如何将提取出来的分子指纹转成列表并存入excel
时间: 2023-03-27 16:01:44 浏览: 71
可以使用Python中的pandas库将提取出来的分子指纹转成列表并存入excel。具体代码如下:
```python
import pandas as pd
# 假设提取出来的分子指纹存储在fingerprint变量中
fingerprint = [1, , 1, 1, , 1, , , 1, ]
# 将分子指纹转成DataFrame格式
df = pd.DataFrame({'fingerprint': fingerprint})
# 将DataFrame保存为excel文件
df.to_excel('fingerprint.xlsx', index=False)
```
这样就可以将提取出来的分子指纹转成列表并存入excel了。
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可以使用rdkit中的MACCSkeys.GenMACCSKeys(mol)函数将分子转换为MACCS指纹,然后使用rdkit中的DataStructs.cDataStructs.BitVectToText(fp)函数将MACCS指纹转换为数值指纹。具体代码如下:
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import MACCSkeys
from rdkit.Chem import DataStructs
# 将SMILES字符串转换为分子对象
smiles = 'CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O'
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
# 生成MACCS指纹
fp = MACCSkeys.GenMACCSKeys(mol)
# 将MACCS指纹转换为数值指纹
num_fp = DataStructs.BitVectToText(fp)
print(num_fp)
怎么用pandas提取一个表格多个分子的指纹并存储
您可以使用RDKit库中的Morgan指纹来提取表格中多个分子的指纹。首先,您需要将表格中的分子转换为RDKit分子对象,然后使用Morgan指纹函数生成指纹。最后,您可以将指纹存储为CSV文件或其他格式。以下是一个示例代码:
```python
import pandas as pd
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
# 读取表格
df = pd.read_csv('molecules.csv')
# 将SMILES字符串转换为RDKit分子对象
mols = [Chem.MolFromSmiles(smiles) for smiles in df['SMILES']]
# 生成Morgan指纹
fps = [AllChem.GetMorganFingerprintAsBitVect(mol, 2, nBits=1024) for mol in mols]
# 将指纹存储为CSV文件
fp_df = pd.DataFrame(fps)
fp_df.to_csv('fingerprints.csv', index=False)
```
这将提取表格中所有分子的Morgan指纹,并将其存储为名为“fingerprints.csv”的CSV文件。
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