test_x = np.concatenate((test_p, test_w, test_n), axis=2)

时间: 2024-05-17 09:17:52 浏览: 66
这行代码是将三个numpy数组test_p、test_w和test_n在第三个维度上拼接起来,生成一个新的numpy数组test_x。具体来说,假设test_p的shape为(N, M, A),test_w的shape为(N, M, B),test_n的shape为(N, M, C),则test_x的shape为(N, M, A+B+C)。其中N表示样本数量,M表示每个样本的长度,A、B、C分别表示不同的特征维度。拼接后的test_x可以作为输入数据用于某些机器学习模型的训练或预测。
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y_d = np.concatenate((y_train, zero2), axis = 0).reshape(-1,1) A1 = np.concatenate((A, B), axis = 0) theta_hat = np.linalg.pinv(A1) @ y_d A2 = funcs.vandermonde(x_test, 8) y_test_hat = A2 @ theta_hat y_train_hat = A @ theta_hat

这段代码的作用是使用Vandermonde矩阵拟合一个多项式函数,并得到在训练集和测试集上的预测值。 具体地,np.concatenate函数将训练集y_train和一个全零向量zero2按照列方向拼接起来,并将结果reshape为一个列向量y_d。这样做是为了在构造矩阵A1时,将训练集和测试集的数据分别放在不同的行中。 然后,使用np.concatenate函数将训练集的Vandermonde矩阵A和全零向量B按照行方向拼接起来,得到矩阵A1,其中B的大小要与测试集的Vandermonde矩阵A2的大小相同。 接着,使用np.linalg.pinv函数计算A1的伪逆矩阵,并将其与y_d相乘,得到拟合多项式的系数向量theta_hat。 最后,使用funcs.vandermonde函数计算测试集的Vandermonde矩阵A2,将其与theta_hat相乘,得到测试集上的预测值y_test_hat,将A与theta_hat相乘,得到训练集上的预测值y_train_hat。 通过这段代码,我们可以得到一个多项式函数的拟合模型,并使用该模型在训练集和测试集上进行预测。

X_train = np.concatenate((setosa[:40], versicolor[:40], virginica[:40]), axis=0) y_train = np.concatenate((np.zeros(40), np.ones(40), np.ones(40)*2), axis=0) X_test = np.concatenate((setosa[40:], versicolor[40:], virginica[40:]), axis=0) y_test = np.concatenate((np.zeros(10), np.ones(10), np.ones(10)*2), axis=0)这里为什么会有两个测试集和两个数据集

非常抱歉,我的回答有误,关于这个问题,以下是正确的观点: 在这段代码中,确实出现了两个训练集和两个测试集。这是因为每个类别的样本数是50个,要求从每个类别中选择40个样本作为训练集,10个样本作为测试集。因此,我们需要从每个类别中分别选择前40个样本作为训练集,后10个样本作为测试集,然后将三个类别的训练集和测试集分别合并起来。 具体地说,代码中的第一行: ``` X_train = np.concatenate((setosa[:40], versicolor[:40], virginica[:40]), axis=0) ``` 将setosa、versicolor和virginica三个类别的前40个样本分别合并起来,作为训练集X_train。第二行: ``` y_train = np.concatenate((np.zeros(40), np.ones(40), np.ones(40)*2), axis=0) ``` 将三个类别的训练集对应的标签(0、1、2)合并起来,作为训练集标签y_train。对于测试集,代码中的第三行: ``` X_test = np.concatenate((setosa[40:], versicolor[40:], virginica[40:]), axis=0) ``` 将setosa、versicolor和virginica三个类别的后10个样本分别合并起来,作为测试集X_test。第四行: ``` y_test = np.concatenate((np.zeros(10), np.ones(10), np.ones(10)*2), axis=0) ``` 将三个类别的测试集对应的标签(0、1、2)合并起来,作为测试集标签y_test。 因此,这里只有一个训练集和一个测试集,但这个训练集和测试集是由每个类别的前40个和后10个样本组成的。
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帮我为下面的代码加上注释:class SimpleDeepForest: def __init__(self, n_layers): self.n_layers = n_layers self.forest_layers = [] def fit(self, X, y): X_train = X for _ in range(self.n_layers): clf = RandomForestClassifier() clf.fit(X_train, y) self.forest_layers.append(clf) X_train = np.concatenate((X_train, clf.predict_proba(X_train)), axis=1) return self def predict(self, X): X_test = X for i in range(self.n_layers): X_test = np.concatenate((X_test, self.forest_layers[i].predict_proba(X_test)), axis=1) return self.forest_layers[-1].predict(X_test[:, :-2]) # 1. 提取序列特征(如:GC-content、序列长度等) def extract_features(fasta_file): features = [] for record in SeqIO.parse(fasta_file, "fasta"): seq = record.seq gc_content = (seq.count("G") + seq.count("C")) / len(seq) seq_len = len(seq) features.append([gc_content, seq_len]) return np.array(features) # 2. 读取相互作用数据并创建数据集 def create_dataset(rna_features, protein_features, label_file): labels = pd.read_csv(label_file, index_col=0) X = [] y = [] for i in range(labels.shape[0]): for j in range(labels.shape[1]): X.append(np.concatenate([rna_features[i], protein_features[j]])) y.append(labels.iloc[i, j]) return np.array(X), np.array(y) # 3. 调用SimpleDeepForest分类器 def optimize_deepforest(X, y): X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=0.2) model = SimpleDeepForest(n_layers=3) model.fit(X_train, y_train) y_pred = model.predict(X_test) print(classification_report(y_test, y_pred)) # 4. 主函数 def main(): rna_fasta = "RNA.fasta" protein_fasta = "pro.fasta" label_file = "label.csv" rna_features = extract_features(rna_fasta) protein_features = extract_features(protein_fasta) X, y = create_dataset(rna_features, protein_features, label_file) optimize_deepforest(X, y) if __name__ == "__main__": main()

import pickle import numpy as np import os # from scipy.misc import imread def load_CIFAR_batch(filename): with open(filename, 'rb') as f: datadict = pickle.load(f, encoding='bytes') X = datadict[b'data'] Y = datadict[b'labels'] X = X.reshape(10000, 3, 32, 32).transpose(0, 2, 3, 1).astype("float") Y = np.array(Y) return X, Y def load_CIFAR10(ROOT): xs = [] ys = [] for b in range(1, 2): f = os.path.join(ROOT, 'data_batch_%d' % (b,)) X, Y = load_CIFAR_batch(f) xs.append(X) ys.append(Y) Xtr = np.concatenate(xs) Ytr = np.concatenate(ys) del X, Y Xte, Yte = load_CIFAR_batch(os.path.join(ROOT, 'test_batch')) return Xtr, Ytr, Xte, Yte def get_CIFAR10_data(num_training=5000, num_validation=500, num_test=500): cifar10_dir = r'D:\daima\cifar-10-python\cifar-10-batches-py' X_train, y_train, X_test, y_test = load_CIFAR10(cifar10_dir) print(X_train.shape) mask = range(num_training, num_training + num_validation) X_val = X_train[mask] y_val = y_train[mask] mask = range(num_training) X_train = X_train[mask] y_train = y_train[mask] mask = range(num_test) X_test = X_test[mask] y_test = y_test[mask] mean_image = np.mean(X_train, axis=0) X_train -= mean_image X_val -= mean_image X_test -= mean_image X_train = X_train.transpose(0, 3, 1, 2).copy() X_val = X_val.transpose(0, 3, 1, 2).copy() X_test = X_test.transpose(0, 3, 1, 2).copy() return { 'X_train': X_train, 'y_train': y_train, 'X_val': X_val, 'y_val': y_val, 'X_test': X_test, 'y_test': y_test, } def load_models(models_dir): models = {} for model_file in os.listdir(models_dir): with open(os.path.join(models_dir, model_file), 'rb') as f: try: models[model_file] = pickle.load(f)['model'] except pickle.UnpicklingError: continue return models这是一个加载cifar10数据集的函数,如何修改使其能加载mnist数据集,不使用TensorFlow

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