matrix.txt.gz
时间: 2023-08-05 18:09:32 浏览: 59
根据引用\[1\]中提到的数据下载方式,可以通过GEO主页直接点击下载原始数据或者直接下载表达矩阵。然而,由于网速的问题可能会导致bug,所以个人认为直接下载数据更方便,因为下载后的数据会保存在对应的文件夹中,一目了然。
根据引用\[2\]中的示例代码,可以使用getGEO函数来下载数据。例如,使用GDS号下载数据可以使用以下代码:
gds858 <- getGEO('GDS858', destdir=".")
使用GPL号下载芯片设计的信息可以使用以下代码:
gpl96 <- getGEO('GPL96', destdir=".")
使用GSE号下载数据可以使用以下代码:
gse1009 <- getGEO('GSE1009', destdir=".")
其中,destdir参数用于指定下载地址,默认是工作目录。根据需要,可以设置GSEMatrix参数为TRUE来下载Matrix文件,设置F来下载soft文件。设置AnnotGPL参数为T来下载注释文件,设置F来不下载。设置getGPL参数为TRUE来下载GPL注释文件,设置F来不下载。
然而,根据引用\[3\]中的错误信息,可能会遇到以下错误:Found 1 file(s) GSE94994_series_matrix.txt.gz Using locally cached version: C:\Users\ENMONS~1\AppData\Local\Temp\Rtmpe27iLR/GSE94994_series_matrix.txt.gz Error: The size of the connection buffer (131072) was not large enough to fit a complete line: * Increase it by setting `Sys.setenv("VROOM_CONNECTION_SIZE")`。
以上是关于matrix.txt.gz的相关信息。
#### 引用[.reference_title]
- *1* *2* [GEO数据库学习一(简介 数据下载 芯片知识)](https://blog.csdn.net/weixin_73362123/article/details/128055416)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item]
- *3* [Error: The size of the connection buffer (131072) was not large enough](https://blog.csdn.net/foreverlove111/article/details/120865174)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item]
[ .reference_list ]