上述代码，运行出来，文件内仍有空值

非常抱歉，我理解有误。你可以尝试在以下代码中添加一个循环，跳过空值：

path = ("E:\Arcgis_0807\A_yuebiaofanyan_0322\MGM\0330MGM_instructions_files\try3_0519_PDS_Geoscience\cartOrder\cartorder\REF_0_23.mat")
load('wavelengths.mat');
load(path);
size_ref_1 = size(Ph,1);
size_ref_2 = size(Ph,2);
Ph = permute(Ph, [3,2,1]);
Ph = Ph(17:44,:,:);
Ph = reshape(Ph, size(Ph,1), []);
data = zeros(size(Ph,1), size(Ph,2)+1);
data(:, 1) = wavelengths;
for i = 1:size(Ph,2)
    if any(isnan(Ph(:,i)))
        continue
    end
    data(:, i+1) = Ph(:,i); 
end
save('output0_23_try5.asc', 'data', '-ascii');

这个循环会检查每一列是否存在NaN值（即空值），如果存在，则跳过这一列，不将其写入输出文件中。