LiTS2017数据集的路径为C:\Users\Administrator\Desktop\LiTS2017。 LiTS2017数据集里面包含Training Batch 1和Training Batch 2两个文件夹。Training Batch 1文件夹里面有图像,图像的拓展名为.nii。Training Batch 2文件夹里面有标签,标签拓展名为.nii。 请将我的LiTS2017数据集的3D图像变成2D、RGB三通道的png格式的图像。数据集的3D标签变成2D单通道的png格式标签。 并将其裁剪为单个肝脏区域。同时,移除标签中无肝脏的图片以及肝脏在图片中面积占比小于2%的切片,对数据集进行增强操作,如旋转、翻转、缩放等,以扩充数据集,提高模型的泛化能力。 保存路径为C:\Users\Administrator\Desktop\2D-LiTS2017,帮我创建保存图像与标签的文件夹,并且将转换好的数据保存到对应的文件夹。

时间: 2024-02-20 16:58:17 浏览: 35
好的,我明白了你的要求。为了实现这个任务,需要使用Python编程语言和一些常用的科学计算库,如Numpy、SimpleITK、Pillow和OpenCV。以下是代码实现的步骤: 1. 导入所需的Python库。 ```python import os import numpy as np import SimpleITK as sitk from PIL import Image import cv2 ``` 2. 定义一些辅助函数,用于读取、保存和处理图像。 ```python def read_image(file_name): # 读取.nii格式的图像文件 itk_image = sitk.ReadImage(file_name) # 将图像转换为Numpy数组 np_array = sitk.GetArrayFromImage(itk_image) return np_array def save_image(image, file_name): # 将Numpy数组转换为PIL图像 pil_image = Image.fromarray(image.astype(np.uint8)) # 保存为.png格式的图像文件 pil_image.save(file_name) def normalize_image(image): # 将图像像素值归一化到[0, 255]的范围 min_value = np.min(image) max_value = np.max(image) image = (image - min_value) / (max_value - min_value) * 255 return image.astype(np.uint8) def crop_image(image, mask): # 根据标签的位置将图像裁剪为单个肝脏区域 x, y, w, h = cv2.boundingRect(mask) return image[y:y+h, x:x+w], mask[y:y+h, x:x+w] def remove_small_regions(mask, threshold=0.02): # 移除标签中面积占比小于2%的切片 n_slices = mask.shape[0] for i in range(n_slices): slice_mask = mask[i] # 计算标签面积和整个切片面积 label_area = np.sum(slice_mask == 1) total_area = slice_mask.size # 如果标签面积占比小于阈值,则将该切片的标签移除 if label_area / total_area < threshold: mask[i] = 0 return mask def augment_image(image, mask): # 对图像进行增强操作,如旋转、翻转、缩放等 # 这里可以根据需要添加多种增强方式 angle = np.random.randint(-10, 10) scale = np.random.uniform(0.8, 1.2) matrix = cv2.getRotationMatrix2D((image.shape[1]/2, image.shape[0]/2), angle, scale) image = cv2.warpAffine(image, matrix, (image.shape[1], image.shape[0]), flags=cv2.INTER_LINEAR, borderMode=cv2.BORDER_REFLECT_101) mask = cv2.warpAffine(mask, matrix, (mask.shape[1], mask.shape[0]), flags=cv2.INTER_NEAREST, borderMode=cv2.BORDER_REFLECT_101) return image, mask ``` 3. 读取LiTS2017数据集中的图像和标签,并进行处理。 ```python # 定义LiTS2017数据集的路径 data_path = "C:/Users/Administrator/Desktop/LiTS2017" # 定义保存转换后的图像和标签的路径 save_path = "C:/Users/Administrator/Desktop/2D-LiTS2017" os.makedirs(save_path, exist_ok=True) # 读取Training Batch 1文件夹中的图像 image_path = os.path.join(data_path, "Training Batch 1") image_files = sorted(os.listdir(image_path)) images = [] for file in image_files: if file.endswith(".nii"): file_name = os.path.join(image_path, file) image = read_image(file_name) # 将3D图像变成2D、RGB三通道的png格式的图像 image = normalize_image(image) image = cv2.merge([image]*3) images.append(image) # 读取Training Batch 2文件夹中的标签 label_path = os.path.join(data_path, "Training Batch 2") label_files = sorted(os.listdir(label_path)) labels = [] for file in label_files: if file.endswith(".nii"): file_name = os.path.join(label_path, file) label = read_image(file_name) # 将3D标签变成2D单通道的png格式标签 label = (label > 0).astype(np.uint8) * 255 labels.append(label) # 将图像和标签进行裁剪和增强操作,并保存到对应的文件夹 for i in range(len(images)): image = images[i] label = labels[i] # 将图像和标签裁剪为单个肝脏区域 image, label = crop_image(image, label) # 移除标签中无肝脏的图片以及肝脏在图片中面积占比小于2%的切片 label = remove_small_regions(label) # 对图像进行增强操作 for j in range(5): new_image, new_label = augment_image(image.copy(), label.copy()) # 保存图像和标签 image_file_name = os.path.join(save_path, "image_{}_{}.png".format(i, j)) label_file_name = os.path.join(save_path, "label_{}_{}.png".format(i, j)) save_image(new_image, image_file_name) save_image(new_label, label_file_name) ``` 这段代码会将LiTS2017数据集中的图像和标签转换为2D、RGB三通道的png格式的图像和2D单通道的png格式标签,并进行裁剪和增强操作,最后保存到指定的文件夹中。注意,这个任务可能需要一些时间和计算资源。

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