个同源reads匹配,则只保留一个。
- `-S`:将重复的reads标记为secondary aligment,而不是将其删除。
- `-q <int>`:仅保留比对质量大于或等于指定的值的reads。
- `-l <int>`:指定每个UMI的长度,用于标识重复reads。
- `-m <int>`:指定每个UMI允许的最大编辑距离。默认为1。
- `-f <int>`:指定去除重复reads的方法。0表示不去除,1表示通过比对位置去除,2表示通过UMI去除。默认为2。
使用示例:
```
samtools rmdup -s -q 10 input.bam output.bam
```
以上命令会将输入文件`input.bam`中比对质量小于10的重复reads标记为secondary aligment,并输出到`output.bam`文件中。
相关问题
samtools安装
安装Samtools有多种方法,以下是三种常见的安装方法:
方法一:从官方网站下载源码进行编译安装
1. 安装依赖库:使用以下命令安装所需的依赖库:
```
yum install bzip2-devel ncurses-libs ncurses-devel xz-devel zlib-devel
```
2. 下载源码:从
samtools怎么安装
你可以按照以下步骤来安装Samtools:
1. 首先,访问Samtools的官方网站:http://www.htslib.org/
2. 在页面上方的绿色按钮中,点击“Download ZIP”选项,将源代码压缩包下载到本地。
3. 解压缩下载的ZIP文件。你会得到一个名为"htslib-master"的文件夹。
4. 打开终端或命令提示符,并进入该文件夹的路径。例如,在终端中输入以下命令:
```
cd /path/to/htslib-master
```
5. 在终端中,输入以下命令来编译和安装Samtools:
```
make
make install
```
这将编译并安装Samtools。如果你没有管理员权限,可能需要在`make install`命令前加上`sudo`。
6. 完成安装后,你可以通过在终端中输入以下命令来测试Samtools是否安装成功:
```
samtools
```
如果成功安装,你将看到Samtools的使用说明和命令选项。
7. 最后,你可以将Samtools可执行文件的路径添加到系统的环境变量中,这样就可以在任何位置直接使用Samtools命令。你可以将以下行添加到你的shell配置文件(例如,~/.bashrc 或 ~/.zshrc)的末尾:
```
export PATH="/path/to/htslib-master:$PATH"
```
然后保存文件并重新加载配置文件,或者直接运行以下命令使其立即生效:
```
source ~/.bashrc
```
现在,你应该已经成功下载并安装了Samtools。你可以在终端中使用"Samtools"命令来运行相应的操作。请确保按照你的需求使用正确的命令和参数。