读取“GSE83148_series_matrix.txt”基因芯片文件和平台“GPL570-55999.txt”(跳过注释行),分别命名为df1和df2
时间: 2024-03-05 16:53:03 浏览: 133
可以使用pandas中的read_csv函数来读取txt文件,并通过参数skiprows来跳过注释行。具体操作如下:
```python
import pandas as pd
# 读取"GPL570-55999.txt"平台文件,跳过注释行
df2 = pd.read_csv('GPL570-55999.txt', sep='\t', skiprows=lambda x: x.startswith('!'))
# 读取"GSE83148_series_matrix.txt"基因芯片文件,跳过注释行
df1 = pd.read_csv('GSE83148_series_matrix.txt', sep='\t', skiprows=31)
# 打印读取结果
print(df1)
print(df2)
```
上述代码中的文件路径根据实际情况进行修改。其中“GPL570-55999.txt”文件跳过注释行的方法是,注释行以!开头,可以使用`skiprows=lambda x: x.startswith('!')`来跳过。而“GSE83148_series_matrix.txt”文件的注释行在前31行,可以使用`skiprows=31`来跳过。
相关问题
python读取“GSE83148_series_matrix.txt”基因芯片文件和平台“GPL570-55999.txt”(跳过注释行),分别命名为df1和df2¶
可以使用pandas的read_csv函数读取文本文件,并使用skiprows参数跳过注释行。假设这两个文件与Python脚本在同一目录下,可以使用以下代码实现:
```
import pandas as pd
# 读取基因芯片文件
df1 = pd.read_csv('GSE83148_series_matrix.txt', skiprows=31, sep='\t')
df1 = df1.transpose() # 将数据框转置,使基因为列
# 读取平台文件
df2 = pd.read_csv('GPL570-55999.txt', skiprows=31, sep='\t')
```
这样就将“GSE83148_series_matrix.txt”基因芯片文件和平台“GPL570-55999.txt”读入了两个数据框df1和df2中,其中df1为转置后的基因芯片数据框。
(1)读取“GSE83148_series_matrix.txt”基因芯片文件和平台“GPL570-55999.txt”(跳过注释行),分别命名为df1和df2¶
好的,以下是读取和命名的代码:
```python
import pandas as pd
# 读取基因芯片文件
df1 = pd.read_csv("GSE83148_series_matrix.txt", sep="\t", skiprows=69)
# 读取平台文件
df2 = pd.read_csv("GPL570-55999.txt", sep="\t", comment="#")
```
其中,基因芯片文件需要跳过前面的注释行,所以使用`skiprows`参数来跳过这些行;平台文件中以`#`开头的行是注释行,使用`comment`参数来跳过这些行。
阅读全文