gset<-getGEO('GSE183899') Found 2 file(s) GSE183899-GPL18573_series_matrix.txt.gz GSE183899-GPL19057_series_matrix.txt.gz
时间: 2024-02-18 18:04:57 浏览: 40
根据你提供的信息,使用getGEO函数获取了GSE183899数据集,并发现该数据集有两个文件:GSE183899-GPL18573_series_matrix.txt.gz和GSE183899-GPL19057_series_matrix.txt.gz。
这是因为GEO数据库中的一个数据集通常会有多个平台,每个平台包含有不同的探针或基因信息。在这种情况下,每个平台的表达数据和注释信息通常会保存在不同的文件中。
你可以使用相同的方式获取每个平台的数据,或者使用getGEO函数的GSEMatrix参数来指定要获取的平台。例如,要获取GSE183899数据集中GPL18573平台的数据,可以使用以下命令:
```r
gse <- getGEO('GSE183899', GSEMatrix = 'GSE183899-GPL18573_series_matrix.txt.gz')
```
类似地,要获取GPL19057平台的数据,可以使用以下命令:
```r
gse <- getGEO('GSE183899', GSEMatrix = 'GSE183899-GPL19057_series_matrix.txt.gz')
```
这样,你就可以获取每个平台的表达数据和注释信息,并对它们进行进一步的分析和可视化。
相关问题
gse <- getGEO('GSE183899', GSEM = 'GSE183899-GPL19057_series_matrix.txt.gz') Error in GSEMatrix & geotype == "GSE" : operations are possible only for numeric, logical or complex types
感谢你提供了更多信息。根据你提供的代码和错误信息,似乎是由于使用了错误的参数名称导致了错误。请注意,GEOquery包中获取GEO数据集的函数getGEO有两个参数与平台相关,分别是GSEMatrix和GSMMatrix,分别用于指定要获取的平台和样品矩阵。
因此,如果要获取GSE183899数据集中GPL19057平台的数据,应该使用以下命令:
```r
gse <- getGEO('GSE183899', GSEMatrix = 'GSE183899-GPL19057_series_matrix.txt.gz')
```
注意,这里使用了GSEMatrix参数而不是GSEM。
希望这能够解决你的问题。
gse <- getGEO('GSE183899-GPL19057') Error in open.connection(x, "rb") : HTTP error 404.
根据你提供的错误信息,可能是由于指定的GEO数据集或平台ID不正确或不存在。请确保你输入的ID正确,并在ID前加上"GSE"或"GPL"前缀,以指定数据集或平台类型。
在你的情况下,如果要获取GSE183899数据集中GPL19057平台的数据,应该使用以下命令:
```r
gse <- getGEO('GPL19057')
```
这将获取GPL19057平台的信息和表达数据,并将其存储在一个GEO对象中。如果你只想获取该平台的表达数据而不需要其他信息,可以使用GSEMatrix参数:
```r
exprs <- getGEO('GPL19057', GSEMatrix = TRUE)
```
这将只获取GPL19057平台的表达数据,并将其存储为数值矩阵。希望这可以帮助你解决问题。
相关推荐
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)