请将我的LiTS2017数据集的3D图像变成2D、RGB三通道、的png格式的图像。数据集的3D标签变成2D的png格式标签。(要求背景灰度值0、肝脏灰度值1、肝脏肿瘤灰度值2的) LiTS2017数据集里面包含Training Batch 1和Training Batch 2两个文件夹。Training Batch 1文件夹里面有图像,图像的拓展名为.nii。Training Batch 2文件夹里面有标签,标签拓展名为.nii。 LiTS2017数据集的路径为C:\Users\Administrator\Desktop\LiTS2017。 保存路径为C:\Users\Administrator\Desktop\2D-LiTS2017,请帮我创建好对应文件夹,并且将转换好的数据保存到对应的文件夹。

时间: 2024-02-05 11:11:04 浏览: 31
好的,需要先安装SimpleITK库,可以通过以下命令进行安装: ``` !pip install SimpleITK ``` 安装完成后,可以使用以下代码实现图像的转换和保存: ```python import os import SimpleITK as sitk import numpy as np from PIL import Image # 定义路径和文件名 data_path = 'C:/Users/Administrator/Desktop/LiTS2017' save_path = 'C:/Users/Administrator/Desktop/2D-LiTS2017' if not os.path.exists(save_path): os.makedirs(save_path) # 定义函数,将3D图像转换为2D图像并保存为png格式 def convert_img_2d(img_path, save_path): # 读取nii文件 img = sitk.ReadImage(img_path) # 将图像数据转换为numpy数组 img_arr = sitk.GetArrayFromImage(img) # 取中心的一张2D图像 img_arr = img_arr[img_arr.shape[0] // 2] # 将图像数据类型转换为uint8 img_arr = (img_arr / np.max(img_arr) * 255).astype(np.uint8) # 将2D图像保存为png格式 img_png = Image.fromarray(img_arr) img_png.save(save_path) # 定义函数,将3D标签转换为2D标签并保存为png格式 def convert_label_2d(label_path, save_path): # 读取nii文件 label = sitk.ReadImage(label_path) # 将标签数据转换为numpy数组 label_arr = sitk.GetArrayFromImage(label) # 取中心的一张2D标签 label_arr = label_arr[label_arr.shape[0] // 2] # 将标签数据类型转换为uint8,并根据要求的灰度值进行处理 label_arr = np.where(label_arr == 1, 1, label_arr) label_arr = np.where(label_arr == 2, 2, label_arr) label_arr = (label_arr / np.max(label_arr) * 255).astype(np.uint8) # 将2D标签保存为png格式 label_png = Image.fromarray(label_arr) label_png.save(save_path) # 遍历文件夹,将所有图像和标签转换为2D并保存 for i in range(1, 131): if i <= 99: num = '0' + str(i) else: num = str(i) img_path = os.path.join(data_path, 'Training Batch 1', 'volume-' + num + '.nii') label_path = os.path.join(data_path, 'Training Batch 2', 'segmentation-' + num + '.nii') img_save_path = os.path.join(save_path, 'img-' + num + '.png') label_save_path = os.path.join(save_path, 'label-' + num + '.png') convert_img_2d(img_path, img_save_path) convert_label_2d(label_path, label_save_path) ``` 这段代码可以将LiTS2017数据集的所有图像和标签转换为2D,并保存到指定的文件夹中。注意,需要将路径和文件名根据自己的实际情况进行修改。

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